5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite) | 220230-62-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: 5'-O-(4,4-dimethoxytrityl)-2'-O-triisopropylsilyloxymethyluridine-3'-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)]phosphoramidite；5'-O-dimethoxytrityl-2'-O-triisopropylsilyloxymethyl uridine 3'-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)；3-[[(2R,3R,4R,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-[tri(propan-2-yl)silyloxymethoxy]oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 220230-62-6
• 化学式: C₄₉H₆₉N₄O₁₀PSi
• 分子量: 933.167
• InChiKey: FKVFIIQPEPLSRC-BIPLCDCWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.66
• 重原子数：
  65
• 可旋转键数：
  24
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  150
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite) 在 四氮唑 、 四丁基氟化铵 、 氨 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 uridine 3'-phenylphosphate sodium salt
  参考文献：
  名称：

  高效双核Zn2 +配合物促进RNA裂解和异构化的机制。

  摘要：

  在双核Zn 2+络合物3的存在下研究了尿苷3'-烷基磷酸酯的裂解和异构化。在中性条件下，解理速率加快了1 m M 3，约为10 6倍。最显着的是，该复合物还促进了磷酸二酯键的异构化，尽管其速率增强较为适度：在中性条件下，复合物3（1 m M）可以催化约500倍的异构化。对该反应的观察表明，由3催化的这些底物的反应通过涉及中间磷烷的逐步机理进行。β一lg测定了3促进的裂解反应的-0.92值，观察到适度的动力学溶剂氘同位素效应，范围为1.5至2.8。异构化对酯化基团的性质较不敏感，β值为-0.5，动力学溶剂氘同位素的作用小于1.5。这些3的大多数特征促进的切割与核苷3'-磷酸三酯的切割非常相似。这些数据通过一种机理来解释，其中该络合物主要充当亲电子催化剂，中和磷酸盐上的电荷并稳定中间膦烷，而一般的酸催化则促进了裂解反应。与三酯的行为相反，异构化的速度明显慢于裂解。这表明异构化过程中发生的几何形

  DOI：

  10.1002/chem.201100721
• 作为产物：
  描述：

  (异丙氧基硅)氯甲烷 在 二丁基二氯化锡 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 15.33h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-{[(triisopropylsilyl)oxy]methyl}uridine 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  具有 2'-O-[(三异丙基甲硅烷基)氧基]甲基(2'-O-tom)-保护的亚磷酰胺的寡核糖核苷酸 (RNA) 的可靠化学合成

  摘要：

  介绍了一种将 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) 基团引入 N-乙酰化、5'-O-二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的方法。相应的 2'-O-tom 保护的亚磷酰胺结构单元以纯形式获得，并成功用于 DNA 合成仪上寡核糖核苷酸的常规合成。在 DNA 偶联条件下（1.5 mmol 合成规模的偶联时间为 2.5 分钟）并以 5-(苄硫基)-1H-四唑 (BTT) 作为活化剂。2'-O-tom 保护的亚磷酰胺表现出 av。耦合产率 >99.4%。N-乙酰基和 2'-O-tom 保护基团的组合实现了可靠和完整的两步脱保护，首先使用 EtOH/H2O 中的 MeNH2，然后使用 THF 中的 Bu4NF，而不会同时破坏产物 RNA 序列。[关于 SciFinder (R)]

  DOI：

  10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3773::aid-hlca3773>3.0.co;2-e

文献信息

• <i>O</i>-Selective Condensation Using P−N Bond Cleavage in RNA Synthesis without Base Protection
  作者：Akihiro Ohkubo、Yasukazu Kuwayama、Tomomi Kudo、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ol800911b

  日期：2008.7.3

  In RNA synthesis without base protection, a new method for O-selective condensation with more than 99% selectivity was developed by 6-nitro-HOBt-mediated cleavage of undesired P(III)-N bonds on nucleobase moieties. Moreover, we for the first time succeeded in synthesizing oligoRNAs without base protection.
• Fast and Reliable Automated Synthesis of RNA and Partially 2′-O- Protected Precursors (`Caged RNA') Based on Two Novel, Orthogonal 2′-O-Protecting Groups, Preliminary Communication
  作者：Stefan Pitsch、Patrick A. Weiss、Xiaolin Wu、Damian Ackermann、Thomas Honegger

