3-(4-carboxybutyl)-2-methylbenzothiazolium bromide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并噻唑类
• 英文名称: 3-(4-carboxybutyl)-2-methylbenzothiazolium bromide
• 英文别名: 5-(2-methyl-1,3-benzothiazol-3-ium-3-yl)pentanoic acid;bromide
• 化学式: Br*C₁₃H₁₆NO₂S
• 分子量: 330.246
• InChiKey: OQLSCTPGRVBOTD-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.24
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  69.4
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-(4-carboxybutyl)-2-methylbenzothiazolium bromide 在 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 4-((3-(5-((2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxy)-5-oxopentyl)benzo[d]thiazol-2(3H)-ylidene)methyl)-1-methylquinolin-1-ium bromide
  参考文献：
  名称：

  COMPOUND, NUCLEIC ACID, LABELING SUBSTANCE, AND DETECTION METHOD

  摘要：

  本发明提供了以下化学式（I）所代表的化合物；该化合物的互变异构体或立体异构体；或者该化合物、互变异构体或立体异构体的盐。在化学式（I）中，R1和R2分别是第1族元素或氨基的保护基，它们可以相同也可以不同，或者R1和R2可以一起形成氨基的保护基。R3是第1族元素或羟基的保护基。R4是第1族元素或-PR5R6R7R8（R5、R6、R7和R8分别是第1族元素、孤立电子对、第16族元素、第17族元素或磷原子的保护基，它们可以相同也可以不同）。J是氢原子或任意的原子基团，A是氢原子、羟基、烷基、芳基烷基、烷氧基、吸电子基团、硅烷基团或硫化物基团，或者J和A可以一起形成连接基团。L是单键或连接基团（连接原子或连接原子基团），连接基团的主链长度（主链原子数）是任意的，L可能包含或不包含主链中的C、N、O、S、P和Si，也可能包含或不包含主链中的单键、双键、三键、酰胺键、酯键、二硫键、亚胺基团、醚键、硫醚键和硫酯键。Z是能与标记化合物形成肽键的原子基团，或者是包括标记的原子或原子基团。

  公开号：

  US20150252070A1
• 作为产物：
  描述：

  2-甲基苯并噻唑 、 5-溴戊酸 反应 0.08h， 以14%的产率得到3-(4-carboxybutyl)-2-methylbenzothiazolium bromide
  参考文献：
  名称：

  激子控制的杂交敏感荧光探针：核酸的多色检测

  摘要：

  彩色束：基于激子相互作用引起的荧光猝灭而设计的一系列荧光探针，包含不同的染料部分，并在与目标核酸杂交后发出各种颜色的荧光。图片显示，在含有过量三条不同microRNA链的细胞核中，三种颜色同时发出荧光。左：微分干涉对比图像。

  DOI：

  10.1002/anie.200902000

文献信息

• COMPOUND, NUCLEIC ACID, METHOD FOR PRODUCING NUCLEIC ACID, AND KIT FOR PRODUCING NUCLEIC ACID
  申请人：Okamoto Akimitsu

  公开号：US20130289263A1

  公开（公告）日：2013-10-31

  A compound is represented by the following formula ( 1 ), ( 2 ), or ( 3 ) (where, in the above formulae ( 1 ), ( 2 ), and ( 3 ), Z 11 and Z 12 independently have a fluorescent property and are an uncharged atomic group exhibiting an exciton effect).

  一个化合物由以下公式（1）、（2）或（3）表示（其中，在上述公式（1）、（2）和（3）中，Z11和Z12独立具有荧光性质，并且是表现出激子效应的不带电原子团）。
• A nucleic acid probe labeled with desmethyl thiazole orange: a new type of hybridization-sensitive fluorescent oligonucleotide for live-cell RNA imaging
  作者：Akimitsu Okamoto、Kaori Sugizaki、Mizue Yuki、Hiroyuki Yanagisawa、Shuji Ikeda、Takuma Sueoka、Gosuke Hayashi、Dan Ohtan Wang

  DOI：10.1039/c2ob26707a

  日期：——

  A new fluorescent nucleotide with desmethyl thiazole orange dyes, D′505, has been developed for expansion of the function of fluorescent probes for live-cell RNA imaging. The nucleoside unit of D′505 for DNA autosynthesis was soluble in organic solvents, which made the preparation of nucleoside units and the reactions in the cycles of DNA synthesis more efficient. The dyes of D′505-containing oligodeoxynucleotide

