{1-[(2R,4S,5R)-5-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxymethyl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-2-oxo-1,2-dihydro-pyrimidin-4-yl}-carbamic acid allyl ester | 357625-71-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: {1-[(2R,4S,5R)-5-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxymethyl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-2-oxo-1,2-dihydro-pyrimidin-4-yl}-carbamic acid allyl ester
• 英文别名: prop-2-enyl N-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]carbamate
• CAS: 357625-71-9
• 化学式: C₁₉H₃₁N₃O₆Si
• 分子量: 425.557
• InChiKey: VPWUSJSDQYXDPK-SQWLQELKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.65
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.63
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  {1-[(2R,4S,5R)-5-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxymethyl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-2-oxo-1,2-dihydro-pyrimidin-4-yl}-carbamic acid allyl ester 在 吡啶 、 叔丁基过氧化氢 、 青霉素(酰胺)酶 、 terazole 、 四丁基氟化铵 、 potassium iodide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 phosphate buffer 、 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 54.17h， 生成 L-valinyl-L-seryl-O-(3'-O-acetyl-6-N-allyloxycarbonyl-2'-deoxycytidyl-allyl-phosphato)-L-alanine allyl ester
  参考文献：
  名称：

  通过使用酶不稳定的氨基甲酸酯保护基合成核苷酸肽。

  摘要：

  核蛋白是天然存在的生物聚合物，其中丝氨酸，苏氨酸或酪氨酸部分的羟基通过磷酸二酯基连接到核酸的3'-或5'-末端。为了研究其中涉及核蛋白的生物学现象，例如病毒复制，体现肽链和寡核苷酸之间的特征性连接的核苷酸肽可以用作强大的工具。然而，由于核苷酸的多功能性和明显的酸和碱不稳定性，它们的合成需要应用各种正交稳定的保护基团，这些保护基团可以在最温和的条件下除去。我们开发了一种新的温和酶解保护方法，即 青霉素G酰基转移酶催化的N-苯基乙酰氧基苄氧基羰基（PhAcOZ）基团的水解，用于合成核苷酸肽。我们通过将N-末端去保护的核苷酸肽31 ac与PhAcOZ保护的氨基酸偶联，然后从青霉素G酰基转移酶完全保护的核苷酸四肽32 a，b中除去N-PhAcOZ基团，证明了该方法的广泛适用性。反应条件非常温和（pH 6.8），因此未观察到不希望的副反应，例如核苷酸键的断裂或核苷酸的β-消除。我们通过将N-末端去保护的核苷酸肽31

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20020415)8:8<1879::aid-chem1879>3.0.co;2-5
• 作为产物：
  描述：

  N⁴-[(allyloxy)carbonyl]-2'-deoxycytidine 、 叔丁基二甲基氯硅烷 在 咪唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 {1-[(2R,4S,5R)-5-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxymethyl)-4-hydroxy-tetrahydro-furan-2-yl]-2-oxo-1,2-dihydro-pyrimidin-4-yl}-carbamic acid allyl ester
  参考文献：
  名称：

  一种通过亚磷酰胺保护的亚磷酰胺方法，在3'-末端带有磷酸酯的寡脱氧核糖核苷酸的新方法：碱基不稳定的核苷酸-氨基酸和-肽结合物的有效合成

  摘要：

  开发了一种新的通过烯丙基保护的亚磷酰胺法合成3'-端磷酸化DNA低聚物的新方法。此方法对于制备具有碱基不稳定结构的衍生物（例如oligoDNA-OPO（OH）OCH 2 CH（R）Z ）特别有用，其中Z是吸电子功能。例如，寡核苷酸-氨基酸偶联物，5' TGTCGACACCCAATT 3' -OPO（OH）OCH 2 CH（NH 2）COOH，和一个寡核苷酸-肽缀合物，5' TGTCGACACCCAATT 3' -OPO（OH）OCH 2 CH（已获得高纯度的NH 2 COOH。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(99)00748-0

