5-[(methoxymethylene)amino]-1-[5-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2,3-O-(isopropylidene)-β-D-ribofuranosyl]imidazole-4-nitrile | 368870-20-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 咪唑核糖核苷和核糖核苷酸
• 英文名称: 5-[(methoxymethylene)amino]-1-[5-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2,3-O-(isopropylidene)-β-D-ribofuranosyl]imidazole-4-nitrile
• 英文别名: methyl N-[3-[(3aR,4R,6R,6aR)-6-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-2,2-dimethyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]-5-cyanoimidazol-4-yl]methanimidate
• CAS: 368870-20-6
• 化学式: C₂₀H₃₂N₄O₅Si
• 分子量: 436.583
• InChiKey: VIKFJHPICXRHFN-YFHUEUNASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.5
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  100
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-[(methoxymethylene)amino]-1-[5-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2,3-O-(isopropylidene)-β-D-ribofuranosyl]imidazole-4-nitrile 在 吡啶 、 四氮唑 、 triisopropylbenzenesulfonyl chloride 、 四丁基氟化铵 、 亚膦酸 、 potassium carbonate 、 溶剂黄146 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 反应 46.83h， 生成 N¹-(5''-phosphonoxypentyl)-5'-O-[(phenylthio)phosphoryl]-2',3'-O-isopropylideneadenosine
  参考文献：
  名称：

  环状ADP-核糖类似物的合成和激动活性，其中北部核糖被醚或烷烃链取代。

  摘要：

  从被保护的咪唑核苷1以高收率合成了腺嘌呤为碱基的cADPR的新型类似物，以及北部核糖的醚（10a）或烷烃链（10b-d）的不同取代基。在完整的人类Jurkat T淋巴细胞中分析了环状肌苷二磷酸核糖醚（cIDPRE）和化合物（10a-d）的药理活性。结果表明，类似物10a-d渗透到质膜中，并且是完整人类Jurkat T细胞中cADPR / ryanodine受体信号传导系统的弱激动剂。它们是第一个具有膜渗透性和生物活性的cADPR类似物，其包含醚桥或烷烃桥而不是北部核糖，并保留腺嘌呤作为其碱基。

  DOI：

  10.1021/jm060320e
• 作为产物：
  描述：

  5-amino-1-(5-O-tert-butyldimethylsilyl-2,3-O-isopropylidene-β-D-ribofuranosyl)imidazole-4-carbonitrile 、 原甲酸三甲酯 在 三氟乙酸 作用下， 以100%的产率得到5-[(methoxymethylene)amino]-1-[5-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2,3-O-(isopropylidene)-β-D-ribofuranosyl]imidazole-4-nitrile
  参考文献：
  名称：

  循环ADP-碳核糖及其类似物的合成，生物活性

  摘要：

  作为环状ADP-核糖的稳定模拟物，实现了环状ADP-碳环-核糖（2）的有效合成。在吡啶中存在分子筛3A的情况下，用AgNO3处理N 1-碳环-核糖基-腺苷二磷酸双磷酸酯衍生物10得到93％的收率，得到所需的环状产物，将其脱保护，得到目标环状ADP-碳环-核糖（2） 。

  DOI：

  10.1081/ncn-100002554

文献信息

• Synthesis of Stable and Cell-type Selective Analogues of Cyclic ADP−Ribose, a Ca²⁺-Mobilizing Second Messenger. Structure−Activity Relationship of the N1-Ribose Moiety¹
  作者：Takashi Kudoh、Masayoshi Fukuoka、Satoshi Ichikawa、Takashi Murayama、Yasuo Ogawa、Minako Hashii、Haruhiro Higashida、Svenja Kunerth、Karin Weber、Andreas H. Guse、Barry V. L. Potter、Akira Matsuda、Satoshi Shuto

