帕马普林A | 110659-91-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 酚类
• 中文名称: 帕马普林A
• 英文名称: psammaplin A
• 英文别名: (2E)-3-(3-bromo-4-hydroxyphenyl)-N-[2-[2-[[(2E)-3-(3-bromo-4-hydroxyphenyl)-2-hydroxyiminopropanoyl]amino]ethyldisulfanyl]ethyl]-2-hydroxyiminopropanamide
• CAS: 110659-91-1
• 化学式: C₂₂H₂₄Br₂N₄O₆S₂
• 分子量: 664.396
• InChiKey: LMAFSGDNHVBIHU-XUIWWLCJSA-N

物化性质

• 熔点：
  170-172℃
• 密度：
  1.72±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  可溶于乙酸乙酯（少许）、甲醇（少许）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  214
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  10

制备方法与用途

生物活性

Psammaplin A 是一种海洋代谢产物，能够有效抑制 HDAC 和 DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferases）。它是一种高效的选择性 HDAC1 抑制剂，其 IC50 值为 0.9 nM，对 HDAC1 的选择性是 DAC6 的 360 倍。此外，Psammaplin A 对 HDAC7 和 HDAC8 的效力低 1000 倍以上。

Psammaplin A 具有抗菌作用，能抑制革兰氏阳性细菌的生长，并且还能够抑制 DNA 合成和 DNA 促旋酶（DNA gyrase）的活性。此外，它还表现出一定的抗肿瘤活性。

靶点

• IC50: 0.9 nM (HDAC1)

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  帕马普林A 在 manganese(III) acetylacetonate 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 15.0h， 以5%的产率得到7-bromo-N-[2-[2-[(7-bromo-8-oxo-1-oxa-2-azaspiro[4.5]deca-2,6,9-triene-3-carbonyl)amino]ethyldisulfanyl]ethyl]-8-oxo-1-oxa-2-azaspiro[4.5]deca-2,6,9-triene-3-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  Epigenetic profiling of the antitumor natural product psammaplin A and its analogues

  摘要：

  A collection of analogues of the dimeric natural product psammaplin A that differ in the substitution on the ( halo) tyrosine aryl ring, the oxime and the diamine connection has been synthesized. The effects on cell cycle, induction of differentiation and apoptosis of the natural-product inspired series were measured on the human leukaemia U937 cell line. Epigenetic profiling included induction of p21(WAF1), effects on global H3 histone and tubulin acetylation levels as well as in vitro enzymatic assays using HDAC1, DNMT1, DNMT3A, SIRT1 and a peptide domain with p300/CBP HAT activity. Whereas the derivatives of psammaplin A with modifications in the length of the connecting chain, the oxime bond and the disulfide unit showed lower potency, the analogues with changes on the bromotyrosine ring exhibited activities comparable to those of the parent compound in the inhibition of HDAC1 and in the induction of apoptosis. The lack of HDAC1 activity of analogues modified on the disulfide bond suggests that its cleavage must occur in cells to produce the monomeric Zn2+-chelating thiol. This assumption is consistent with the molecular modelling of the complex of psammaplin A thiol with h-HDAC8. Only a weak inhibition of DNMT1, DNMT3A and residual activities with SIRT1 and a p300/CBP HAT peptide were measured for these compounds. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2010.12.026
• 作为产物：
  描述：

  2-bromo-4-((2-methyl-5-oxooxazol-4(5H)-ylidene)methyl)phenyl acetate 在 吡啶 、 盐酸 、 水 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 、 乙醚 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 帕马普林A
  参考文献：
  名称：

  New synthetic strategies towards psammaplin A, access to natural product analogues for biological evaluation

  摘要：

  开发了新的合成路线以制备天然产物海绵抑素A（psammaplin A）及其多样化的类似物，这些类似物用于生物学评估。这些路线采用廉价且商业可获得的起始原料，并能合成目前报道方法难以获得的psammaplin A类似物。初步生物学研究表明，这些化合物是目前所发现的最强效的非肽类组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1，I类）抑制剂。有趣的是，psammaplin A及其我们的合成类似物在体外显示出I类选择性，这对于设计和合成未来同工型选择性抑制剂具有重要意义。

  DOI：

  10.1039/c0ob00824a

文献信息

• Derivatives of psammaplin A, a method for their synthesis and their use for the prevention or treatment of cancer
  申请人：Centre National de la Recherche Scientifique

  公开号：EP1964835A1

  公开（公告）日：2008-09-03

  Derivatives of psammaplin A of formula (I), a method for their synthesis and their use for the preparation of a medicament for preventing and /or treating a tumor or a cancer.

