D-(-)-threo-1-(p-nitrophenyl)-2-(glycylamido)-1,3-propanediol | 13215-27-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: D-(-)-threo-1-(p-nitrophenyl)-2-(glycylamido)-1,3-propanediol
• 英文别名: N-Glycyl-D-(-)-threo-2-amino-1-(p-nitrophenyl)-propan-1,3-diol；2-amino-N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]acetamide
• CAS: 13215-27-5
• 化学式: C₁₁H₁₅N₃O₅
• 分子量: 269.257
• InChiKey: QYPUCPDGIFMCLC-MWLCHTKSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  D-(-)-threo-1-(p-nitrophenyl)-2-(glycylamido)-1,3-propanediol 、 1-芘乙酸 在 N-羟基丁二酰亚胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 N-[2-[[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]amino]-2-oxoethyl]-2-pyren-1-ylacetamide
  参考文献：
  名称：

  氯霉素核苷酸和嵌入剂结合物的设计，合成和核糖体结合。

  摘要：

  基于细菌核糖体中结合的抗生素药物氯霉素的X射线结构的分子建模已用于氯霉素衍生物的设计。通过适当的接头与a部分或单核苷酸或二核苷酸部分的氯霉素胺的缀合物被设计为通过在肽基转移酶位点或与核糖体中的P-环提供特异性相互作用来改善与核糖体的结合。通过使用核糖体RNA中可及核苷酸的化学修饰进行足迹分析，研究了结合物的特异性结合。与天然氯霉素相比，pyr氯霉素结合物显示出与氯霉素结合位点的增强结合，而四个核苷酸结合物未显示出与氯霉素结合位点或与P-环结合。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2005.02.044
• 作为产物：
  描述：

  氯霉素 在 盐酸 、 水 、 三氟乙酸 作用下， 生成 D-(-)-threo-1-(p-nitrophenyl)-2-(glycylamido)-1,3-propanediol
  参考文献：
  名称：

  氯霉素胺和小檗碱的结合物作为抗菌剂。

  摘要：

  为了获得具有改进特性的抗微生物化合物，合成并研究了在基于氯霉素 (CHL) 和疏水阳离子的单个嵌合分子中包含两种不同生物活性剂的新缀合物。源自核糖体靶向抗生素 CHL 的氯霉素胺 (CAM) 和植物异喹啉生物碱小檗碱 (BER) 通过这些缀合物结构中不同长度的烷基接头连接。使用竞争结合、双报告系统和脚印分析，我们发现合成的 CAM-Cn-BER 化合物与细菌核糖体结合并像母体 CHL 一样抑制蛋白质合成。CAM-C5-BER和CAM-C8-BER对细菌翻译过程的作用机制与CHL相似。细菌实验表明，CAM-Cn-BER 抑制了 CHL 和大环内酯类耐药细菌实验室菌株的生长。CAM-C8-BER 对抗分枝杆菌，比母体 CHL 和缺乏 CAM 部分的小檗碱衍生物 (CH3-C8-BER) 更有选择性地抑制革兰氏阳性菌的生长。使用电位敏感荧光探针，我们发现 CAM-C8-BER 显着降低了枯草芽孢杆菌细胞的膜电位。结晶紫测定用于证明在

  DOI：

  10.3390/antibiotics12010015

文献信息

• Binding and Action of Amino Acid Analogs of Chloramphenicol upon the Bacterial Ribosome
  作者：Andrey G. Tereshchenkov、Malgorzata Dobosz-Bartoszek、Ilya A. Osterman、James Marks、Vasilina A. Sergeeva、Pavel Kasatsky、Ekaterina S. Komarova、Andrey N. Stavrianidi、Igor A. Rodin、Andrey L. Konevega、Petr V. Sergiev、Natalia V. Sumbatyan、Alexander S. Mankin、Alexey A. Bogdanov、Yury S. Polikanov

  DOI：10.1016/j.jmb.2018.01.016

  日期：2018.3

  bacterial ribosome and inhibits peptide bond formation. As an approach for modifying and potentially improving properties of this inhibitor, we explored ribosome binding and inhibitory activity of a number of amino acid analogs of CHL. The L-histidyl analog binds to the ribosome with the affinity exceeding that of CHL by 10 fold. Several of the newly synthesized analogs were able to inhibit protein synthesis

  抗生素氯霉素（CHL）以中等亲和力结合在细菌核糖体的肽基转移酶中心，并抑制肽键的形成。作为修饰和潜在改善该抑制剂性质的方法，我们探索了核糖体结合和许多CHL氨基酸类似物的抑制活性。L-组氨酸类似物以超过CHL十倍的亲和力与核糖体结合。一些新合成的类似物能够抑制蛋白质合成，并表现出不同于CHL的作用方式。然而，半合成CHL类似物的抑制特性与其亲和力不相关，并且一般而言，与原始抗生素相比，CHL的氨基酸类似物是不太有效的翻译抑制剂。与三个半合成类似物复合的嗜热栖热菌70S核糖体显示，CHL衍生物在肽基转移酶中心结合，在那里被测化合物的氨酰基部分与rRNA建立了特异相互作用。尽管仍然是效率低下的翻译抑制剂，但合成的化合物仍代表着有前途的化学支架，其靶向核糖体的肽基转移酶中心，并可能适合进一步研究。
• Aminoacyl analogs of chloramphenicol: examination of the kinetics of inhibition of peptide bond formation
  作者：Denis Drainas、Petros Mamos、Charalambos Coutsogeorgopoulos