  已经开发了具有去甲基噻唑橙染料的新的荧光核苷酸D' 505，以扩展用于活细胞RNA成像的荧光探针的功能。用于DNA自动合成的D' 505的核苷单元可溶于有机溶剂，这使得核苷单元的制备和DNA合成循环中的反应更加有效。含有D' 505的寡脱氧核苷酸的染料在低于pH 7的条件下被质子化，并且通过控制D' 505染料的激子相互作用，该寡脱氧核苷酸表现出杂交敏感的荧光发射。。简化的过程和有效的对杂交敏感的荧光发射产生了多色的对杂交敏感的荧光探针，可用于活细胞RNA成像。受体漂白法为我们提供了许多活细胞中特定细胞中RNA的信息。
• Nucleic acid probe, method for designing nucleic acid probe, and method for detecting target sequence
  申请人：KABUSHIKI KAISHA DNAFORM

  公开号：US09862989B2

  公开（公告）日：2018-01-09

  The present invention provides a nucleic acid probe that can achieve high detection sensitivity and high specificity in mutation detection, mismatch detection, etc. by the PCR method, a method for designing such a nucleic acid probe, and a method for detecting a target sequence. The nucleic acid probe includes a nucleic acid molecule, and the nucleic acid molecule includes a plurality of fluorescent dye moieties that exhibit an excitonic effect. At least two of the fluorescent dye moieties that exhibit an excitonic effect are bound to the same base or two adjacent bases in the nucleic acid molecule with each fluorescent dye moiety being bound via a linker (a linking atom or a linking atomic group). The extension-side end of the nucleic acid molecule is chemically modified, thereby preventing an extension reaction of the nucleic acid molecule.

  本发明提供了一种能够通过PCR方法在突变检测、错配检测等方面实现高检测灵敏度和高特异性的核酸探针，以及设计这种核酸探针的方法和检测目标序列的方法。该核酸探针包括一个核酸分子，该核酸分子包括多个表现出激子效应的荧光染料基团。表现出激子效应的至少两个荧光染料基团与核酸分子中的同一碱基或两个相邻碱基结合，每个荧光染料基团通过连接物（连接原子或连接原子团）结合。核酸分子的延伸端被化学修饰，从而阻止核酸分子的延伸反应。
• Primer, primer set, and nucleic acid amplification method and mutation detection method using the same
  申请人：Hayashizaki Yoshihide

  公开号：US20080227104A1

  公开（公告）日：2008-09-18

  The present invention provides a primer that effectively can detect, for example, the double helix structure of a nucleic acid. The primer is a labeled nucleic acid containing at least one structure represented by the following formula (16), where B is an atomic group having a nucleobase skeleton, E is an atomic group having a deoxyribose skeleton, a ribose skeleton, or a structure derived from either one of them, or an atomic group having a peptide structure or a peptoid structure, and Z 11 and Z 12 are each an atomic group that exhibits fluorescence and are identical to or different from each other.

  本发明提供了一种引物，可以有效地检测核酸的双螺旋结构，例如。该引物是一种带标记的核酸，其中至少包含下式（16）所表示的一个结构，其中B是具有核苷酸骨架的原子团，E是具有脱氧核糖骨架，核糖骨架或从它们中的任何一个派生的结构，或具有肽结构或肽酰结构的原子团，而Z11和Z12是各自表现出荧光的原子团，它们相同或不同。
• Compound having structure derived from mononucleoside or mononucleotide, nucleic acid, labeling substance, and method and kit for detection of nucleic acid
  申请人：Okamoto Akimitsu

  公开号：US08383792B2

  公开（公告）日：2013-02-26

  The present invention provides, for example, a labeling substance that allows the double helix structure of a nucleic acid to be detected effectively. The present invention provides a compound having a structure derived from mononucleoside or mononucleotide, with the structure being represented by the following formula (1), (1b), or (1c), a tautomer or stereoisomer thereof, or a salt thereof. In the above formulae, B is an atomic group having a nucleobase skeleton, E is an atomic group having a deoxyribose skeleton, a ribose skeleton, or a structure derived from either one of them, or an atomic group having a peptide structure or a peptoid structure, and Z11 and Z12 each are a hydrogen atom, a protecting group, or an atomic group that exhibits fluorescence and may be identical to or different from each other.

  本发明提供了一种标记物质，例如，允许有效检测核酸的双螺旋结构。本发明提供了一种化合物，其结构源自单核苷酸或单核苷酸，该结构由以下公式（1），（1b）或（1c）表示，或其互变异构体或立体异构体，或其盐。在上述公式中，B是具有核碱基骨架的原子基团，E是具有脱氧核糖骨架，核糖骨架或源自其中任何一种的结构的原子基团，或具有肽结构或肽骨架的原子基团，Z11和Z12分别是氢原子，保护基或表现出荧光并且可以相同或不同的原子基团。