(5S)-α-[3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidyl]-5,6-dihydro-3′,5′-O-bis(triethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine | 1119268-90-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: (5S)-α-[3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidyl]-5,6-dihydro-3′,5′-O-bis(triethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-[[(5S)-5-methyl-2,4-dioxo-1-[(2R,4S,5R)-4-triethylsilyloxy-5-(triethylsilyloxymethyl)oxolan-2-yl]-3-(2-trimethylsilylethoxymethyl)-1,3-diazinan-5-yl]methyl]-3-(2-trimethylsilylethoxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1119268-90-4
• 化学式: C₅₆H₁₁₂N₄O₁₂Si₆
• 分子量: 1202.04
• InChiKey: RBLSPIPJVNELLE-NLABALKDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  12.67
• 重原子数：
  78
• 可旋转键数：
  32
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.89
• 拓扑面积：
  155
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (5S)-α-[3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidyl]-5,6-dihydro-3′,5′-O-bis(triethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine 在 甲醇 、 甲酸 作用下， 以80%的产率得到1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-[[(5S)-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methyl-2,4-dioxo-3-(2-trimethylsilylethoxymethyl)-1,3-diazinan-5-yl]methyl]-3-(2-trimethylsilylethoxymethyl)pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  Chemoselective Deprotection of Triethylsilyl Ethers

  摘要：

  An efficient and selective method was developed for the deprotection of triethylsilyl (TES) ethers using formic acid in methanol (5-10%) or in methylene chloride 2-5%) with excellent yields. TES ethers are selectively deprotected to the corresponding alcohols in high yields using formic acid in methanol under mild reaction conditions. Other hydroxyl protecting groups like t-butyldimethylsilyl (TBDMS) remain unaffected.

  DOI：

  10.1080/15257770903362172
• 作为产物：
  描述：

  N³-trimethylsilylethoxymethyl-3',5'-O-di(tert-butyldimethylsilyl)-5,6-dihydrothymidine 在 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 lithium diisopropyl amide 、 过氧化苯甲酰 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 乙基苯 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 (5S)-α-[3′,5′-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidyl]-5,6-dihydro-3′,5′-O-bis(triethylsilyl)-3-[(trimethylsilylethoxy)methyl]thymidine
  参考文献：
  名称：

  含孢子光产物的寡聚脱氧核糖核苷酸的化学合成

  摘要：

  5-(α-Thyminyl)-5,6-dihydrothymine，也称为孢子光产物或 SP，通常存在于紫外线照射的细菌内生孢子的基因组 DNA 中。尽管 SP 是在近 50 年前被发现的，但由于难以制备高纯度的含 SP 的寡核苷酸，其生化影响在很大程度上仍不清楚。在这里，我们报告了二核苷酸 SP TpT 的亚磷酰胺衍生物的首次合成，它能够通过标准固相合成将 SP TpT 成功并入低聚脱氧核糖核苷酸中。这一结果为科学界提供了一种可靠的方法来制备含 SP 的寡核苷酸，为未来的 SP 生化研究奠定基础。含 SP 寡核苷酸的热变性研究发现 SP 使双链不稳定 10-20 kJ/mol，

  DOI：

  10.1021/jo400013n

文献信息

• Spore Photoproduct Lyase Catalyzes Specific Repair of the 5<i>R</i> but Not the 5<i>S</i> Spore Photoproduct
  作者：Tilak Chandra、Sunshine C. Silver、Egidijus Zilinskas、Eric M. Shepard、William E. Broderick、Joan B. Broderick

  DOI：10.1021/ja807375c

  日期：2009.2.25

  Bacterial spores are remarkable in their resistance to chemical and physical stresses, including exposure to UV radiation. The unusual UV resistance of bacterial spores is a result of the unique photochemistry of spore DNA, which results in accumulation of 5-thyminyl-5,6-dihydrothymine (spore photoproduct, or SP), coupled with the efficient repair of accumulated damage by the enzyme spore photoproduct lyase

  细菌孢子在抵抗化学和物理压力方面表现出色，包括暴露于紫外线辐射。细菌孢子异常的抗紫外线能力是孢子 DNA 独特光化学的结果，导致 5-thyminyl-5,6-dihydrothymine（孢子光产物，或 SP）的积累，同时有效修复积累的损伤。酶孢子光产物裂解酶 (SPL)。SPL 是自由基 AdoMet 酶超家族的成员，它利用铁硫簇和 S-腺苷甲硫氨酸通过直接逆转机制修复 SP，该机制由胸腺嘧啶二聚体的 C-6 的 H 原子提取引发。虽然原则上可以在细菌孢子的紫外线照射下形成两种不同的 SP 非对映异构体（5R 或 5S），由于 DNA 结构的限制，双螺旋 DNA 中相邻胸腺嘧啶形成的 SP 仅可能为 5R 构型；5S 构型在不太明确的 DNA 结构中或作为链间交联是可能的。我们在此报告对立体化学定义的 SP 底物进行体外酶促测定的 HPLC 和 MS 分析结果，表明 SPL 仅能特异性修复