5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite) | 220230-62-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: 5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-2'-O-triisopropylsilyloxymethyluridine-3'-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]phosphoramidite；5'-O-dimethoxytrityl-2'-O-triisopropylsilyloxymethyl uridine 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)；3-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-[tri(propan-2-yl)silyloxymethoxy]oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 220230-62-6
• 化学式: C₄₉H₆₉N₄O₁₀PSi
• 分子量: 933.167
• InChiKey: FKVFIIQPEPLSRC-BIPLCDCWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.66
• 重原子数：
  65
• 可旋转键数：
  24
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  150
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite) 在 四氮唑 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 uridine 3'-phenylphosphate sodium salt
  参考文献：
  名称：

  高效双核Zn2 +配合物促进RNA裂解和异构化的机制。

  摘要：

  在双核Zn 2+络合物3的存在下研究了尿苷3'-烷基磷酸酯的裂解和异构化。在中性条件下，解理速率加快了1 m M 3，约为10 6倍。最显着的是，该复合物还促进了磷酸二酯键的异构化，尽管其速率增强较为适度：在中性条件下，复合物3（1 m M）可以催化约500倍的异构化。对该反应的观察表明，由3催化的这些底物的反应通过涉及中间磷烷的逐步机理进行。β一lg测定了3促进的裂解反应的-0.92值，观察到适度的动力学溶剂氘同位素效应，范围为1.5至2.8。异构化对酯化基团的性质较不敏感，β值为-0.5，动力学溶剂氘同位素的作用小于1.5。这些3的大多数特征促进的切割与核苷3'-磷酸三酯的切割非常相似。这些数据通过一种机理来解释，其中该络合物主要充当亲电子催化剂，中和磷酸盐上的电荷并稳定中间膦烷，而一般的酸催化则促进了裂解反应。与三酯的行为相反，异构化的速度明显慢于裂解。这表明异构化过程中发生的几何形

  DOI：

  10.1002/chem.201100721
• 作为产物：
  描述：

  (异丙氧基硅)氯甲烷 在 二丁基二氯化锡 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 15.33h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  具有 2'-O-[(三异丙基甲硅烷基)氧基]甲基(2'-O-tom)-保护的亚磷酰胺的寡核糖核苷酸 (RNA) 的可靠化学合成

  摘要：

  介绍了一种将 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) 基团引入 N-乙酰化、5'-O-二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的方法。相应的 2'-O-tom 保护的亚磷酰胺结构单元以纯形式获得，并成功用于 DNA 合成仪上寡核糖核苷酸的常规合成。在 DNA 偶联条件下（1.5 mmol 合成规模的偶联时间为 2.5 分钟）并以 5-(苄硫基)-1H-四唑 (BTT) 作为活化剂。2'-O-tom 保护的亚磷酰胺表现出 av。耦合产率 >99.4%。N-乙酰基和 2'-O-tom 保护基团的组合实现了可靠和完整的两步脱保护，首先使用 EtOH/H2O 中的 MeNH2，然后使用 THF 中的 Bu4NF，而不会同时破坏产物 RNA 序列。[关于 SciFinder (R)]

  DOI：

  10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3773::aid-hlca3773>3.0.co;2-e

文献信息

• <i>O</i>-Selective Condensation Using P−N Bond Cleavage in RNA Synthesis without Base Protection
  作者：Akihiro Ohkubo、Yasukazu Kuwayama、Tomomi Kudo、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ol800911b

  日期：2008.7.3

  In RNA synthesis without base protection, a new method for O-selective condensation with more than 99% selectivity was developed by 6-nitro-HOBt-mediated cleavage of undesired P(III)-N bonds on nucleobase moieties. Moreover, we for the first time succeeded in synthesizing oligoRNAs without base protection.
• Fast and Reliable Automated Synthesis of RNA and Partially 2′-O- Protected Precursors (`Caged RNA') Based on Two Novel, Orthogonal 2′-O-Protecting Groups, Preliminary Communication
  作者：Stefan Pitsch、Patrick A. Weiss、Xiaolin Wu、Damian Ackermann、Thomas Honegger

  DOI：10.1002/(sici)1522-2675(19991006)82:10<1753::aid-hlca1753>3.0.co;2-y

  日期：1999.10.6

  Two sets of RNA phosphoramidites. carrying the (fluoride-labile) 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) group and the (photolabile) [(R)-1-(2-nitrophenyl)ethoxy]methyl (=(R)-npeom) group, were prepared (see 1-4 and 5-8, resp.). The two protecting groups were completely orthogonal to each other. Three ribozyme-substrate constructs, protected each by a (R)-npeom group, were synthesized; on photolysis, efficient cleavage of this remaining protecting group occurred (Scheme 3). It could be demonstrated that the presence of one (R)-npeom group within a RNA strand has only a minor influence on the pairing properties of corresponding duplexes.