1-[3-C-allyl-2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-pentofuranosyl]-uracyl | 200011-14-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-[3-C-allyl-2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-pentofuranosyl]-uracyl
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5S)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-prop-2-enyloxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 200011-14-9
• 化学式: C₂₄H₄₄N₂O₅Si₂
• 分子量: 496.795
• InChiKey: PDZQQWOKWNFHNM-VURPSTOHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.04
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[3-C-allyl-2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-pentofuranosyl]-uracyl 在 ammonium hydroxide 、 sodium chlorite 、 sodium dihydrogenphosphate 、 四氧化锇 、 1-羟基苯并三唑 、 溶剂黄146 、 N-甲基吗啉氧化物 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 、 叔丁醇 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 2-((2S,3R,4R,5R)-4-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-2-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl)-N-(((2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl)acetamide
  参考文献：
  名称：

  在选定位置具有酰胺作为尿苷间键的 RNA 类似物的合成和性质

  摘要：

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在

  DOI：

  10.1021/ja0360900
• 作为产物：
  描述：

  tributylallylsilane 、 1-[2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-O-phenylthiocarbonyl-β-D-pentofuranosyl]-uracyl 在 偶氮二异丁腈 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 6.0h， 以75%的产率得到1-[3-C-allyl-2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-pentofuranosyl]-uracyl
  参考文献：
  名称：

  在选定位置具有酰胺作为尿苷间键的 RNA 类似物的合成和性质

  摘要：

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在

  DOI：

  10.1021/ja0360900

文献信息

• Erratum
  作者：Mutisya, Daniel、Selvam, Chelliah、Lunstad, Benjamin D.、Pallan, Pradeep S.、Haas, Amanda、Leake, Devin、Egli, Martin、Rozners, Eriks

  DOI：10.1093/nar/gku669

  日期：2014.9.15

  Amides are excellent mimics of phosphate internucleoside linkages and are well tolerated in short interfering RNAs

  酰胺是磷酸核苷间键的出色模拟物，在短干扰RNA中具有良好的耐受性
• Amides are excellent mimics of phosphate internucleoside linkages and are well tolerated in short interfering RNAs
  作者：Daniel Mutisya、Chelliah Selvam、Benjamin D. Lunstad、Pradeep S. Pallan、Amanda Haas、Devin Leake、Martin Egli、Eriks Rozners

  DOI：10.1093/nar/gku235

  日期：2014.6.2

  study demonstrates that 3'-CH2-CO-NH-5' amides are excellent replacements for phosphodiester internucleoside linkages in RNA. The crystal structure shows that amide-modified RNA forms a typical A-form duplex. The amide carbonyl group points into the major groove and assumes an orientation that is similar to the P-OP2 bond in the phosphate linkage. Amide linkages are well hydrated by tandem waters linking

  RNA 干扰 (RNAi) 已成为功能基因组学的重要工具，并具有令人着迷的治疗潜力。然而，目前的短干扰 RNA (siRNA) 设计对于体内应用来说并不是最佳的。非离子磷酸盐主链修饰可能具有改善 siRNA 特性的潜力，但在 RNAi 技术中很少得到探索。使用 X 射线晶体学和 RNAi 活性测定，本研究表明 3'-CH2-CO-NH-5' 酰胺是 RNA 中磷酸二酯核苷间键的极好替代品。晶体结构显示酰胺修饰的RNA形成典型的A型双链体。酰胺羰基指向主沟并呈现类似于磷酸键中的 P-OP2 键的方向。酰胺键通过连接羰基和相邻磷酸氧的串联水充分水合。酰胺在 siRNA 的引导链和过客链的内部位置均具有耐受性，当放置在过客链 5' 端附近时，可能会增加沉默活性。因此，含有八个酰胺键的 siRNA 比未修饰的对照活性更高。结果表明，RNAi 可以耐受更广泛的酰胺修饰，这可能有助于优化体内应用的 siRNA。
• Amides as Excellent Mimics of Phosphate Linkages in RNA
  作者：Chelliah Selvam、Siji Thomas、Jason Abbott、Scott D. Kennedy、Eriks Rozners

  DOI：10.1002/anie.201007012

  日期：2011.2.25

  An unlikely substitute: Despite their different chemical structure and local conformation, amide linkages (highlighted in the picture) are excellent mimics of phosphodiester linkages in RNA. They have surprisingly little effect on the global A‐type structure, thermal stability, and hydration of RNA and may therefore be promising modifications for the optimization of siRNAs.

  不太可能的替代品：尽管它们的化学结构和局部构象不同，酰胺键（图中突出显示）是 RNA 中磷酸二酯键的极好模拟。它们对 RNA 的整体 A 型结构、热稳定性和水合作用几乎没有影响，因此可能是优化 siRNA 的有希望的修饰。
• Synthesis and Properties of Oligoribonucleotide Analogues Having Amide (3″-CH₂-CO-NH-5′) Internucleoside Linkages
  作者：Eriks Rozners、Roger Strömberg

  DOI：10.1080/07328319708006117

  日期：1997.7

  Amide linked ribonucleoside dimer 5 was prepared and converted into selectively protected H-phosphonate building block 9. Oligoribonucleotide duplexes having amide linkages at selected sites were synthesized and their stability was studied by UV melting experiments.
• Synthesis and Properties of RNA Analogues Having Amides as Interuridine Linkages at Selected Positions
  作者：Eriks Rozners、Dace Katkevica、Erika Bizdena、Roger Strömberg

  DOI：10.1021/ja0360900

  日期：2003.10.1

  oligonucleotides and RNA had stability similar to unmodified RNA-RNA duplexes (Delta t(m)= -0.2 to +0.7 degrees C per modification). However, the AM2 modification resulted in substantial stabilization of duplexes: Delta t(m)= +1 to +2.4 degrees C per modification compared to all RNA. A 2'-O-methyl vicinal to the AM2 linkage further increased the duplex stability. Our results suggest that RNA analogues having

  已合成在选定位置具有酰胺核苷间键（AM1：3'-CH(2)CONH-5' 和 AM2：3'-CH(2)NHCO-5'）的寡核糖核苷酸类似物，并且由这些形成的双链体的热稳定性已通过 UV 熔解实验评估了具有互补 RNA 片段的类似物。研究了两个系列的具有 2'-OH 或 2'-OMe 邻近酰胺键的低聚物。单体合成子（3' 和 5'-C 胺和羧酸）合成如下： 对于 AM1 类似物的合成，采用已知的自由基烯丙基化序列，然后是双键断裂。为了合成 AM2 类似物，开发了通过添加硝基甲烷然后将硝基官能团转化为氨基或羧基的新途径。单体胺和羧酸偶联，然后进行保护基操作和膦酰化，得到用于寡核苷酸合成的二聚体 3'-膦酸结构单元。还制备了具有 3'-酰胺和 2'-OH 或 2'-OMe 基团的单体模型化合物，并通过 (1) H NMR 确定了它们的构象平衡。AM1 和 AM2 模型对北方构象异构体表现出相同的偏好（在