[3-¹⁵N]-3',5'-di-O-acetylthymidine | 860481-06-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: [3-¹⁵N]-3',5'-di-O-acetylthymidine
• 英文别名: 3',5'-di-O-acetylthymidine；[(2R,3S,5R)-3-acetyloxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo(315N)pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl acetate
• CAS: 860481-06-7
• 化学式: C₁₄H₁₈N₂O₇
• 分子量: 327.299
• InChiKey: RGVBNBFNSBMXID-APVPSCQYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.2
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [3-¹⁵N]-3',5'-di-O-acetylthymidine 在 氨 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 6.0h， 以100%的产率得到[3-15N]-thymidine
  参考文献：
  名称：

  含[ 3-15 N]标记顺式胸腺嘧啶二聚体的DNA双链体的合成与表征

  摘要：

  顺式胸腺嘧啶二聚体是DNA的主要光产物，并且是由阳光诱导的突变的主要原因。为了更好地理解与顺-顺胸腺嘧啶二聚体碱基配对的性质，我们已经合成了含有一个十聚体寡脱氧核苷酸（ODN）顺-顺胸腺嘧啶二聚体在两个T的与N3标记15 N乘2条有效的路线从[3- 15 N]-胸苷亚磷酰胺。在合成后照射路径，包含一对相邻的[3-一个ODN 15 N] -标记T的照射和顺-顺含二聚体-ODN分离用HPLC。在混合结构单元路线中，由[ 3-15]的混合物合成了含顺式-顺式和反式-顺式二聚体的ODN的混合物。N]标记的胸腺嘧啶二聚体亚磷酰胺，然后通过HPLC分离出含有顺式-syn二聚体的ODN。一个的N3-氮和亚氨基质子信号15 N-标记的胸腺嘧啶二聚体的含-十聚体双链体通过2D分配1 H- 15 Ñheterocorrelated HSQC NMR谱，和15 N- 1 ħ偶合常数被发现是1.8赫兹更大5'-T比3'-T

  DOI：

  10.1021/jo0524167
• 作为产物：
  描述：

  乙酸酐 、 3',5'-Di-O-acetyl-3-nitrothymidin 在 氢氧化钾 、 ¹⁵N-ammonium chloride 、 三乙胺 、 吡啶 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 216.0h， 以70%的产率得到[3-¹⁵N]-3',5'-di-O-acetylthymidine
  参考文献：
  名称：

  含[ 3-15 N]标记顺式胸腺嘧啶二聚体的DNA双链体的合成与表征

  摘要：

  顺式胸腺嘧啶二聚体是DNA的主要光产物，并且是由阳光诱导的突变的主要原因。为了更好地理解与顺-顺胸腺嘧啶二聚体碱基配对的性质，我们已经合成了含有一个十聚体寡脱氧核苷酸（ODN）顺-顺胸腺嘧啶二聚体在两个T的与N3标记15 N乘2条有效的路线从[3- 15 N]-胸苷亚磷酰胺。在合成后照射路径，包含一对相邻的[3-一个ODN 15 N] -标记T的照射和顺-顺含二聚体-ODN分离用HPLC。在混合结构单元路线中，由[ 3-15]的混合物合成了含顺式-顺式和反式-顺式二聚体的ODN的混合物。N]标记的胸腺嘧啶二聚体亚磷酰胺，然后通过HPLC分离出含有顺式-syn二聚体的ODN。一个的N3-氮和亚氨基质子信号15 N-标记的胸腺嘧啶二聚体的含-十聚体双链体通过2D分配1 H- 15 Ñheterocorrelated HSQC NMR谱，和15 N- 1 ħ偶合常数被发现是1.8赫兹更大5'-T比3'-T

  DOI：

  10.1021/jo0524167

文献信息

• Spectroscopic analysis of the pyrimidine(6–4)pyrimidone photoproduct: insights into the (6–4) photolyase reaction
  作者：Junpei Yamamoto、Yoshiyuki Tanaka、Shigenori Iwai

  DOI：10.1039/b815458a

  日期：——

  We synthesized a dinucleoside monophosphate of the 15N-labeled (6–4) photoproduct, which is one of the major UV-induced lesions in DNA, to investigate the (6–4) photolyase repair mechanism, and characterized its protonation state by measuring 15N NMR spectra as a function of pH. We expected that chemical-shift changes of the pyrimidone15N3, due to protonation, would be observed at pH 3, as observed for the 15N-labeled 5-methylpyrimidin-2-one nucleoside. Interestingly, however, the changes were observed only in alkaline solutions. In UV absorption spectroscopy and HPLC analyses under acidic conditions, a change in the maximum absorption wavelength, due to the protonation-induced hydrolysis, was observed at and below pH 1, but not at pH 2, whereas the protonation of 5-methylpyrimidin-2-one occurred at pH values between 2 and 3. These results indicated that the pKa value for this N3 is remarkably lower than that of a normal pyrimidone ring, and strongly suggest that an intramolecular hydrogen bond is formed between the N3 of the 3′ base and the 5-OH of the 5′ base under physiological conditions. The results of this study have implications not only for the recognition and reaction mechanisms of (6–4) photolyase, but also for the chemical nature of the (6–4) photoproduct.

  我们合成了 15N 标记的 (6-4) 光产物的二核苷一磷酸，这是 DNA 中紫外线诱导的主要损伤之一，以研究 (6-4) 光裂合酶修复机制，并通过以下方式表征其质子化状态：测量 15N NMR 谱作为 pH 的函数。我们预计在 pH 3 时会观察到由于质子化而引起的嘧啶酮 15N3 的化学位移变化，正如在 15N 标记的 5-甲基嘧啶-2-一核苷中所观察到的那样。然而有趣的是，这些变化仅在碱性溶液中观察到。在酸性条件下的紫外吸收光谱和 HPLC 分析中，在 pH 1 及以下时观察到由于质子化诱导的水解而导致的最大吸收波长的变化，但在 pH 2 时未观察到，而 5-methylpyrimidin-2 的质子化-一个发生在pH值2和3之间。这些结果表明该N3的pKa值明显低于正常嘧啶酮环的pKa值，强烈表明3-2的N3之间形成了分子内氢键碱基和生理条件下5-碱基的5-OH。这项研究的结果不仅对(6-4)光裂合酶的识别和反应机制有影响，而且对(6-4)光产物的化学性质也有影响。
• Reactions of Pd(PPh₃)₄ with 3‘,5‘-Di-<i>O</i>-acetylthymidine:  Oxidative Addition of Pd(PPh₃)₄ on Thymidine N3 and C4 Atoms
  作者：Alessandra Romanelli、Rosa Iacovino、Gennaro Piccialli、Francesco Ruffo、Lorenzo De Napoli、Carlo Pedone、Benedetto Di Blasio、Anna Messere

  DOI：10.1021/om050058s

  日期：2005.7.1

  Oxidative addition reactions of Pd(PPh3)(4) on the pyrimidine nucleosides 3',5'-di-O-acetylthymidine and 3',5'-di-O-acetyl-4-chlorothymidine and on the nucleobase 1-methylthymine have been investigated. N3 and C4 metal coordinated complexes 3 and 7 wend isolated and characterized by spectroscopic techniques. Moreover, the crystal structur, of the trans[PdCl(l-methyl thymine)(PPh3)(2)]center dot H2O (4) is reported.