3-[[6-[1-[(3-methoxyphenyl)methyl]benzimidazol-5-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid | 1613153-63-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 3-[[6-[1-[(3-methoxyphenyl)methyl]benzimidazol-5-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid
• 英文别名: 3-[[6-[1-[(3-Methoxyphenyl)methyl]benzimidazol-5-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid
• CAS: 1613153-63-1
• 化学式: C₃₁H₂₅N₃O₃
• 分子量: 487.558
• InChiKey: GRVRIBHQIOXMNG-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.8
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.1
• 拓扑面积：
  69.3
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 水 、 sodium hydroxide 作用下， 反应 1.0h， 以2.8 mg的产率得到3-[[6-[1-[(3-methoxyphenyl)methyl]benzimidazol-5-yl]indol-1-yl]methyl]benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  基于吲哚的化合物作为靶向糖蛋白 41 的小分子 HIV-1 融合抑制剂的构效关系研究

  摘要：

  我们之前描述了通过靶向跨膜糖蛋白 gp41 的疏水口袋来抑制 HIV-1 融合的含吲哚化合物。在这里，我们报告了基本支架的优化和构效关系研究，定义了形状、接触表面积和分子特性的作用。在结合、细胞-细胞融合和病毒复制试验中评估了 30 种新化合物。低于 1 μM 阈值，结合和生物活性之间的相关性减弱，表明细胞活性需要两亲性。最活跃的抑制剂6j表现出 0.6 μM 的结合亲和力和 0.2 μM EC 50抗细胞 - 细胞融合和活病毒复制，并且对 T20 抗性菌株有活性。具有相同连接性的 22 种化合物在对接计算中显示出一致的姿势，其排列顺序与生物活性相匹配。这项工作提供了对 HIV-1 融合的小分子抑制要求的深入了解，并证明了一种有效的低分子量融合抑制剂。

  DOI：

  10.1021/jm500344y

文献信息

• Structure–Activity Relationship Studies of Indole-Based Compounds as Small Molecule HIV-1 Fusion Inhibitors Targeting Glycoprotein 41
  作者：Guangyan Zhou、Vladimir Sofiyev、Hardeep Kaur、Beth A. Snyder、Marie K. Mankowski、Priscilla A. Hogan、Roger G. Ptak、Miriam Gochin

  DOI：10.1021/jm500344y

  日期：2014.6.26

  described indole-containing compounds with the potential to inhibit HIV-1 fusion by targeting the hydrophobic pocket of transmembrane glycoprotein gp41. Here we report optimization and structure–activity relationship studies on the basic scaffold, defining the role of shape, contact surface area, and molecular properties. Thirty new compounds were evaluated in binding, cell–cell fusion, and viral replication

  我们之前描述了通过靶向跨膜糖蛋白 gp41 的疏水口袋来抑制 HIV-1 融合的含吲哚化合物。在这里，我们报告了基本支架的优化和构效关系研究，定义了形状、接触表面积和分子特性的作用。在结合、细胞-细胞融合和病毒复制试验中评估了 30 种新化合物。低于 1 μM 阈值，结合和生物活性之间的相关性减弱，表明细胞活性需要两亲性。最活跃的抑制剂6j表现出 0.6 μM 的结合亲和力和 0.2 μM EC 50抗细胞 - 细胞融合和活病毒复制，并且对 T20 抗性菌株有活性。具有相同连接性的 22 种化合物在对接计算中显示出一致的姿势，其排列顺序与生物活性相匹配。这项工作提供了对 HIV-1 融合的小分子抑制要求的深入了解，并证明了一种有效的低分子量融合抑制剂。