2′-O-(2,4,6-trimethoxybenzylthiomethyl)-3′-O-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropylamino)-phosphoramidyl]-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)uridine | 1449578-46-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2′-O-(2,4,6-trimethoxybenzylthiomethyl)-3′-O-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropylamino)-phosphoramidyl]-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)uridine
• 英文别名: 3-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-[(2,4,6-trimethoxyphenyl)methylsulfanylmethoxy]oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 1449578-46-4
• 化学式: C₅₀H₆₁N₄O₁₂PS
• 分子量: 973.094
• InChiKey: JNQQDMGQFJAHSP-NCVHJKQYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7
• 重原子数：
  68
• 可旋转键数：
  25
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  194
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3',5'-O-(1,1,3,3-四异丙基-1,3-二硅氧烷)尿苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 磺酰氯 、 乙酸酐 、 sodium hydride 、 溶剂黄146 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 2′-O-(2,4,6-trimethoxybenzylthiomethyl)-3′-O-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropylamino)-phosphoramidyl]-5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)uridine
  参考文献：
  名称：

  在天然四个核苷残基上修饰的前药型2'- O-甲基二硫甲基寡核苷酸的合成及其在还原条件下的转化为天然2'-羟基寡核苷酸

  摘要：

  我们以前曾报道，带有2'- O-甲基二硫甲基（2'- O- MDTM）尿苷的还原环境响应型前药型小干扰RNA（siRNA）表现出有效的敲低活性和核酸酶抗性。在此报告中，我们描述了通过合成后修饰不仅修饰尿苷，而且修饰腺苷，鸟苷和胞苷残基的2'- O- MDTM寡核苷酸的制备。前体寡核苷酸轴承2'- ø - （2,4,6- trimethoxybenzylthiomethyl）（2'- ö -TMBTM）腺苷，鸟苷，胞苷和用二甲基反应（甲硫基）锍四氟硼酸盐以形成2'- ø -MDTM寡核苷酸在与带有2'-的寡核苷酸的方式相同O -TMBTM尿苷。此外，在模拟溶质的条件下，将带有2'- O- MDTM腺苷，鸟苷和胞苷的寡核苷酸有效地转化为相应的天然2'-羟基寡核苷酸。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2018.10.025

文献信息

• A post-synthetic approach for the synthesis of 2′-O-methyldithiomethyl-modified oligonucleotides responsive to a reducing environment
  作者：Yosuke Ochi、Osamu Nakagawa、Katsunori Sakaguchi、Shun-ichi Wada、Hidehito Urata

  DOI：10.1039/c3cc43725f

  日期：——

  Reducing-Environment-Dependent Uncatalyzed Chemical Transforming RNA, "REDUCT RNA", we established a post-synthetic approach for the synthesis of 2'-O-methyldithiomethyl-modified oligonucleotides from 2'-O-(2,4,6-trimethoxybenzylthiomethyl)-oligonucleotides by treatment with dimethyl(methylthio)sulfonium tetrafluoroborate. 2'-O-methyldithiomethyl oligonucleotides were easily converted into 2'-hydroxy oligonucleotides

  基于一种新颖的概念，一种还原环境相关的未催化化学转化RNA“ REDUCT RNA”，我们建立了一种从2'-O-（2合成2'-O-甲基二硫代甲基修饰的寡核苷酸的后合成方法通过用四氟硼酸二甲基（甲硫基）s处理，得到4，6-三甲氧基苄硫基甲基）-寡核苷酸。在还原条件下，例如在细胞内环境中发现的那些条件下，2'-O-甲基二硫代甲基寡核苷酸易于转化为2'-羟基寡核苷酸。
• Syntheses of prodrug-type 2′-O-methyldithiomethyl oligonucleotides modified at natural four nucleoside residues and their conversions into natural 2′-hydroxy oligonucleotides under reducing condition
  作者：Junsuke Hayashi、Yosuke Ochi、Yasuyuki Morita、Katsuma Soubou、Yuhei Ohtomo、Misa Nishigaki、Yuko Tochiyama、Osamu Nakagawa、Shun-ichi Wada、Hidehito Urata

  DOI：10.1016/j.bmc.2018.10.025

  日期：2018.12

  (siRNA) bearing 2′-O-methyldithiomethyl (2′-O-MDTM) uridine exhibits efficient knockdown activity and nuclease resistance. In this report, we describe the preparation of 2′-O-MDTM oligonucleotides modified not only at uridine but also at adenosine, guanosine and cytidine residues by post-synthetic modification. Precursor oligonucleotides bearing 2′-O-(2,4,6-trimethoxybenzylthiomethyl) (2′-O-TMBTM) adenosine

  我们以前曾报道，带有2'- O-甲基二硫甲基（2'- O- MDTM）尿苷的还原环境响应型前药型小干扰RNA（siRNA）表现出有效的敲低活性和核酸酶抗性。在此报告中，我们描述了通过合成后修饰不仅修饰尿苷，而且修饰腺苷，鸟苷和胞苷残基的2'- O- MDTM寡核苷酸的制备。前体寡核苷酸轴承2'- ø - （2,4,6- trimethoxybenzylthiomethyl）（2'- ö -TMBTM）腺苷，鸟苷，胞苷和用二甲基反应（甲硫基）锍四氟硼酸盐以形成2'- ø -MDTM寡核苷酸在与带有2'-的寡核苷酸的方式相同O -TMBTM尿苷。此外，在模拟溶质的条件下，将带有2'- O- MDTM腺苷，鸟苷和胞苷的寡核苷酸有效地转化为相应的天然2'-羟基寡核苷酸。