1-(3,5-anhydro-2-deoxy-β-D-threo-pentofuranosyl)uracil | 3056-16-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二氧环庚烷
• 英文名称: 1-(3,5-anhydro-2-deoxy-β-D-threo-pentofuranosyl)uracil
• 英文别名: 1-[2,6-dioxa-bicyclo[3.2.0]hept-3-yl]-1H-pyrimidine-2,4-dione；3',5'-anhydro-2'-deoxyuridine；1-(β-D-threo-3,5-anhydro-2-deoxy-pentofuranosyl)-1H-pyrimidine-2,4-dione；1-(2-Desoxy-3',5'-epoxy-β-D-threo-pentafuranosyl)-uracil；1-(2'-Deoxy-3',5'-epoxy-β-D-threo-pentofuranosyl)uracil；1-(2-Desoxy-3,5-epoxy-β-D-threo-pentofuranosyl)-uracil；1-[(1R,3R,5R)-2,6-dioxabicyclo[3.2.0]heptan-3-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 3056-16-4
• 化学式: C₉H₁₀N₂O₄
• 分子量: 210.189
• InChiKey: VQNYODGXEOTQIQ-ATRFCDNQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.492±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  67.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(3,5-anhydro-2-deoxy-β-D-threo-pentofuranosyl)uracil 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 sodium hydride 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 20.0~100.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 6.5h， 生成 2',3'-二脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  基于亲脂性烷基呋喃并嘧啶双脱氧核苷的人类巨细胞病毒（HCMV）抑制剂新家族的发现：通过新型非核苷机制的作用。

  摘要：

  继我们发现亲脂性烷基呋喃并嘧啶2'-脱氧核苷的强力抗水痘带状疱疹病毒作用后，我们现在报道2'，3'-二脱氧糖类似物没有抗VZV活性，但却是人类的有效和选择性抑制剂巨细胞病毒（HCMV）。本发明化合物在约200℃下具有体外活性。1 microM，细胞毒性仅高于200 microM。重要的是，我们已经发现，尽管这些新试剂尽管具有核苷结构，但它们并不能充当核苷类似物，而且添加时间的研究表明，该化合物在DNA合成之前的病毒复制周期中可能抑制HCMV。它们代表了发现HCMV改良疗法的新线索，尤其是鉴于其新颖的作用机制。

  DOI：

  10.1021/jm030857h
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 吡啶 、 sodium hydroxide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 1-(3,5-anhydro-2-deoxy-β-D-threo-pentofuranosyl)uracil
  参考文献：
  名称：

  2'，3'-Dideoxyuridine和2'，3'-Dideoxy-2'，3'-didehydrouridine的核苷单-和二磷酸前药

  摘要：

  尽管它们与核苷类似物（如抗HIV药物AZT和d4T）具有相似的结构相似性，但2'，3'-二脱氧尿苷（ddU）和2'，3'-二脱氧-2'，3'-二氢尿苷（d4U）完全相同对核苷形式的艾滋病毒无活性。然而，已经显示这两个核苷的相应三磷酸可以有效地阻断HIV逆转录酶。在此，我们报道了ddU和d4U的两种核苷酸前药（环Sal和Di PP ro核苷酸），以研究其克服细胞内磷酸化不足的能力，这可能是其抗HIV活性低的原因。通过在磷酸盐缓冲液（pH 7.3）和人CD中的水解研究证明了从这些化合物中释放出相应的单磷酸酯和二磷酸酯4 + T淋巴细胞CEM细胞提取物。然而，令人惊讶的是，这些化合物在人CD 4 + T淋巴细胞CEM细胞的测试中显示出低或没有抗HIV活性。核苷二磷酸激酶（NDPK）将ddUDP和d4UDP转化为三磷酸代谢物的研究表明，两种磷酸酯均几乎没有转化，这可能是细胞内三磷酸水平低导致抗病毒活性降低的原因。

  DOI：

  10.1002/cmdc.201402295

文献信息

• Design, synthesis, and anti-HIV activity of 2′,3′-didehydro-2′,3′-dideoxyuridine (d4U), 2′,3′-dideoxyuridine (ddU) phosphoramidate ‘ProTide’ derivatives
  作者：Youcef Mehellou、Christopher McGuigan、Andrea Brancale、Jan Balzarini

  DOI：10.1016/j.bmcl.2007.04.043

  日期：2007.7

  We report the synthesis of 2',3'-didehydro-2',3'-dideoxyuridine (d4U) and 2',3'-dideoxyuridine (ddU) phosphoramidate 'ProTide' derivatives and their evaluation against HIV-1 and HIV-2. In addition, we conducted molecular modeling studies on both d4U and ddU monophosphates to investigate their second phosphorylation process. The findings from the modeling studies provide compelling evidence for the

