6-[2-[(E)-3-(1-ethyl-3,3-dimethyl-5-sulfoindol-2-ylidene)prop-1-enyl]-3,3-dimethyl-5-sulfoindol-1-ium-1-yl]hexanoic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 6-[2-[(E)-3-(1-ethyl-3,3-dimethyl-5-sulfoindol-2-ylidene)prop-1-enyl]-3,3-dimethyl-5-sulfoindol-1-ium-1-yl]hexanoic acid
• 化学式: C31H39N2O8S2+
• 分子量: 631.8
• InChiKey: YDNYBBRGPORVRT-UHFFFAOYSA-O

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  169
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

文献信息

• Modified nucleotides
  申请人：Milton John

  公开号：US20090325172A1

  公开（公告）日：2009-12-31

  The invention provides modified nucleotide or nucleoside molecule comprising a purine or pyrimidine base and a ribose or deoxyribose sugar moiety having a removable 3′-OH blocking group covalently attached thereto, such that the 3′ carbon atom has attached a group of the structure —O-Z wherein Z is any of —C(R′)2-O—R″, —C(R′)2-N(R″)2, —C(R′)2-N(H)R″, —C(R′)2-S—R″ and —C(R′)2-F, wherein each R″ is or is part of a removable protecting group; each R′ is independently a hydrogen atom, an alkyl, substituted alkyl, arylalkyl, alkenyl, alkynyl, aryl, heteroaryl, heterocyclic, acyl, cyano, alkoxy, aryloxy, heteroaryloxy or amido group, or a detectable label attached through a linking group; or (R′)2 represents an alkylidene group of formula ═C(R′″)2 wherein each R′″ may be the same or different and is selected from the group comprising hydrogen and halogen atoms and alkyl groups; and wherein said molecule may be reacted to yield an intermediate in which each R″ is exchanged for H or, where Z is —C(R′)2-F, the F is exchanged for OH, SH or NH2, preferably OH, which intermediate dissociates under aqueous conditions to afford a molecule with a free 3′OH; with the proviso that where Z is —C(R′)2-S—R″, both R′ groups are not H.

  该发明提供了一种经改性的核苷酸或核苷分子，包括嘌呤或嘧啶碱基和一个核糖或去氧核糖糖基团，其中可移除的3'-OH阻断基团共价连接在其上，使得3'碳原子上附有结构式为-O-Z的基团，其中Z是-C（R'）2-O-R"、-C（R'）2-N（R"）2、-C（R'）2-N（H）R"、-C（R'）2-S-R"和-C（R'）2-F中的任意一种，其中每个R"是或是可移除的保护基团的一部分；每个R'独立地是氢原子、烷基、取代烷基、芳基烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、杂环、酰基、氰基、烷氧基、芳氧基、杂芳氧基或酰胺基，或通过连接基团连接的可检测标记；或（R'）2表示公式═C（R' "）2的烷基亚甲基，其中每个R' "可以相同或不同，选自氢原子和卤素原子和烷基；其中所述分子可以反应生成一种中间体，在该中间体中，每个R"被交换为H或者当Z为-C（R'）2-F时，F被交换为OH、SH或NH2，优选为OH，在水条件下，该中间体解离以得到具有自由3'OH的分子；但其中当Z为-C（R'）2-S-R"时，两个R'基团不是H。
• US7771973B2
  申请人：——

  公开号：US7771973B2

  公开（公告）日：2010-08-10