  DOI：10.1021/jm00075a008

  日期：1993.11

  Two aminoacyl analogs and one peptidyl analog of chloramphenicol (1, Cl2CHCO-CA) were prepared. These are 2 (L-Phe-CA), 3 (Gly-CA), and 4 (L-Phe-Gly-CA). The kinetics of inhibition of peptide bond formation by these analogs were examined in a cell-free system which was derived from E. coli and used previously for the study of 1 (Drainas; et al. Eur. J. Biochem. 1987, 164, 53-58). In the absence of

  制备了氯霉素的两个氨基酰基类似物和一个肽基类似物（1，Cl2CHCO-CA）。它们是2（L-Phe-CA），3（Gly-CA）和4（L-Phe-Gly-CA）。在源自大肠杆菌的无细胞系统中检查了这些类似物抑制肽键形成的动力学，该系统先前已用于研究1（Drainas; et al.Eur.J.Biochem.1987，164， 53-58）。在没有抑制剂的情况下，反应在整个反应过程中遵循一级动力学。在类似物存在下，反应给出双相对数-时间图。分析与图的初始斜率有关的动力学信息（初始斜率分析）。该信息将类似物与母体化合物1区分开。增加1的浓度将抑制从竞争性变为混合性非竞争性（Drainas；等人，Eur.J.Biochem.1987，164，53-58）。相反，即使在抑制剂的高浓度下，类似物也能提供竞争动力学。确定了以下Ki值：2为18.0 microM，3为5.5 microM，4为1.5 m
• Design, synthesis and ribosome binding of chloramphenicol nucleotide and intercalator conjugates
  作者：Dorte Johansson、Carsten H. Jessen、Jacob Pøhlsgaard、Kenneth B. Jensen、Birte Vester、Erik B. Pedersen、Poul Nielsen

  DOI：10.1016/j.bmcl.2005.02.044

  日期：2005.4

  ribosome has been used for design of chloramphenicol derivatives. Conjugates of the chloramphenicol amine through appropriate linkers to either a pyrene moiety or to a mono- or dinucleotide moiety were designed to improve binding to ribosomes by providing specific interactions in the peptidyl transferase site or to the P-loop in the ribosome. Specific binding of the conjugates were investigated by footprinting

  基于细菌核糖体中结合的抗生素药物氯霉素的X射线结构的分子建模已用于氯霉素衍生物的设计。通过适当的接头与a部分或单核苷酸或二核苷酸部分的氯霉素胺的缀合物被设计为通过在肽基转移酶位点或与核糖体中的P-环提供特异性相互作用来改善与核糖体的结合。通过使用核糖体RNA中可及核苷酸的化学修饰进行足迹分析，研究了结合物的特异性结合。与天然氯霉素相比，pyr氯霉素结合物显示出与氯霉素结合位点的增强结合，而四个核苷酸结合物未显示出与氯霉素结合位点或与P-环结合。
• Conjugates of Chloramphenicol Amine and Berberine as Antimicrobial Agents
  作者：Julia A. Pavlova、Andrey G. Tereshchenkov、Pavel A. Nazarov、Dmitrii A. Lukianov、Dmitry A. Skvortsov、Vladimir I. Polshakov、Byasilya F. Vasilieva、Olga V. Efremenkova、Mikhail Y. Kaiumov、Alena Paleskava、Andrey L. Konevega、Olga A. Dontsova、Ilya A. Osterman、Alexey A. Bogdanov、Natalia V. Sumbatyan

  DOI：10.3390/antibiotics12010015

  日期：——

  action of CAM-C8-BER on E. coli bacteria. Thus, we showed that CAM-C8-BER could act both on the ribosome and on the cell membrane of bacteria, with the alkylated berberine fragment of the compound making a significant contribution to the inhibitory effect on bacterial growth. Moreover, we showed that CAM-Cn-BERs did not inhibit eukaryotic translation in vitro and were non-toxic for eukaryotic cells.

  为了获得具有改进特性的抗微生物化合物，合成并研究了在基于氯霉素 (CHL) 和疏水阳离子的单个嵌合分子中包含两种不同生物活性剂的新缀合物。源自核糖体靶向抗生素 CHL 的氯霉素胺 (CAM) 和植物异喹啉生物碱小檗碱 (BER) 通过这些缀合物结构中不同长度的烷基接头连接。使用竞争结合、双报告系统和脚印分析，我们发现合成的 CAM-Cn-BER 化合物与细菌核糖体结合并像母体 CHL 一样抑制蛋白质合成。CAM-C5-BER和CAM-C8-BER对细菌翻译过程的作用机制与CHL相似。细菌实验表明，CAM-Cn-BER 抑制了 CHL 和大环内酯类耐药细菌实验室菌株的生长。CAM-C8-BER 对抗分枝杆菌，比母体 CHL 和缺乏 CAM 部分的小檗碱衍生物 (CH3-C8-BER) 更有选择性地抑制革兰氏阳性菌的生长。使用电位敏感荧光探针，我们发现 CAM-C8-BER 显着降低了枯草芽孢杆菌细胞的膜电位。结晶紫测定用于证明在