G•T). Brønsted plots of the catalytic rate constant (log(kpol)) versus pKa4 for the leaving group exhibit linear free energy relationships (LFERs) with negative slopes ranging from −0.6 to −2.0, consistent with chemical rate-determining transition-states in which the active-site adjusts to charge-stabilization demand during chemistry depending on base-pair configuration. The Brønsted slopes as well as
对具有
焦磷酸盐模拟 β,γ-pCXYp 离去基团和可变 X 和 Y 取代的 dNTP 类似物的动力学研究揭示了
DNA 聚合酶 β 的
化学过渡态能量的显着差异,这取决于碱基配对构型的所有方面,包括传入的 dNTP 是
嘌呤或
嘧啶,并且碱基配对是正确的(T•A 和 G•C)还是错误的(T•G 和 G•T)。催化速率常数 (log( k pol )) 与 p K a4 的Brønsted 图离去基团表现出线性自由能关系 (LFER),负斜率范围为 -0.6 至 -2.0,与
化学速率决定过渡态一致,其中活性位点在
化学过程中根据基数调整电荷稳定需求配对配置。Brønsted 斜率和截距显着不同,并提供了第一个直接证据表明酶-引物-模板复合物对 dNTP 碱基的识别触发了活性位点催化区域的构象变化,从而显着改变了决定速率的
化学步骤.