  DOI：10.1021/ja050732x

  日期：2005.6.1

  We previously developed cyclic ADP-carbocyclic ribose (cADPcR, 2) as a stable mimic of cyclic ADP-ribose (cADPR, 1), a Ca(2+)-mobilizing second messenger. A series of the N1-ribose modified cADPcR analogues, designed as novel stable mimics of cADPR, which were the 2"-deoxy analogue 3, the 3"-deoxy analogue 4, the 3"-deoxy-2"-O-(methoxymethyl) analogue 5, the 3"-O-methyl analogue 6, the 2",3"-dideoxy

  我们以前开发了循环 ADP-碳环核糖 (cADPcR, 2) 作为稳定模拟的循环 ADP-核糖 (cADPR, 1)，Ca(2+) 动员第二信使。一系列 N1-核糖修饰的 cADPcR 类似物，设计为 cADPR 的新型稳定模拟物，它们是 2"-脱氧类似物 3、3"-脱氧类似物 4、3"-脱氧-2"-O-(甲氧基甲基) 类似物 5、3"-O-甲基类似物 6、2",3"-dideoxy 类似物 7 和 2",3"-dideoxydidehydro 类似物 8，使用与苯硫代磷酸酯型的关键分子内缩合反应成功合成我们研究了这些类似物和 cADPR 的构象，发现腺嘌呤和 N9-核糖部分之间以及腺嘌呤和 N1-核糖部分之间的空间排斥是构象的决定因素。Ca(2+)-动员效应被系统地评估使用三个不同的生物系统，即海胆卵、 NG108-15 神经元细胞和Jurkat T 淋巴细胞。这些 cADPR 类似物对
• SYNTHESIS AND BIOLOGICAL ACTIVITY OF CYCLIC ADP-CARBOCYCLIC-RIBOSE ANALOGS: STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP AND CONFORMATIONAL ANALYSIS OF<i>N</i>-1-CARBOCYCLIC-RIBOSE MOIETY
  作者：Takashi Kudoh、Masayoshi Fukuoka、Satoshi Shuto、Akira Matsuda

  DOI：10.1081/ncn-200060167

  日期：2005.4.1

  Several cyclic ADP-carbocyclic-ribose analogs 3–10 modified in the N-1-carbocyclic-ribose moiety were synthesized. Their Ca2+-releasing activity was estimated in sea urchin eggs to show that the 3″-deoxy analog 6 shows 5 times more potent activity than cADPcR, but the 2″,3″-didieoxy-2″,3″-unsunsaturated analog 3 has very weak activity. We also calculated their stable conformation and found that 3 and

  合成了几种在 N-1-碳环-核糖部分修饰的环状 ADP-碳环-核糖类似物 3-10。在海胆卵中估计了它们的 Ca2+ 释放活性，表明 3"-脱氧类似物 6 的活性是 cADPcR 的 5 倍，但 2",3"-二二氧-2",3"-不饱和类似物 3 具有非常弱的活动。我们还计算了它们的稳定构象，发现 3 和 6 的稳定构象有显着差异。
• Synthesis of Cyclic ADP-Carbocylcic-Xylose and its 3′′-<b><i>O</i></b><i>O</i>-Methyl Analogue as Stable and Potent Ca²⁺-Mobilizing Agents
  作者：Takashi Kudoh、Akira Matsuda、Satoshi Shuto、Takashi Murayama、Yasuo Ogawa

  DOI：10.1080/15257770600685867

  日期：2006.6

  We previously showed that 3"-deoxy-cyclic ADP-carbocyclic-ribose (3"-deoxy-cADPcR, 3) is a stable and highly potent analogue of cyclic ADP-ribose (cADPR, 1), a Ca2+ -mobilizing second messenger. From these results, we newly designed another 3"-modified analogues of cADPcR and identified the N1-"xylo"-type carbocyclic analogue, i.e., cADPcX (4), as one of the most potent cADPR-related compounds reported

