N-[2-(N-ethoxythiocarbonyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine | 249287-91-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-[2-(N-ethoxythiocarbonyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine
• 英文别名: 2-[2-(Ethoxycarbothioylamino)ethyl-[2-[2-oxo-4-(phenylmethoxycarbonylamino)pyrimidin-1-yl]acetyl]amino]acetic acid
• CAS: 249287-91-0
• 化学式: C₂₁H₂₅N₅O₇S
• 分子量: 491.525
• InChiKey: JDGLQUNDOYAQKK-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.8
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  182
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  氯羰基亚磺酰氯 、 N-[2-(N-ethoxythiocarbonyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine 在 N,O-双三甲硅基乙酰胺 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.83h， 以84%的产率得到N-[2-(N-dithiasuccinoyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine
  参考文献：
  名称：

  Use of the Dithiasuccinoyl (Dts) Amino Protecting Group for Solid-Phase Synthesis of Protected Peptide Nucleic Acid (PNA) Oligomers^1-3

  摘要：

  "肽核酸"(PNA)寡聚体将DNA的寡核苷酸骨架替换为无手性且中性的聚[N-(2-氨基乙基)甘氨酸]骨架，并通过甲基 carbonyl 连接物将四个天然碱基连接到甘氨酸氮上。本研究描述了将N-omega-Boc/侧链Z保护的PNA单体高效转化为相应受硫化N-omega-二硫琥珀酰基(Dts)保护的衍生物。在酸性条件下去除Boc后，使用双(乙氧基 carbonyl)硫化物处理得到N-omega-乙氧基 carbonyl(Etc)衍生物，这些衍生物在 alpha-carboxyl 上被硅化，并与(chlorocarbonyl)sulfenyl chloride反应生成杂环。纯品单体的净收率为71-78%。固相模式下Dts基团的硫醇化去除条件，以及受保护单体的偶联条件，已得到广泛研究和优化。一种包含以下步骤的方案被用于固相合成：(i) 使用二硫苏糖醇(DTT)(0.5 M)在醋酸(HOAc)(0.5 M)-CH2Cl2(2 + 8分钟)中去除Dts；(ii) 使用N,N-二异丙基乙胺(DIEA)-CH2Cl2(1:19, 1 + 2分钟)进行短时间中和；(iii) 使用HBTU-DIEA(3:1)在N-甲基-2-吡咯烷酮(NMP)中进行3小时的偶联。该方案应用于Dts-T-4-Gly-NH2、Dts-G(Z)-G(Z)-T-A(Z)-Gly-NH2、Dts-A(Z)-T-C(Z)-G(Z)-Gly-NH2和Dts-G(Z)-C(Z)-A(Z)-T-Gly-NH2的固相合成。所述受保护的PNA衍生物从载体上分离，并通过质谱法验证了其结构。

  DOI：

  10.1021/jo9824394
• 作为产物：
  描述：

  二(乙氧基硫代羰基)硫醚 、 {(2-Amino-ethyl)-[2-(4-benzyloxycarbonylamino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-acetyl]-amino}-acetic acid 在 sodium hydroxide 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 生成 N-[2-(N-ethoxythiocarbonyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine
  参考文献：
  名称：

  Use of the Dithiasuccinoyl (Dts) Amino Protecting Group for Solid-Phase Synthesis of Protected Peptide Nucleic Acid (PNA) Oligomers^1-3

  摘要：

  "肽核酸"(PNA)寡聚体将DNA的寡核苷酸骨架替换为无手性且中性的聚[N-(2-氨基乙基)甘氨酸]骨架，并通过甲基 carbonyl 连接物将四个天然碱基连接到甘氨酸氮上。本研究描述了将N-omega-Boc/侧链Z保护的PNA单体高效转化为相应受硫化N-omega-二硫琥珀酰基(Dts)保护的衍生物。在酸性条件下去除Boc后，使用双(乙氧基 carbonyl)硫化物处理得到N-omega-乙氧基 carbonyl(Etc)衍生物，这些衍生物在 alpha-carboxyl 上被硅化，并与(chlorocarbonyl)sulfenyl chloride反应生成杂环。纯品单体的净收率为71-78%。固相模式下Dts基团的硫醇化去除条件，以及受保护单体的偶联条件，已得到广泛研究和优化。一种包含以下步骤的方案被用于固相合成：(i) 使用二硫苏糖醇(DTT)(0.5 M)在醋酸(HOAc)(0.5 M)-CH2Cl2(2 + 8分钟)中去除Dts；(ii) 使用N,N-二异丙基乙胺(DIEA)-CH2Cl2(1:19, 1 + 2分钟)进行短时间中和；(iii) 使用HBTU-DIEA(3:1)在N-甲基-2-吡咯烷酮(NMP)中进行3小时的偶联。该方案应用于Dts-T-4-Gly-NH2、Dts-G(Z)-G(Z)-T-A(Z)-Gly-NH2、Dts-A(Z)-T-C(Z)-G(Z)-Gly-NH2和Dts-G(Z)-C(Z)-A(Z)-T-Gly-NH2的固相合成。所述受保护的PNA衍生物从载体上分离，并通过质谱法验证了其结构。

  DOI：

  10.1021/jo9824394