(3aS,4S,6aR)-N-(2-氨基乙基)六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-戊酰胺 | 111790-37-5

• 物质功能分类: 医药中间体 - 原料药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 生物素及其衍生物
• 中文名称: (3aS,4S,6aR)-N-(2-氨基乙基)六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-戊酰胺
• 中文别名: 生物素-乙二胺；联锡基酰胺乙基乙酰胺；乙二胺生物素
• 英文名称: N-biotinyl-1,2-diaminoethane
• 英文别名: N-(2-aminoethyl)-5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide；biotin ethylenediamine；N-(2-aminoethyl)biotinamide；biotinylethylenediamine；N-[2-(D-biotinylamino)ethyl]amine；N-(2-aminoethyl)-5-(2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide；5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-N-(2-aminoethyl)pentanamide
• CAS: 111790-37-5
• 化学式: C₁₂H₂₂N₄O₂S
• 分子量: 286.398
• InChiKey: BNCJEZWKLUBUBB-QXEWZRGKSA-N

物化性质

• 熔点：
  172-174°C
• 沸点：
  643.7±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.189±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  122
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  4

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335
• 储存条件：
  室温且干燥

制备方法与用途

Biotin-EDA 是一种PROTAC连接体，属于烷基链类。它可用于合成PROTAC分子。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3aS,4S,6aR)-N-(2-氨基乙基)六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-戊酰胺 在 氨 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 3.08h， 生成
  参考文献：
  名称：

  [EN] LIGAND LINKER SUBSTRATE
  [FR] SUBSTRAT À COUPLEUR DE LIGANDS

  摘要：

  功能化配体基板包括固体基板，已经经过改性以提供通过连接剂共价结合的嵌合捕捉配体基团，制备所述功能化配体基板的方法以及其用途，例如增加结合速率和动态结合容量（DBC）。

  公开号：

  WO2020127311A1
• 作为产物：
  描述：

  D-生物素 在 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 (3aS,4S,6aR)-N-(2-氨基乙基)六氢-2-氧代-1H-噻吩并[3,4-d]咪唑-4-戊酰胺
  参考文献：
  名称：

  姜黄素的生物素附加铁（III）配合物用于靶向光化学疗法

  摘要：

  姜黄素（Hcur）的铁（III）配合物，具有三齿NNN-供体二聚烯丙基胺基配体L 1及其生物素化类似物L 2，即[Fe（L 1）（cur）Cl]（1）和[Fe（L制备，表征了2）（cur）Cl]（2）并研究了它们的光诱导细胞毒性。该复合物在430 nm附近表现出基于姜黄素的吸收带，在520 nm处显示出最大发射。与非生物素类似物1相比，具有生物素部分的复合物2表现出增强的细胞摄取和更高的细胞毒性。在HeLa，MCF-7和HepG2细胞系中研究了可见光诱导的细胞毒性。复杂2显示的光动力效应（400–700 nm，10 J cm -2）在HeLa和MCF-7细胞中的IC 50值为〜4μM，而在黑暗中则无毒（IC 50 > 100μM）。在HepG2细胞（IC观察到细胞毒性有5倍的增长50 ~0.7μM）为生物素所附复杂2。从二乙酸二氟荧光素（DCFDA）分析中观察到了活性氧（ROS）的体外生成

  DOI：

  10.1002/ejic.202001174

文献信息

• Magnetic resonance and optical imaging probes for NMDA receptors on the cell surface of neurons: synthesis and evaluation in cellulo
  作者：Neil Sim、Robert Pal、David Parker、Joern Engelmann、Anurag Mishra、Sven Gottschalk

  DOI：10.1039/c4ob01848f

  日期：——

  A second generation of N-methyl-d-aspartate (NMDA) receptor-targeted MRI contrast agents has been synthesised, based on bicyclic NMDA receptor antagonists and show selective and reversible cell-surface binding.

  第二代基于双环NMDA受体拮抗剂的N-甲基-d-天冬氨酸（NMDA）受体靶向MRI对比剂已经合成，并显示出选择性和可逆的细胞表面结合。
• Approved Anti-cancer Drugs Target Oncogenic Non-coding RNAs
  作者：Sai Pradeep Velagapudi、Matthew G. Costales、Balayeshwanth R. Vummidi、Yoshio Nakai、Alicia J. Angelbello、Tuan Tran、Hafeez S. Haniff、Yasumasa Matsumoto、Zi Fu Wang、Arnab K. Chatterjee、Jessica L. Childs-Disney、Matthew D. Disney

  DOI：10.1016/j.chembiol.2018.05.015

  日期：2018.9

  Potential RNA drug targets for small molecules are found throughout the human transcriptome, yet small molecules known to elicit a pharmacological response by directly targeting RNA are limited to antibacterials. Herein, we describe AbsorbArray, a small molecule microarray-based approach that allows for unmodified compounds, including FDA-approved drugs, to be probed for binding to RNA motif libraries

  在整个人类转录组中都发现了小分子的潜在RNA药物靶标，但是已知通过直接靶向RNA引起药理反应的小分子仅限于抗菌剂。在本文中，我们描述了AbsorbArray，这是一种基于小分子微阵列的方法，允许以未经修饰的化合物（包括FDA批准的药物）以大规模平行形式与RNA基序文库结合进行探测。几种药物结合RNA，包括激酶和拓扑异构酶抑制剂。后者与致癌microRNA（miR）-21的Dicer位点中发现的基序紧密结合，并在体外和细胞中均抑制了其加工。最有效的化合物可抑制下游蛋白质靶标并抑制miR-21介导的侵袭性表型。该化合物的活性在pre-miR-21过表达时被消除。
• [EN] PHOTOPROXIMITY PROFILING OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS IN CELLS<br/>[FR] PROFILAGE DE PHOTOPROXIMITÉ D'INTERACTIONS PROTÉINE-PROTÉINE DANS DES CELLULES
  申请人：UNIV CHICAGO