  我们以前显示3“-脱氧环ADP-碳环核糖（3”-脱氧-cADPcR，3）是稳定的和有力的环状ADP-核糖（cADPR，1）的类似物，Ca2 +动员的第二信使。根据这些结果，我们重新设计了cADPcR的另一种3“修饰类似物，并确定了N1-” xylo“型碳环类似物，即cADPcX（4），是迄今为止报道的最有效的与cADPR相关的化合物之一。
• Total Synthesis of Cyclic ADP-carbocyclic-ribose, a Stable Mimic of Ca²⁺-Mobilizing Second Messenger Cyclic ADP-Ribose¹
  作者：Satoshi Shuto、Masayoshi Fukuoka、Andrzej Manikowsky、Yoshihito Ueno、Takashi Nakano、Ritsu Kuroda、Hideyo Kuroda、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/ja010756d

  日期：2001.9.1

  The synthesis of cyclic ADP-carbocyclic-ribose (cADPcR, 4) designed as a stable mimic of cyclic ADP-ribose (cADPR, 1), a Ca2+-mobilizing second messenger, was achieved using as the key step a condensation reaction with the phenylthiophosphate-type substrate 14 to form an intramolecular pyrophosphate linkage. The N-1-carbocyclic-ribosyladenosine derivative 16 was prepared via the condensation between

  环状 ADP-碳环核糖 (cADPcR, 4) 的合成设计为环状 ADP-核糖 (cADPR, 1) 的稳定模拟物，Ca2+ 动员第二信使，其关键步骤是与苯硫代磷酸酯的缩合反应型底物14形成分子内焦磷酸键。N-1-碳环-核糖基腺苷衍生物16是通过咪唑核苷衍生物17（由AICA-核苷（19）制备）和容易获得的旋光碳环胺18之间的缩合而制备的。然后将化合物16转化为相应的5 '-磷酰基-5'-苯基硫代磷酸酯衍生物14。在分子筛(3A)的存在下，在吡啶中在室温下用AgNO 3 处理14得到所需的环化产物32，产率为93%，随后的酸处理提供了目标 cADPcR (4)。这代表了合成这种类型的生物学上重要的环核苷酸的通用方法。cADPcR 的 1 H NMR 分析表明其在水性介质中的构象与 cADPR 相似。与 cADPR 不同，cADPcR 在中性和酸性条件下稳定，在碱性条件下，它形成 Dimroth
• Design and synthesis of 4″,6″-unsaturated cyclic ADP-carbocyclic-ribose, a Ca2+-mobilizing agent selectively active in T cells
  作者：Takashi Kudoh、Takashi Murayama、Minako Hashii、Haruhiro Higashida、Takashi Sakurai、Clarisse Maechling、Bernard Spiess、Karin Weber、Andreas H. Guse、Barry V.L. Potter、Mitsuhiro Arisawa、Akira Matsuda、Satoshi Shuto

  DOI：10.1016/j.tet.2008.07.068

  日期：2008.10

  We previously developed cyclic ADP-carbocyclic-ribose (cADPcR, 3a) as a stable mimic of cyclic ADP-ribose (cADPR, 1), a Ca2+-mobilizing second messenger. The unsaturated carbocyclic-ribose analogs of cADPR, i.e., 4″,6″-didehydro-cADPcR (8a) and its inosine congener 4″,6″-didehydro-cIDPcR (8b) were newly designed and successfully synthesized using the key intramolecular condensation reaction with S-phenyl

  我们先前开发了环状ADP-碳环核糖（cADPcR，3a）作为环状ADP-核糖（cADPR，1）（一种动员Ca 2+的第二信使）的稳定模拟物。cADPR的不饱和碳环核糖类似物，即4”，6” -didehydro-cADPcR（8a）及其肌苷同源物4”，6” -didehydro-cIDPcR（8b）进行了新的设计，并利用关键的分子内缩合成功合成了与S-苯基硫代磷酸酯型底物反应。Ca 2+在海胆卵匀浆，NG108-15神经元细胞和透化的Jurkat T淋巴细胞中检测了化合物的动员能力，这可能表明4“，6” -didehydro-cADPcR是第一个在T细胞中有选择性活性的cADPR类似物。还研究了8a的酸碱行为和构象，并将其与cADPcR进行了比较。