(S)-2-(2-isopropyl-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)-2-(piperidin-4-yl)ethyl 1-(1-(thiophen-3-ylmethyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)piperidine-4-carboxylate | 1613404-81-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: (S)-2-(2-isopropyl-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)-2-(piperidin-4-yl)ethyl 1-(1-(thiophen-3-ylmethyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)piperidine-4-carboxylate
• 英文别名: [(2S)-2-piperidin-4-yl-2-(2-propan-2-ylbenzimidazol-1-yl)ethyl] 1-[1-(thiophen-3-ylmethyl)benzimidazol-2-yl]piperidine-4-carboxylate
• CAS: 1613404-81-1
• 化学式: C₃₅H₄₂N₆O₂S
• 分子量: 610.823
• InChiKey: XESGAWFYPMBPAR-JGCGQSQUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.2
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  (S)-tert-butyl 4-(1-(2-nitrophenylamino)-2-(1-(1-(thiophen-3-ylmethyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)piperidine-4-carbonyloxy)ethyl)piperidine-1-carboxylate 在 盐酸 、 sodium dithionite 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 (S)-2-(2-isopropyl-1H-benzo[d]imidazol-1-yl)-2-(piperidin-4-yl)ethyl 1-(1-(thiophen-3-ylmethyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)piperidine-4-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  针对PDEδ异戊二烯结合位点的高效苯并咪唑抑制剂的结构导向设计和动力学分析

  摘要：

  K-Ras是最常见的信号转导人类致癌基因之一。Ras信号传导活性需要GTPase的正确细胞定位。K-Ras的空间组织受到异戊二烯结合蛋白PDEδ的控制，异戊二烯结合蛋白PDEδ增强Ras在细胞质中的扩散。小分子抑制Ras–PDEδ相互作用会削弱Ras的定位和信号传导。在这里，我们详细描述了靶向Ras–PDEδ抑制剂的鉴定和结构指导的开发，该抑制剂靶向具有纳摩尔摩尔亲和力的PDEδ的法呢基结合袋。我们报道了表征最有效的小分子配体与PDEδ结合的动力学数据，并证明了它们与细胞裂解液中的内源PDEδ结合。

  DOI：

  10.1021/jm500632s

文献信息

• Structure Guided Design and Kinetic Analysis of Highly Potent Benzimidazole Inhibitors Targeting the PDEδ Prenyl Binding Site
  作者：Gunther Zimmermann、Carsten Schultz-Fademrecht、Philipp Küchler、Sandip Murarka、Shehab Ismail、Gemma Triola、Peter Nussbaumer、Alfred Wittinghofer、Herbert Waldmann

  DOI：10.1021/jm500632s

  日期：2014.6.26

  organization of K-Ras is controlled by the prenyl binding protein PDEδ, which enhances Ras diffusion in the cytosol. Inhibition of the Ras–PDEδ interaction by small molecules impairs Ras localization and signaling. Here we describe in detail the identification and structure guided development of Ras–PDEδ inhibitors targeting the farnesyl binding pocket of PDEδ with nanomolar affinity. We report kinetic

  K-Ras是最常见的信号转导人类致癌基因之一。Ras信号传导活性需要GTPase的正确细胞定位。K-Ras的空间组织受到异戊二烯结合蛋白PDEδ的控制，异戊二烯结合蛋白PDEδ增强Ras在细胞质中的扩散。小分子抑制Ras–PDEδ相互作用会削弱Ras的定位和信号传导。在这里，我们详细描述了靶向Ras–PDEδ抑制剂的鉴定和结构指导的开发，该抑制剂靶向具有纳摩尔摩尔亲和力的PDEδ的法呢基结合袋。我们报道了表征最有效的小分子配体与PDEδ结合的动力学数据，并证明了它们与细胞裂解液中的内源PDEδ结合。