文献信息

• A novel approach to oligodeoxyribonucleotides bearing phosphoric acid esters at the 3′-terminals via the phosphoramidite method with allyl protection: An efficient synthesis of base-labile nucleotide-amino acid and -peptide conjugates
  作者：Akira Sakakura、Yoshihiro Hayakawa、Hitoshi Harada、Masaaki Hirose、Ryoji Noyori

  DOI：10.1016/s0040-4039(99)00748-0

  日期：1999.6

  A new method for synthesis of 3′-end-phosphorylated DNA oligomers via the phosphoramidite method with allyl protection has been developed. This method is particularly useful for the preparation of derivatives with base-labile structures such as oligoDNA-OPO(OH)OCH2CH(R)Z, in which Z is an electron-withdrawing function. For example, a oligonucleotide-amino acid conjugate, 5′TGTCGACACCCAATT3′-OPO(OH)OCH2CH(NH2)COOH

  开发了一种新的通过烯丙基保护的亚磷酰胺法合成3'-端磷酸化DNA低聚物的新方法。此方法对于制备具有碱基不稳定结构的衍生物（例如oligoDNA-OPO（OH）OCH 2 CH（R）Z ）特别有用，其中Z是吸电子功能。例如，寡核苷酸-氨基酸偶联物，5' TGTCGACACCCAATT 3' -OPO（OH）OCH 2 CH（NH 2）COOH，和一个寡核苷酸-肽缀合物，5' TGTCGACACCCAATT 3' -OPO（OH）OCH 2 CH（已获得高纯度的NH 2 COOH。
• Synthesis of Nucleopeptides by Employing an Enzyme-Labile Urethane Protecting Group
  作者：Duraiswamy A. Jeyaraj、Heino Prinz、Herbert Waldmann

  DOI：10.1002/1521-3765(20020415)8:8<1879::aid-chem1879>3.0.co;2-5

  日期：2002.4.15

  base lability of nucleopeptides, their synthesis requires the application of a variety of orthogonally stable blocking groups, which can be removed under the mildest conditions. We have developed a new mild enzymatic deprotection method, that is, the penicillin G acylase-catalyzed hydrolysis of the N-phenylacetoxybenzyloxycarbony (PhAcOZ) group, for the synthesis of nucleopeptides. We demonstrate the

  核蛋白是天然存在的生物聚合物，其中丝氨酸，苏氨酸或酪氨酸部分的羟基通过磷酸二酯基连接到核酸的3'-或5'-末端。为了研究其中涉及核蛋白的生物学现象，例如病毒复制，体现肽链和寡核苷酸之间的特征性连接的核苷酸肽可以用作强大的工具。然而，由于核苷酸的多功能性和明显的酸和碱不稳定性，它们的合成需要应用各种正交稳定的保护基团，这些保护基团可以在最温和的条件下除去。我们开发了一种新的温和酶解保护方法，即 青霉素G酰基转移酶催化的N-苯基乙酰氧基苄氧基羰基（PhAcOZ）基团的水解，用于合成核苷酸肽。我们通过将N-末端去保护的核苷酸肽31 ac与PhAcOZ保护的氨基酸偶联，然后从青霉素G酰基转移酶完全保护的核苷酸四肽32 a，b中除去N-PhAcOZ基团，证明了该方法的广泛适用性。反应条件非常温和（pH 6.8），因此未观察到不希望的副反应，例如核苷酸键的断裂或核苷酸的β-消除。我们通过将N-末端去保护的核苷酸肽31
• A FACILE SYNTHESIS OF 5′-END SOLID-ANCHORED, 3′-END FREE OLIGODEOXYRIBONUCLEOTIDES VIA THE (5′ → 3′)-ELONGATED PHOSPHORAMIDITE STRATEGY
  作者：Akira Sakakura、Yoshihiro Hayakawa

  DOI：10.1081/ncn-100002082

  日期：2001.2.28

  It is demonstrated that not only N-2- but also O-6-protection of the guanine base is necessary for obtaining the oligodeoxyribonucleotides in high yields and at a high purity in the solid-phase synthesis via the (5 ' --> 3 ')-chain elongated phosphoramidite approach.