绝对的蛋白质-
配体结合自由能的准确预测可以大大提高基于结构的药物设计的成功率,但极具挑战性和耗时。自由能扰动(
FEP)已被证明是可靠的,但仅限于预测在实际药物设计应用中与相同药物靶标结合时相似
配体的相对结合自由能(只有微小的结构差异)。本文中,已开发出高斯算法增强的
FEP(GA-
FEP)协议以增强
FEP仿真性能,从而能够有效地对消失的整个
配体进行
FEP仿真,从而预测绝对结合自由能(ABFE) 。使用GA-
FEP协议,用于ABFE计算的
FEP模拟(表示为GA-
FEP / ABFE)可以在100多个受体-
配体系统的数据集中实现结构相似和多样
配体的令人满意的准确性。此外,我们的GA-
FEP / ABFE引导的针对
磷酸二酯酶10的
铅优化导致发现了亚纳摩尔量的
抑制剂(IC50 = 0.87 nM,效能提高了约2000倍),并证实了共晶。