Recognition of the Minor Groove of DNA by Hairpin Polyamides Containing α-Substituted-β-Amino Acids
作者:Paul E. Floreancig、Susanne E. Swalley、John W. Trauger、Peter B. Dervan
DOI:10.1021/ja000509u
日期:2000.7.1
hairpin polyamides composed of N-methylpyrrole (Py) and N-methylimidazole (Im) amino acids is required for binding to DNA sequences longer than seven base pairs with high affinity and sequence selectivity. Pairing the α-substituted-β-amino acids (S)-isoserine (^SIs), (R)-isoserine (^RIs), β-aminoalanine (Aa), and α-fluoro-β-alanine (Fb) side-by-side with β in hairpin polyamides alters DNA binding affinity
将柔性氨基酸 β-丙氨酸 (β) 结合到由 N-甲基吡咯 (Py) 和 N-甲基咪唑 (Im) 氨基酸组成的发夹聚酰胺中,需要以高亲和力和序列选择性与长度超过七个碱基对的 DNA 序列结合. 配对 α-取代-β-氨基酸 (S)-异丝氨酸 (^SIs)、(R)-异丝氨酸 (^RIs)、β-氨基丙氨酸 (Aa) 和 α-氟-β-丙氨酸 (Fb) 侧-与发夹聚酰胺中的 β 并列,相对于含有 β/β 配对的母体聚酰胺改变 DNA 结合亲和力和选择性。对包含序列 5'-TGCNGTA-3'(N = A、T、G 和 C)的限制性片段进行的定量 DNase I 足迹滴定研究表明,聚酰胺 ImPy^SIsImPy-γ-PyPyβImPy-β-Dp (^SIs /β 配对) 与 N = T (K_a = 4.5 × 10^9 M^(-1)) 结合优先于 N = A (K_a = 6.2 × 10^8 M^(-1))。该结果与亲本