1-(5'-O-(dimethoxytrityl)-2',3'-bis(tert-butyldimetylsilyl)-β-D-ribofuranosyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-pyrimidin-2-(1H)-one | 82456-20-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-(5'-O-(dimethoxytrityl)-2',3'-bis(tert-butyldimetylsilyl)-β-D-ribofuranosyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-pyrimidin-2-(1H)-one
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2',3'-O-bis-(t-butyldimethylsilyl)-4-(1,2,4-triazolo)uridine；1-[5'-O-(dimethoxytrityl)-2',3'-bis(tert-butyldimetylsilyl)-β-D-ribofuranosyl]-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-pyrimidin-2-(1H)-one
• CAS: 82456-20-0
• 化学式: C₄₄H₅₉N₅O₇Si₂
• 分子量: 826.153
• InChiKey: JCLOPKMUUGMESK-BAYOHDFESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.53
• 重原子数：
  58.0
• 可旋转键数：
  14.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  120.98
• 氢给体数：
  0.0
• 氢受体数：
  12.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(5'-O-(dimethoxytrityl)-2',3'-bis(tert-butyldimetylsilyl)-β-D-ribofuranosyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-pyrimidin-2-(1H)-one 在 ammonium hydroxide 、 苯磺酸 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.03h， 生成 4-methoxy-1-<2',3'-bis(tert-butyldimetylsilyl)-β-D-ribofuranosyl>pyrimidin-2-(1H)-one
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of 4-(1,2,4-triazol-1-yl)-pyrimidin-2(1H)-one ribonucleotide and its application in synthesis of oligoribonucleotides

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo00140a005
• 作为产物：
  描述：

  尿嘧啶核苷 在 吡啶 、 咪唑 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.08h， 生成 1-(5'-O-(dimethoxytrityl)-2',3'-bis(tert-butyldimetylsilyl)-β-D-ribofuranosyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)-pyrimidin-2-(1H)-one
  参考文献：
  名称：

  用于对树脂结合的 RNA 文库进行测序的珠上拖尾/连接方法

  摘要：

  核酸具有可被酶促扩增的独特性质，因此已成为功能序列（如适体或核酶）的组合选择的流行选择。然而，扩增通常需要已知的序列片段作为引物结合位点，这可能会限制某些应用，例如珠上文库的筛选。在这里，我们报告了一种扩增和测序珠上 RNA 库的方法，该方法需要不超过五个已知核苷酸。一个关键因素是起始核苷通过核碱基连接到合成树脂上，这使得 3'-OH 基团可用于随后的酶促操作。在寡核苷酸文库的拆分和混合合成和脱保护后，可以通过以下方式有效地将聚（A）-尾添加到这个游离的 3'-羟基末端大肠杆菌poly(A) 聚合酶，用作逆转录的锚定引物结合位点。cDNA 通过 T4 DNA 连接酶连接到 DNA 接头上。PCR 扩增产生单条带产物，可以从单个聚苯乙烯珠粒开始克隆和测序。由于文库设计的灵活性增加、珠上全长序列的产量更高以及稳健的序列测定，此处描述的方法使得从珠上 RNA 库中选择功能性 RNA 更具吸引力。

  DOI：

  10.1093/nar/gks004