hydroxymethyl dimethyl 1-silyl pyrene | 1001061-95-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芘
• 英文名称: hydroxymethyl dimethyl 1-silyl pyrene
• 英文别名: [Dimethyl(pyren-1-yl)silyl]methanol
• CAS: 1001061-95-5
• 化学式: C₁₉H₁₈OSi
• 分子量: 290.437
• InChiKey: SHMIDNODROBUDR-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.03
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.16
• 拓扑面积：
  20.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  1

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  hydroxymethyl dimethyl 1-silyl pyrene 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.84h， 以71%的产率得到diisopropylphosphoramidous acid 2-cyanoethyl ester (dimethylpyren-1-yl-silanyl)methyl ester
  参考文献：
  名称：

  Pseudo-Dumbbell-Type Molecular Beacon Probes Bearing Modified Deoxyuridine Derivatives and a Silylated Pyrene as a Fluorophore

  摘要：

  我们最近报告了一种新型伪哑铃型分子探针（探针1），它由聚胺连接的脱氧尿苷（U）和硅化的芘组成。探针在单独存在时显示出较弱的荧光信号。在存在互补DNA的情况下，探针的荧光信号增强。在本研究中，我们制备了新的分子探针，探针2和探针3，它们具有探针1的延长茎部分。此外，探针2中的一个U被含有蒽醌的脱氧尿苷残基（Y）替代了。在探针4中，基本上与探针1相同，但探针1环部分的一个脱氧鸟苷被探针4中的脱氧次黄嘌呤替代。在探针5中，探针3的3′末端脱氧胞苷被脱氧腺苷替代。这些探针在没有靶DNA的情况下，荧光信号有效淬灭。在所有探针中，探针3的淬灭效果最强。另一方面，在存在互补DNA的情况下，信号显著增强。探针3的信号与背景的比率最高。所有这些探针还以不同程度识别靶DNA中的单核苷酸变异。探针3的序列识别能力在所有探针中也是最高的。

  DOI：

  10.1246/bcsj.20140372
• 作为产物：
  描述：

  acetic acid (dimethylpyren-1-yl-silanyl)methyl ester 在 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 17.0h， 以92%的产率得到hydroxymethyl dimethyl 1-silyl pyrene
  参考文献：
  名称：

  Pseudo-Dumbbell-Type Molecular Beacon Probes Bearing Modified Deoxyuridine Derivatives and a Silylated Pyrene as a Fluorophore

  摘要：

  我们最近报告了一种新型伪哑铃型分子探针（探针1），它由聚胺连接的脱氧尿苷（U）和硅化的芘组成。探针在单独存在时显示出较弱的荧光信号。在存在互补DNA的情况下，探针的荧光信号增强。在本研究中，我们制备了新的分子探针，探针2和探针3，它们具有探针1的延长茎部分。此外，探针2中的一个U被含有蒽醌的脱氧尿苷残基（Y）替代了。在探针4中，基本上与探针1相同，但探针1环部分的一个脱氧鸟苷被探针4中的脱氧次黄嘌呤替代。在探针5中，探针3的3′末端脱氧胞苷被脱氧腺苷替代。这些探针在没有靶DNA的情况下，荧光信号有效淬灭。在所有探针中，探针3的淬灭效果最强。另一方面，在存在互补DNA的情况下，信号显著增强。探针3的信号与背景的比率最高。所有这些探针还以不同程度识别靶DNA中的单核苷酸变异。探针3的序列识别能力在所有探针中也是最高的。

  DOI：

  10.1246/bcsj.20140372

文献信息

• Novel sequence-responding fluorescent oligoDNA probe bearing a silylated pyrene molecule
  作者：Tohru Sekiguchi、Yumiko Ebara、Tomohisa Moriguchi、Kazuo Shinozuka

  DOI：10.1016/j.bmcl.2007.10.012

  日期：2007.12

  A novel fluorescent phosphoramidite derivative of dimethylsilylated pyrene was prepared and incorporated into oligoDNA. The fluorescent oligoDNA exhibited marked fluorescent signal upon binding to the fully matched complementary DNA strand, however, the signal was strongly quenched in the single-stranded form as well as in the duplex having mismatched base pair at the terminus of the duplex-forming region. (c) 2007 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• Pseudo-Dumbbell-Type Molecular Beacon Probes Bearing Modified Deoxyuridine Derivatives and a Silylated Pyrene as a Fluorophore
  作者：Jakir Ahmed Chowdhury、Tomohisa Moriguchi、Kazuo Shinozuka

  DOI：10.1246/bcsj.20140372

  日期：2015.3.15

  We have recently reported a novel pseudo-dumbbell-type molecular beacon probe (Probe 1) possessing polyamine-connected deoxyuridine (U) and silylated pyrene. The probe showed weak fluorescence signal while it stayed alone. Fluorescence signal of the probe was increased in the presence of the complementary DNA. In this study, we prepared new molecular beacons, Probe 2 and Probe 3, possessing the elongated stem portion of Probe 1. In addition, one U in Probe 2 is substituted by anthraquinone-bearing deoxyuridine residue (Y) in Probe 3. Probe 4 is essentially the same as Probe 1 but one deoxyguanosine in the loop portion of Probe 1 is substituted by deoxyinosine in Probe 4. In Probe 5, 3′-terminal deoxycytidine of Probe 3 is substituted by deoxyadenosine. The fluorescence signal of these probes is effectively quenched in the absence of target DNA. Among all, Probe 3 shows the most effective quenching. On the other hand, the signal is substantially increased in the presence of complementary DNA. The ratio of signal to background in case of Probe 3 is the highest. All these probes also recognize single nucleotide alternation in the target DNA to a different extent. The sequence recognition ability of Probe 3 is also the highest among all the probes.

  我们最近报告了一种新型伪哑铃型分子探针（探针1），它由聚胺连接的脱氧尿苷（U）和硅化的芘组成。探针在单独存在时显示出较弱的荧光信号。在存在互补DNA的情况下，探针的荧光信号增强。在本研究中，我们制备了新的分子探针，探针2和探针3，它们具有探针1的延长茎部分。此外，探针2中的一个U被含有蒽醌的脱氧尿苷残基（Y）替代了。在探针4中，基本上与探针1相同，但探针1环部分的一个脱氧鸟苷被探针4中的脱氧次黄嘌呤替代。在探针5中，探针3的3′末端脱氧胞苷被脱氧腺苷替代。这些探针在没有靶DNA的情况下，荧光信号有效淬灭。在所有探针中，探针3的淬灭效果最强。另一方面，在存在互补DNA的情况下，信号显著增强。探针3的信号与背景的比率最高。所有这些探针还以不同程度识别靶DNA中的单核苷酸变异。探针3的序列识别能力在所有探针中也是最高的。