  DOI：10.1002/(sici)1522-2675(19991006)82:10<1753::aid-hlca1753>3.0.co;2-y

  日期：1999.10.6

  Two sets of RNA phosphoramidites. carrying the (fluoride-labile) 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) group and the (photolabile) [(R)-1-(2-nitrophenyl)ethoxy]methyl (=(R)-npeom) group, were prepared (see 1-4 and 5-8, resp.). The two protecting groups were completely orthogonal to each other. Three ribozyme-substrate constructs, protected each by a (R)-npeom group, were synthesized; on photolysis, efficient cleavage of this remaining protecting group occurred (Scheme 3). It could be demonstrated that the presence of one (R)-npeom group within a RNA strand has only a minor influence on the pairing properties of corresponding duplexes.
• Reliable Chemical Synthesis of Oligoribonucleotides (RNA) with 2′-O-[(Triisopropylsilyl)oxy]methyl(2′-O-tom)-Protected Phosphoramidites
  作者：Stefan Pitsch、Patrick A. Weiss、Luzi Jenny、Alfred Stutz、Xiaolin Wu

  DOI：10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3773::aid-hlca3773>3.0.co;2-e

  日期：2001.12.19

  A method for the introduction of the 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) group into N-acetylated, 5'-O-dimethoxytritylated ribonucleosides is presented. The corresponding 2'-O-tom-protected phosphoramidite building blocks were obtained in pure form and were successfully employed for the routine synthesis of oligoribonucleotides on DNA synthesizers. Under DNA coupling conditions (2.5 min coupling

  介绍了一种将 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) 基团引入 N-乙酰化、5'-O-二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的方法。相应的 2'-O-tom 保护的亚磷酰胺结构单元以纯形式获得，并成功用于 DNA 合成仪上寡核糖核苷酸的常规合成。在 DNA 偶联条件下（1.5 mmol 合成规模的偶联时间为 2.5 分钟）并以 5-(苄硫基)-1H-四唑 (BTT) 作为活化剂。2'-O-tom 保护的亚磷酰胺表现出 av。耦合产率 >99.4%。N-乙酰基和 2'-O-tom 保护基团的组合实现了可靠和完整的两步脱保护，首先使用 EtOH/H2O 中的 MeNH2，然后使用 THF 中的 Bu4NF，而不会同时破坏产物 RNA 序列。[关于 SciFinder (R)]
• The Mechanism of Cleavage and Isomerisation of RNA Promoted by an Efficient Dinuclear Zn2+ Complex
  作者：Heidi Korhonen、Satu Mikkola、Nicholas H. Williams

  DOI：10.1002/chem.201100721

  日期：2012.1.9

  The cleavage and isomerisation of uridine 3′‐alkylphosphates was studied in the presence of a dinuclear Zn2+complex, 3. The rate acceleration of the cleavage by 1 mM 3 is approximately 106‐fold under neutral conditions. Most remarkably, the complex also promotes the isomerisation of phosphodiester bonds, although the rate‐enhancement is more modest: under neutral conditions complex 3 (1 mM) catalyses

  在双核Zn 2+络合物3的存在下研究了尿苷3'-烷基磷酸酯的裂解和异构化。在中性条件下，解理速率加快了1 m M 3，约为10 6倍。最显着的是，该复合物还促进了磷酸二酯键的异构化，尽管其速率增强较为适度：在中性条件下，复合物3（1 m M）可以催化约500倍的异构化。对该反应的观察表明，由3催化的这些底物的反应通过涉及中间磷烷的逐步机理进行。β一lg测定了3促进的裂解反应的-0.92值，观察到适度的动力学溶剂氘同位素效应，范围为1.5至2.8。异构化对酯化基团的性质较不敏感，β值为-0.5，动力学溶剂氘同位素的作用小于1.5。这些3的大多数特征促进的切割与核苷3'-磷酸三酯的切割非常相似。这些数据通过一种机理来解释，其中该络合物主要充当亲电子催化剂，中和磷酸盐上的电荷并稳定中间膦烷，而一般的酸催化则促进了裂解反应。与三酯的行为相反，异构化的速度明显慢于裂解。这表明异构化过程中发生的几何形