D-biotinamidoethyl-[1,1':3',1''-terphenyl]-2'-carboxamide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: D-biotinamidoethyl-[1,1':3',1''-terphenyl]-2'-carboxamide
• 英文别名: (3aS,4S,6aR)-2-oxo-hexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazolidin-4-yl]-N-{2-[(2,6-diphenylphenyl)formamido]ethyl}pentanamide；N-[2-[5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoylamino]ethyl]-2,6-diphenylbenzamide
• 化学式: C₃₁H₃₄N₄O₃S
• 分子量: 542.702
• InChiKey: HDCOHCMVDIFBPR-ZEZDXWPOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.3
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  125
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 53.0h， 生成 D-biotinamidoethyl-[1,1':3',1''-terphenyl]-2'-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  用于高分辨率分析超稳定蛋白质/小分子相互作用中的应变的爱恨配体

  摘要：

  对于任何大分子，配体解离的途径以及结合位点如何响应力都不是很清楚。力对生物受体的影响已经通过模拟或力谱进行了研究，但不是通过高分辨率结构实验。为了研究这一挑战，我们利用了链霉亲和素-生物素相互作用的极端稳定性，这是理解非共价结合的范式以及无处不在的研究工具。我们合成了一系列具有不变的强结合生物素部分的生物素缀合物，以及设计用于与蛋白质表面发生冲突的钳状臂：“爱恨配体”。爱恨配体含有各种 2,6-二邻芳基，使用 Suzuki 偶联作为最后合成步骤安装，使空间排斥高度模块化。我们确定了结合亲和力，并解决了与 Love-Hate 配体结合的链霉亲和素的 1.1-1.6 Å 分辨率晶体结构。对于这些复合物，发现链霉亲和素的结合接触发生了惊人的扭曲。所有配体都保留了与生物素脲基和噻吩环的氢键，但生物素的戊酰尾与经典构象不同。链霉亲和素的 L3/4 环通常与生物素形成多个能量上重要的氢键，但由于与爱恨配体的冲突而被迫离开，但来自

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2014.07.029

文献信息

• Love–Hate ligands for high resolution analysis of strain in ultra-stable protein/small molecule interaction
  作者：Michael Fairhead、Di Shen、Louis K.M. Chan、Ed D. Lowe、Timothy J. Donohoe、Mark Howarth

  DOI：10.1016/j.bmc.2014.07.029

  日期：2014.10

  groups, installed using Suzuki coupling as the last synthetic step, making the steric repulsion highly modular. We determined binding affinity, as well as solving 1.1–1.6 Å resolution crystal structures of streptavidin bound to Love–Hate ligands. Striking distortion of streptavidin’s binding contacts was found for these complexes. Hydrogen bonds to biotin’s ureido and thiophene rings were preserved for

  对于任何大分子，配体解离的途径以及结合位点如何响应力都不是很清楚。力对生物受体的影响已经通过模拟或力谱进行了研究，但不是通过高分辨率结构实验。为了研究这一挑战，我们利用了链霉亲和素-生物素相互作用的极端稳定性，这是理解非共价结合的范式以及无处不在的研究工具。我们合成了一系列具有不变的强结合生物素部分的生物素缀合物，以及设计用于与蛋白质表面发生冲突的钳状臂：“爱恨配体”。爱恨配体含有各种 2,6-二邻芳基，使用 Suzuki 偶联作为最后合成步骤安装，使空间排斥高度模块化。我们确定了结合亲和力，并解决了与 Love-Hate 配体结合的链霉亲和素的 1.1-1.6 Å 分辨率晶体结构。对于这些复合物，发现链霉亲和素的结合接触发生了惊人的扭曲。所有配体都保留了与生物素脲基和噻吩环的氢键，但生物素的戊酰尾与经典构象不同。链霉亲和素的 L3/4 环通常与生物素形成多个能量上重要的氢键，但由于与爱恨配体的冲突而被迫离开，但来自