  公开号：WO2021055960A1

  公开（公告）日：2021-03-25

  Photoactive probes and probe systems for detecting biological interactions are described. The photoactive probes include probes that combine both photocleavable and photoreactive moieties. The photoactive probe systems can include a first probe comprising a photocatalytic group and a second probe comprising a group that can act as a substrate for the reaction catalyzed by the photocatalytic group. The probes and probe systems can also include groups that can specifically bind to a binding partner on a biological entity of interest and a detectable group or a precursor thereof. The probes and probe systems can detect spatiotemporal interactions of proteins or cells. In some embodiments, the interactions can be detected in live cells. Also described are methods of detecting the biological interactions.

  描述了用于检测生物相互作用的光活性探针和探针系统。光活性探针包括同时结合光解和光反应基团的探针。光活性探针系统可以包括第一探针，其中包括光催化基团，以及第二探针，其中包括可作为光催化基团催化反应底物的基团。探针和探针系统还可以包括能够特异性结合到感兴趣生物实体上的结合伙伴的基团，以及可检测的基团或其前体。这些探针和探针系统可以检测蛋白质或细胞的时空相互作用。在某些实施方式中，这些相互作用可以在活细胞中检测到。还描述了检测生物相互作用的方法。
• Synthesis, Characterization, and Evaluation of Near-IR Boron Dipyrromethene Bioconjugates for Labeling of Adenocarcinomas by Selectively Targeting the Epidermal Growth Factor Receptor
  作者：Nichole E. M. Kaufman、Qianli Meng、Kaitlin E. Griffin、Sitanshu S. Singh、Achyut Dahal、Zehua Zhou、Frank R. Fronczek、J. Michael Mathis、Seetharama D. Jois、M. Graça H. Vicente

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.8b01746

  日期：2019.4.11

  BODIPY conjugates showed low cytotoxicity (IC50 > 94 μM) in HT-29 cells, both in the dark and upon light activation (1.5 J/cm2). Studies of nude mice bearing subcutaneous human HT-29 xenografts revealed that only BODIPY conjugates bearing the LARLLT peptide showed tumor localization 24 h after intravenous administration. The results of our studies demonstrate that BODIPY bioconjugates bearing the EGFR-targeting

  合成了一系列五种含表皮生长因子受体（EGFR）的聚乙二醇化LARLLT肽和/或葡萄糖或生物素乙二胺基团的硼二吡咯亚甲基（BODIPY）生物共轭物，并且新的共轭物与H2O2的胞外域的结合能力使用分子建模，表面等离振子共振，荧光显微镜，竞争性结合测定和动物研究对EGFR进行了研究。发现具有LARLLT肽的BODIPY偶联物与EGFR特异性结合，而缺乏该肽的BODIPY偶联物则弱而非特异性地结合。所有BODIPY偶联物在黑暗和光照激活（1.5 J / cm2）时，在HT-29细胞中均显示出低细胞毒性（IC50> 94μM）。携带皮下人HT-29异种移植物的裸鼠研究表明，只有带有LARLLT肽的BODIPY缀合物在静脉内给药后24小时才显示肿瘤定位。我们的研究结果表明，带有EGFR靶向肽3PEG-LARLLT的BODIPY生物缀合物有望作为过表达EGFR的结肠癌的近红外荧光成像剂。
• Condensation of 2-((Alkylthio)(aryl)methylene)malononitrile with 1,2-Aminothiol as a Novel Bioorthogonal Reaction for Site-Specific Protein Modification and Peptide Cyclization
  作者：Xiaoli Zheng、Zhuoru Li、Wei Gao、Xiaoting Meng、Xuefei Li、Louis Y. P. Luk、Yibing Zhao、Yu-Hsuan Tsai、Chuanliu Wu

  DOI：10.1021/jacs.9b11875

  日期：2020.3.18

  2-aminothiol functionality can be introduced into a peptide or a protein as an N-terminal cysteine or an unnatural amino acid. The bioorthogonality of this reaction was demonstrated by site-specific labeling of not only synthetic peptides and a purified recombinant protein but also proteins on mammalian cells and phages. Unlike other reagents in bioorthogonal reactions, the chemical and physical properties of

  肽和蛋白质的位点特异性修饰在探测和扰动生物系统中具有广泛的应用。在此我们报告了 1,2-氨基硫醇可以在生物相容性条件下与 2-((烷硫基)(芳基)亚甲基)丙二腈 (TAMM) 快速、特异性和有效地反应。该反应经历了一种独特的机制，包括硫醇-乙烯基硫化物交换、环化和二氰基甲烷的消除，以形成 2-芳基-4,5-二氢噻唑 (ADT) 作为稳定的产物。可以将 1,2-氨基硫醇官能团作为 N 端半胱氨酸或非天然氨基酸引入肽或蛋白质中。该反应的生物正交性通过不仅合成肽和纯化的重组蛋白而且哺乳动物细胞和噬菌体上的蛋白质的位点特异性标记来证明。与生物正交反应中的其他试剂不同，TAMM 的化学和物理特性可以轻松调整。TAMM 还可用于生成基于噬菌体的环肽文库，而不会降低噬菌体的感染性。使用这种方法，我们鉴定了对不同蛋白质靶标具有高亲和力的 ADT 环肽，为生物学研究和潜在治疗提供了有价值的工具。此外，TAMM