9-[6'-O-benzyl-1',3',4'-tri-O-(4-toluoyl)-β-D-psicofuranosyl]uracil

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 9-[6'-O-benzyl-1',3',4'-tri-O-(4-toluoyl)-β-D-psicofuranosyl]uracil
• 英文别名: 1-(1,3,4-tri-O-(p-toluoyl)-6-O-benzyl-β-D-psicofuranosyl)uracil；Bz(4-Me)(-1)[Bz(4-Me)(-3)][Bz(4-Me)(-4)][Bn(-6)]Psif(b)-uracil-1-yl；[(2R,3R,4R,5R)-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-bis[(4-methylbenzoyl)oxy]-5-(phenylmethoxymethyl)oxolan-2-yl]methyl 4-methylbenzoate
• 化学式: C₄₁H₃₈N₂O₁₀
• 分子量: 718.76
• InChiKey: PZPOHOFWVHOGOA-WCMBYXODSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.1
• 重原子数：
  53
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  147
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1,2:3,4-di-O-isopropylidene-6-O-benzyl-β-D-psicofuranose 在 吡啶 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 溶剂黄146 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 60.5h， 生成 9-[6'-O-benzyl-1',3',4'-tri-O-(4-toluoyl)-β-D-psicofuranosyl]uracil
  参考文献：
  名称：

  新型构象受约束的1'，2'-氮杂环丁烷融合的双环嘧啶核苷的合成与结构：它们掺入寡DNA中和杂双链的热稳定性

  摘要：

  的新颖1'的合成，2'-氨基亚甲基桥接的（6-氮杂-2-氧杂双环〔3.2.0〕庚烷）‘氮杂环丁烷’嘧啶核苷和它们的转换为相应的亚磷酰胺构建模块（20，39，和42），用于报道了自动化的固相寡核苷酸合成。从已知的糖中间体6 - O-苄基-1,2：3,4-双-O-异亚丙基-d开始，通过两种不同的策略合成了新型双环核苷“氮杂环丁烷”单体-psi呋喃糖。通过分子建模（从头算和MD模拟）和NMR进行的构象分析表明，氮杂环丁烷融合的呋喃糖糖被锁定在东北构象中，假旋转相角（P）在44.5-53.8°范围内，并且糖的起皱幅度（φ米）的29.3-32.6°为氮杂环丁烷改性Ť，ü，ç，和5-ME- ç核苷。氮杂环丁烷修饰的寡聚DNA / RNA异源双链的热变性研究表明，与以前合成的东北-东北糖约束的氧杂环丁烷融合类似物相比，氮杂环丁烷融合的核苷显示出改善的结合亲和力。

  DOI：

  10.1021/jo052115x

文献信息

• Facile preparation of the oxetane-nucleosides
  作者：Małgorzata Bogucka、Petr Nauš、Wimal Pathmasiri、Jharna Barman、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1039/b511406c

  日期：——

  Efficient and practical large scale synthesis of suitably protected 1′,2′-oxetane locked purine and pyrimidine nucleosides for incorporation in oligo-DNA or -RNA by solid-phase synthesis is reported. A high regio and stereoselectivity with preferential formation of the β-anomer in the glycosylation reaction, using the Vorbrüggen procedure, was achieved by a convergent synthetic procedure with orthogonal protection strategy using either 1,2-di-O-acetyl-3,4-O-isopropylidene-6-O-(4-toluoyl)-D-psicofuranose or 2-O-acetyl-6-O-benzyl-1,3,4-tri-O-(4-toluoyl)-D-psicofuranose as the glycosyl donor.

  据报道，有效且实用的大规模合成适当保护的 1',2'-氧杂环丁烷锁定的嘌呤和嘧啶核苷，用于通过固相合成掺入寡聚 DNA 或 RNA。使用 Vorbrüggen 程序，通过采用 1,2-二-O-乙酰基-3,4- 的正交保护策略的收敛合成程序，实现了高区域选择性和立体选择性，并在糖基化反应中优先形成 β-端基异构体。 O-异亚丙基-6-O-(4-甲苯酰基)-D-呋喃酮糖或2-O-乙酰基-6-O-苄基-1,3,4-三-O-(4-甲苯酰基)-D-呋喃酮糖糖基供体。
• Synthesis and Structure of Novel Conformationally Constrained 1‘,2‘-Azetidine-Fused Bicyclic Pyrimidine Nucleosides:  Their Incorporation into Oligo-DNAs and Thermal Stability of the Heteroduplexes
  作者：Dmytro Honcharenko、Oommen P. Varghese、Oleksandr Plashkevych、Jharna Barman、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1021/jo052115x

  日期：2006.1.1

  azetidine-fused furanose sugar is locked in a North-East conformation with pseudorotational phase angle (P) in the range of 44.5−53.8° and sugar puckering amplitude (φm) of 29.3−32.6° for the azetidine-modified T, U, C, and 5-Me-C nucleosides. Thermal denaturation studies of azetidine-modified oligo-DNA/RNA heteroduplexes show that the azetidine-fused nucleosides display improved binding affinities when compared

  的新颖1'的合成，2'-氨基亚甲基桥接的（6-氮杂-2-氧杂双环〔3.2.0〕庚烷）‘氮杂环丁烷’嘧啶核苷和它们的转换为相应的亚磷酰胺构建模块（20，39，和42），用于报道了自动化的固相寡核苷酸合成。从已知的糖中间体6 - O-苄基-1,2：3,4-双-O-异亚丙基-d开始，通过两种不同的策略合成了新型双环核苷“氮杂环丁烷”单体-psi呋喃糖。通过分子建模（从头算和MD模拟）和NMR进行的构象分析表明，氮杂环丁烷融合的呋喃糖糖被锁定在东北构象中，假旋转相角（P）在44.5-53.8°范围内，并且糖的起皱幅度（φ米）的29.3-32.6°为氮杂环丁烷改性Ť，ü，ç，和5-ME- ç核苷。氮杂环丁烷修饰的寡聚DNA / RNA异源双链的热变性研究表明，与以前合成的东北-东北糖约束的氧杂环丁烷融合类似物相比，氮杂环丁烷融合的核苷显示出改善的结合亲和力。