(5'S)-N2-isobutyryl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5',8-cyclo-2'-deoxyguanosine | 222736-16-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (5'S)-N2-isobutyryl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5',8-cyclo-2'-deoxyguanosine
• CAS: 222736-16-5
• 化学式: C₄₁H₄₉N₅O₇Si
• 分子量: 751.955
• InChiKey: DTAWMLKCWYTIGU-CQTJZZDYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.47
• 重原子数：
  54.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  138.82
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (5'S)-N2-isobutyryl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5',8-cyclo-2'-deoxyguanosine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 (5'S)-N2-isobutyryl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5',8-cyclo-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  含有5'，8-环嘌呤2'-脱氧核糖核苷：（5'R）-5'，8-cyclo-2'-脱氧腺苷，（5'S）-5'，8-cyclo-2'-脱氧鸟苷的寡核苷酸的合成与表征，和（5'R）-5'，8-环-2'-脱氧鸟苷。

  摘要：

  辐射诱导的嘌呤和嘧啶核苷的降解产生碳桥联的环化合物。这样的环核苷代表了一类串联损伤，其中碱基和2-脱氧核糖都发生了修饰。设计了一种固相合成方法，将5'，8-环嘌呤2'-脱氧核糖核苷的5'R和5'S非对映异构体掺入寡聚脱氧核苷酸中，以利于评估此类病变的生化和生物物理特征。我们报告的（5'R）-5'，8-cyclo-2'-deoxyadenosine（2），（5'S）-5'，8-cyclo-2'-deoxyguanosine（3）的亚磷酰胺合成子的制备（5′R）-5′，8-环-2′-脱氧鸟苷（4）。然后通过自动程序将完全保护的化合物10、18和25插入几个寡核苷酸中。

  DOI：

  10.1021/tx9802668
• 作为产物：
  描述：

  N²-Dimethylaminomethylen-2'-desoxy-guanosin 在 吡啶 、 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 selenium(IV) oxide 、 sodium tetrahydroborate 、 三丁基膦 、 氨 、 水 、 亚磷酸三乙酯 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 87.0h， 生成 (5'S)-N2-isobutyryl-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5',8-cyclo-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  Structure of (5′S)-8,5′-Cyclo-2′-deoxyguanosine in DNA

  摘要：

  Diastereomeric 8,5'-cyclopurine 2'-deoxynucleosides, containing a covalent bond between the deoxyribose and the purine base, represent an important class of DNA damage induced by ionizing radiation. The 8,5'-cyclo-2'-deoxyguanosine lesion (cdG) has been recently reported to be a strong block of replication and highly mutagenic in Escherichia coli. The 8,5'-cyclopurine-2'-deoxyriboses are suspected to play a role in the etiology of neurodegeneration in xeroderma pigmentosum patients. These lesions cannot be repaired by base excision repair, but they are substrates for nucleotide excision repair. The structure of an oligodeoxynucleotide duplex containing a site-specific S-cdG lesion placed opposite dC in the complementary strand was obtained by molecular dynamics calculations restrained by distance and dihedral angle restraints obtained from NMR spectroscopy. The S-cdG deoxyribose exhibited the O4'-exo (west) pseudorotation. Significant perturbations were observed for the beta, gamma, and chi torsion angles of the S-cdG nucleoside. Watson Crick base pairing was conserved at the S-cdG center dot dC pair. However, the O4'-exo pseudorotation of the S-cdG deoxyribose perturbed the helical twist and base pair stacking at the lesion site and the 5'-neighbor dC center dot dG base pair. Thermodynamic destabilization of the duplex measured by UV melting experiments correlated with base stacking and structural perturbations involving the modified S-cdG center dot dC and neighbor dT center dot dA base pairs. These perturbations may be responsible for both the genotoxicity of this lesion and its ability to be recognized by nucleotide excision repair.

  DOI：

  10.1021/ja207407n