  我们报告2'，3'-didehydro-2'，3'-dideoxyuridine（d4U）和2'，3'-dideoxyuridine（ddU）氨基磷酸'ProTide'衍生物的合成及其对HIV-1和HIV-2的评估。此外，我们对d4U和ddU单磷酸盐进行了分子建模研究，以研究其第二次磷酸化过程。建模研究的结果提供了令人信服的证据，证明与相应的ddU氨基磷酸酯相比，d4U氨基磷酸酯缺乏抗HIV活性。
• Joshi, Bhalchandra V.; Rao, T. Sudhakar; Reese, Colin B., Journal of the Chemical Society. Perkin transactions I, 1992, # 19, p. 2537 - 2544
  作者：Joshi, Bhalchandra V.、Rao, T. Sudhakar、Reese, Colin B.

  DOI：——

  日期：——
• Synthesis of 5′-Ethynyl-2′-deoxynucleoside Analogues as Building Block for Antisense Oligonucleotide
  作者：Hassan B. Lazrek、Abdelalli Rochdi、Joachim W. Engels

  DOI：10.1080/07328319908044684

  日期：1999.6

  New nucleosides and nucleoside analogue dimers were prepared using 5'-ethynyl-2'-deoxynucleoside as starting material.
• Discovery of a New Family of Inhibitors of Human Cytomegalovirus (HCMV) Based upon Lipophilic Alkyl Furano Pyrimidine Dideoxy Nucleosides:  Action via a Novel Non-Nucleosidic Mechanism
  作者：Christopher McGuigan、Ranjith N. Pathirana、Robert Snoeck、Graciela Andrei、Erik De Clercq、Jan Balzarini

  DOI：10.1021/jm030857h

  日期：2004.3.1

  Following our discovery of the potent anti-varicella zoster virus action of lipophilic alkyl furano pyrimidine 2'-deoxynucleosides, we now report that 2',3'-dideoxy sugar analogues are devoid of anti-VZV activity but are potent and selective inhibitors of human cytomegalovirus (HCMV). The present compounds are active in vitro at ca. 1 microM with cytotoxicity only above 200 microM. Importantly, we

  继我们发现亲脂性烷基呋喃并嘧啶2'-脱氧核苷的强力抗水痘带状疱疹病毒作用后，我们现在报道2'，3'-二脱氧糖类似物没有抗VZV活性，但却是人类的有效和选择性抑制剂巨细胞病毒（HCMV）。本发明化合物在约200℃下具有体外活性。1 microM，细胞毒性仅高于200 microM。重要的是，我们已经发现，尽管这些新试剂尽管具有核苷结构，但它们并不能充当核苷类似物，而且添加时间的研究表明，该化合物在DNA合成之前的病毒复制周期中可能抑制HCMV。它们代表了发现HCMV改良疗法的新线索，尤其是鉴于其新颖的作用机制。
• Nucleoside Mono- and Diphosphate Prodrugs of 2′,3′-Dideoxyuridine and 2′,3′-Dideoxy-2′,3′-didehydrouridine
  作者：Florian Pertenbreiter、Jan Balzarini、Chris Meier

  DOI：10.1002/cmdc.201402295

  日期：2015.1

  Despite their close structural similarity to nucleoside analogues such as the anti‐HIV drugs AZT and d4T, 2′,3′‐dideoxyuridine (ddU) and 2′,3′‐dideoxy‐2′,3′‐didehydrouridine (d4U) are entirely inactive against HIV in their nucleoside form. However, it has been shown that the corresponding triphosphates of these two nucleosides can effectively block HIV reverse transcriptase. Herein we report on two

  尽管它们与核苷类似物（如抗HIV药物AZT和d4T）具有相似的结构相似性，但2'，3'-二脱氧尿苷（ddU）和2'，3'-二脱氧-2'，3'-二氢尿苷（d4U）完全相同对核苷形式的艾滋病毒无活性。然而，已经显示这两个核苷的相应三磷酸可以有效地阻断HIV逆转录酶。在此，我们报道了ddU和d4U的两种核苷酸前药（环Sal和Di PP ro核苷酸），以研究其克服细胞内磷酸化不足的能力，这可能是其抗HIV活性低的原因。通过在磷酸盐缓冲液（pH 7.3）和人CD中的水解研究证明了从这些化合物中释放出相应的单磷酸酯和二磷酸酯4 + T淋巴细胞CEM细胞提取物。然而，令人惊讶的是，这些化合物在人CD 4 + T淋巴细胞CEM细胞的测试中显示出低或没有抗HIV活性。核苷二磷酸激酶（NDPK）将ddUDP和d4UDP转化为三磷酸代谢物的研究表明，两种磷酸酯均几乎没有转化，这可能是细胞内三磷酸水平低导致抗病毒活性降低的原因。