2-[(4-methoxybenzyl)amino]pyrimidine-5-carbonitrile

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯酚醚
• 英文名称: 2-[(4-methoxybenzyl)amino]pyrimidine-5-carbonitrile
• 英文别名: 2-[(4-Methoxybenzyl)amino]-5-pyrimidinecarbonitrile；2-[(4-methoxyphenyl)methylamino]pyrimidine-5-carbonitrile
• 化学式: C₁₃H₁₂N₄O
• 分子量: 240.264
• InChiKey: IUUHPUJVQOFRSZ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.7
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.15
• 拓扑面积：
  70.8
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-[(4-methoxybenzyl)amino]pyrimidine-5-carbonitrile 在 sodium azide 、 氯化铵 、 lithium chloride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  二氟甲基-1,3,4-恶二唑是组蛋白脱乙酰酶 6 的选择性、基于机制且基本上不可逆的抑制剂

  摘要：

  组蛋白脱乙酰酶 6 （HDAC6） 是肿瘤和非肿瘤疾病的重要药物靶点。大多数可用的 HDAC6 抑制剂 （HDAC6i） 利用异羟肟酸作为锌结合基团，由于其潜在的遗传毒性，这限制了治疗机会。最近，据报道，二氟甲基-1,3,4-恶二唑 （DFMOs） 是有效的选择性 HDAC6i，但它们的抑制模式仍然是个谜。在此，我们报道了 DFMO 充当基于机制且基本上不可逆的 HDAC6i。生化数据证实，DFMO 6 是一种紧密结合的 HDAC6i，能够通过两步慢结合机制抑制 HDAC6。晶体学和机理实验表明，锌结合水在最靠近二氟甲基部分的 sp2 碳处侵蚀 6，随后恶二唑开环，产生去质子化的二氟乙酰酰肼 13 作为活性物质。13 的强阴离子锌配位和 P571 口袋中二氟甲基部分的结合最终导致对 HDAC6 的基本上不可逆的抑制。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.3c01345
• 作为产物：
  描述：

  4-甲氧基苄胺 、 2-氯-5-氰基嘧啶 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 以94 %的产率得到2-[(4-methoxybenzyl)amino]pyrimidine-5-carbonitrile
  参考文献：
  名称：

  二氟甲基-1,3,4-恶二唑是组蛋白脱乙酰酶 6 的选择性、基于机制且基本上不可逆的抑制剂

  摘要：

  组蛋白脱乙酰酶 6 （HDAC6） 是肿瘤和非肿瘤疾病的重要药物靶点。大多数可用的 HDAC6 抑制剂 （HDAC6i） 利用异羟肟酸作为锌结合基团，由于其潜在的遗传毒性，这限制了治疗机会。最近，据报道，二氟甲基-1,3,4-恶二唑 （DFMOs） 是有效的选择性 HDAC6i，但它们的抑制模式仍然是个谜。在此，我们报道了 DFMO 充当基于机制且基本上不可逆的 HDAC6i。生化数据证实，DFMO 6 是一种紧密结合的 HDAC6i，能够通过两步慢结合机制抑制 HDAC6。晶体学和机理实验表明，锌结合水在最靠近二氟甲基部分的 sp2 碳处侵蚀 6，随后恶二唑开环，产生去质子化的二氟乙酰酰肼 13 作为活性物质。13 的强阴离子锌配位和 P571 口袋中二氟甲基部分的结合最终导致对 HDAC6 的基本上不可逆的抑制。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.3c01345