ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-N-(3-fluorophenyl)-1-methyl-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate | 767270-91-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-N-(3-fluorophenyl)-1-methyl-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate
• 英文别名: ethyl 3-(N-[2-[(4-carbamimidoylanilino)methyl]-1-methylbenzimidazole-5-carbonyl]-3-fluoroanilino)propanoate
• CAS: 767270-91-7
• 化学式: C₂₈H₂₉FN₆O₃
• 分子量: 516.575
• InChiKey: KDQZXADSFPYYCI-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.2
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  126
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-N-(3-fluorophenyl)-1-methyl-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate 在 sodium hydroxide 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 2.0h， 以99%的产率得到3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-N-(3-fluorophenyl)-1-methyl-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoic acid
  参考文献：
  名称：

  Design, synthesis, biological evaluation and molecular docking studies of dabigatran analogs as potential thrombin inhibitors

  摘要：

  设计并合成了一系列含氟的达比加群类似物。所有目标化合物均通过1H NMR、13C NMR和FT-ICR-MS进行了表征。同时，对新合成的化合物进行了体外凝血酶抑制活性评估。结果显示，化合物12a对凝血酶的IC50值最高（IC50 = 5.41 nM）。此外，进行了分子对接模拟以阐明化合物在凝血酶蛋白活性位点的构象及关键氨基酸残基。结果表明，化合物12a至12e的IC50值与其对接得分之间存在适当的关系。我们认为，凝血酶中的Asp189、Gly219与化合物之间的氢键相互作用似乎在凝血酶抑制中起主要作用。

  DOI：

  10.1007/s13738-015-0743-4
• 作为产物：
  描述：

  3-硝基-4-甲胺基-苯甲酰氯 在 5%-palladium/activated carbon 、 盐酸羟胺 、 甲酸铵 、 氯化铵 、 1-羟基苯并三唑 、 溶剂黄146 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 锌 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 5.58h， 生成 ethyl 3-(2-(((4-carbamimidoylphenyl)amino)methyl)-N-(3-fluorophenyl)-1-methyl-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamido)propanoate
  参考文献：
  名称：

  Design, synthesis, biological evaluation and molecular docking studies of dabigatran analogs as potential thrombin inhibitors

  摘要：

  设计并合成了一系列含氟的达比加群类似物。所有目标化合物均通过1H NMR、13C NMR和FT-ICR-MS进行了表征。同时，对新合成的化合物进行了体外凝血酶抑制活性评估。结果显示，化合物12a对凝血酶的IC50值最高（IC50 = 5.41 nM）。此外，进行了分子对接模拟以阐明化合物在凝血酶蛋白活性位点的构象及关键氨基酸残基。结果表明，化合物12a至12e的IC50值与其对接得分之间存在适当的关系。我们认为，凝血酶中的Asp189、Gly219与化合物之间的氢键相互作用似乎在凝血酶抑制中起主要作用。

  DOI：

  10.1007/s13738-015-0743-4

文献信息

• Design, synthesis, biological evaluation and molecular docking studies of dabigatran analogs as potential thrombin inhibitors
  作者：Hai-Feng Chen、Ming-Hui Dong、Yu-Jie Ren、Fei Wang

  DOI：10.1007/s13738-015-0743-4

  日期：2016.2

  A series of fluorinated dabigatran analogs were designed and synthesized. All the target compounds were characterized by 1H NMR, 13C NMR, and FT-ICR-MS. The thrombin inhibitory activities of the new synthesized compounds were also evaluated in vitro. The results show that compound 12a has the highest IC50 of thrombin inhibition (IC50 = 5.41 nM). Moreover, molecular docking simulation was carried out to elucidate the conformations of the compounds and key amino acid residues at the active site of thrombin protein. The results show there is an appropriate relationship between IC50 and the docking scores for compounds 12a–e. We suggest that the hydrogen bond interaction between Asp189, Gly219 of thrombin and the compounds appear to play major role in thrombin inhibition.

  设计并合成了一系列含氟的达比加群类似物。所有目标化合物均通过1H NMR、13C NMR和FT-ICR-MS进行了表征。同时，对新合成的化合物进行了体外凝血酶抑制活性评估。结果显示，化合物12a对凝血酶的IC50值最高（IC50 = 5.41 nM）。此外，进行了分子对接模拟以阐明化合物在凝血酶蛋白活性位点的构象及关键氨基酸残基。结果表明，化合物12a至12e的IC50值与其对接得分之间存在适当的关系。我们认为，凝血酶中的Asp189、Gly219与化合物之间的氢键相互作用似乎在凝血酶抑制中起主要作用。