  桑普林A的衍生物，其化学公式为(I)，一种用于合成它们的方法，以及它们用于制备用于预防肿瘤或癌症的药物。
• Synthesis, biological evaluation and molecular modeling studies of psammaplin A and its analogs as potent histone deacetylases inhibitors and cytotoxic agents
  作者：Jiachen Wen、Yu Bao、Qun Niu、Jiang Liu、Jinyu Yang、Wanqiao Wang、Tao Jiang、Yinbo Fan、Kun Li、Jian Wang、Linxiang Zhao、Dan Liu

  DOI：10.1016/j.bmcl.2015.12.094

  日期：2016.9

  In this study, a concise synthetic method of psammaplin A was achieved from 3-bromo-4-hydroxybenzaldahyde and hydantoin through a four-step synthesis via Knoevenagel condensation, hydrolysis, oximation and amidation in 37% overall yield. A collection of novel psammaplin A analogs focused on the variations of substituents at the benzene ring and modifications at the oxime moiety were synthesized. Among

  在这项研究中，通过Knoevenagel缩合，水解，肟化和酰胺化的四步合成，由3-溴-4-羟基苯甲酰苯乙醛和乙内酰脲合成了一种简洁的psammaplin A合成方法，总收率为37％。合成了一组新的针对苯环上取代基的变化和肟部分上的修饰的新的psammaplin A类似物。在所有合成的化合物中，5d和5e显示出比psammaplin A更好的HDAC抑制作用，并且对四种癌细胞系（PC-3，MCF-7，A549和HL-60）具有相当的细胞毒性。分子对接和动力学模拟表明，（i）肟基团的氢原子通过水桥连氢键与HDAC1的Asp99相互作用，并且（ii）羟基在苯的对位上最佳连接，
• Studying Histone Deacetylase Inhibition and Apoptosis Induction of Psammaplin A Monomers with Modified Thiol Group
  作者：Yu Bao、Qihao Xu、Lin Wang、Yunfei Wei、Baichun Hu、Jian Wang、Dan Liu、Linxiang Zhao、Yongkui Jing

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.0c00369

  日期：2021.1.14

  histone deacetylase (HDAC) inhibition and acts through reduced monomer PsA-SH. We studied the connection of HDAC inhibition, cell growth inhibition, and apoptosis induction of PsA-SH by modifying the −SH group with deletion (6a) or replacement with hydroxamic acid (10b) or benzamide (12g). PsA-SH inhibits HDAC1/2/3 and 6a loses the HDAC inhibition ability. 10b inhibits HDAC1/2/3/6 while 12g shows selective

  Psammaplin A (PsA) 是一种溴酪氨酸二硫化物二聚体，具有组蛋白脱乙酰酶 (HDAC) 抑制作用，并通过还原的单体 PsA-SH 发挥作用。我们通过缺失 ( 6a ) 或用异羟肟酸 ( 10b ) 或苯甲酰胺 ( 12g )替代修饰 -SH 基团，研究了 HDAC 抑制、细胞生长抑制和 PsA-SH 凋亡诱导之间的联系。PsA-SH 抑制 HDAC1/2/3 和6a失去 HDAC 抑制能力。10b抑制 HDAC1/2/3/6，而12g显示对 HDAC3 的选择性抑制。PsA-SH 和10b，但既不是6a也不是12g，诱导人类白血病 HL-60 细胞凋亡，这与组蛋白 H3 乙酰化增加有关。PsA-SH 和10b在体外抑制几种实体瘤细胞系的生长以及在体内抑制 Lewis 肺癌细胞的生长。PsA-SH 是一种用于开发选择性 HDAC 抑制剂的简单支架，并通过抑制 HDAC1/2 诱导细胞凋亡。
• [EN] 8-CYCLOPENTYL-7-OXO-2-(4-PIPERAZIN-1-YL-PHENYLAMINO)-7, 8-DIHYDRO-PYRIDO [2,3-D]PYRIMIDINE-6-CARBONITRILE AND USES THEREOF IN TREATING PROLIFERATIVE DISORDERS<br/>[FR] 8-CYCLOPENTYL-7-OXO-2-(4-PIPERAZIN-1-YL-PHENYLAMINO)-7, 8-DIHYDRO-PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE-6-CARBONITRILE ET SES UTILISATIONS DANS LE TRAITEMENT DE TROUBLES PROLIFÉRATIFS
  申请人：ONCONOVA THERAPEUTICS INC

  公开号：WO2020101638A1

  公开（公告）日：2020-05-22

  The novel compound 8-Cyclopentyl-7-oxo-2-(4-piperazin-l-yl-phenylamino)-7,8-dihydro-pyrido[2,3-

  该新型化合物8-环戊基-7-氧代-2-(4-哌嗪-1-基苯胺基)-7,8-二氢吡啶并[2,3-嘧啶-6-甲腈及其药用可接受盐被描述，以及它们在治疗包括癌症在内的细胞增殖性疾病中的使用方法。
• COMPOSITION AND METHODS FOR THE TREATMENT OF MYELODYSPLASTIC SYNDROME AND ACUTE MYELOID LEUKEMIA
  申请人：Reddy E. Premkumar

  公开号：US20100305059A1

  公开（公告）日：2010-12-02

  Methods and compositions are provided for treating myelodysplastic syndrome and acute myeloid leukemia, wherein the composition comprises at least one compound according to Formula I: wherein R 1 is selected from the group consisting of —NH 2 , —NH—CH 2 —CO 2 H, —NH—CH(CH 3 )—CO 2 H, and —NH—C(CH 3 ) 2 —CO 2 H, or a pharmaceutically acceptable salt of such a compound; and a DNA methyltransferase inhibitor, or a pharmaceutically acceptable salt thereof.

  提供了用于治疗骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病的方法和组合物，其中该组合物包括至少一种符合以下式I的化合物：其中R1选自—NH2、—NH—CH2—CO2H、—NH—CH(CH3)—CO2H和—NH—C(CH3)2—CO2H的群组，或者该化合物的药用可接受盐；以及DNA 甲基转移酶抑制剂，或其药用可接受盐。