S-腺苷-3-硫代丙胺 | 53186-57-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 中文名称: S-腺苷-3-硫代丙胺
• 中文别名: 5'-S-(3-氨基丙基)-5'-硫代腺苷
• 英文名称: S-5'-deoxyadenosyl-(5')-3-thiopropylamine
• 英文别名: 5'-<(3-aminopropyl)thio>-5'-deoxyadenosine；5'-[3-(amino)propylthio]-5'-deoxyadenosine；5'-S-(3-aminopropyl)-5'-thioadenosine；(2R,3R,4S,5S)-2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-5-(((3-aminopropyl)thio)methyl)tetrahydrofuran-3,4-diol；5'-S-Adenosyl-3-thiopropylamin；S-Adenosyl-3-thiopropylamin；dc-SAH；dAPTA；SAH；5'-Desoxy-5'-<3-amino-propylmercapto>-adenosin；S-(3-amino-propyl)-5'-thio-adenosine；S-Adenosyl-3-thiopropylamine；(2S,3S,4R,5R)-2-(3-aminopropylsulfanylmethyl)-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolane-3,4-diol
• CAS: 53186-57-5
• 化学式: C₁₃H₂₀N₆O₃S
• 分子量: 340.406
• InChiKey: FUSRAALGPJJIRO-QYVSTXNMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  171
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  9

安全信息

• 储存条件：
  2-8°C

上下游信息

• 上游原料

  中文名称	英文名称	CAS号	化学式	分子量
  腺苷	adenosine	58-61-7	C10H13N5O4	267.244
  5'-氯-5'-脱氧腺苷	5'-deoxy-5'-chloroadenosine	892-48-8	C10H12ClN5O3	285.69
  ——	5'-deoxy-5'-[3-(phthalimido)propylthio]adenosine	115465-32-2	C21H22N6O5S	470.509
  ——	5'-acetylthio-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneadenosine	84365-04-8	C15H19N5O4S	365.413
  2',3'-异丙叉腺苷	2',3'-isopropylidene adenosine	362-75-4	C13H17N5O4	307.309
  ——	5'-deoxy-2',3'-O-isopropylidene-5'-[3-(phthalimido)propylthio]adenosine	263715-50-0	C24H26N6O5S	510.574

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  碘甲烷-13C 、 S-腺苷-3-硫代丙胺 在 silver perchlorate 作用下， 以 甲酸 、 溶剂黄146 为溶剂， 反应 2.33h， 以78%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  通过非常规自由基 S-腺苷甲硫氨酸酶在二苯甲胺生物合成中进行底物依赖性切割位点选择

  摘要：

  S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 的锍离子具有三个不同的 CS 键。传统的自由基SAM酶使用[4Fe-4S]簇来均裂SAM的C5'、腺苷-S键，生成5'-脱氧腺苷自由基，催化各种下游化学反应。参与二苯甲酰胺生物合成的自由基 SAM 酶，例如 Pyrococcus horikoshii Dph2 (PhDph2) 和酵母 Dph1-Dph2，而是裂解甲硫氨酸的 Cγ,Met-S 键以生成 3-氨基-3-羧丙基自由基。我们在这里展示了自由基 SAM 酶可以通过改变 SAM 的结构来调整以切割与锍硫的第三个 CS 键。使用脱羧基 SAM 类似物 (dc-SAM)，PhDph2 裂解 C 甲基-S 键，形成 5'-脱氧-5'-(3-氨基丙硫基) 腺苷 (dAPTA, 1)。甲基裂解活性，像其他两个 CS 键的断裂一样，取决于 [4Fe-4S]+ 簇的存在。电子-核双共振和质谱数据表明 [4Fe-4S]

  DOI：

  10.1021/jacs.7b01712
• 作为产物：
  描述：

  2',3'-异丙叉腺苷 在 甲酸 、 水 、 sodium methylate 、 一水合肼 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醇 为溶剂， 反应 35.5h， 生成 S-腺苷-3-硫代丙胺
  参考文献：
  名称：

  S-腺苷-L-高半胱氨酸天然产物类似物的有效合成及其在阐明 DNA 甲基转移酶 M·HhaI 辅因子结合的结构决定因素中的应用

  摘要：

  5'-Acetylthio-5'-deoxy-2',3'-O-isopropylideneadenosine (8) 由市售的 2',3'-O-isopropylideneadenosine (7) 和硫代乙酸在 Mitsunobu 条件下以几乎定量的产率直接制备. 原位裂解 8 的乙酰硫基官能团，然后与不同的烷基溴进行偶联，收率很高。获得的 5'-硫代核苷的脱保护产生 S-腺苷-L-高半胱氨酸类似物脱羧的 AdoHcy (11)、脱氨基的 AdoHcy (14) 和 5'-[3-(氰基)丙硫基]-5'-脱氧腺苷 (16)良好的整体收益率。硫代核苷 8 的直接脱保护以优异的产率提供 5'-thio-5'-deoxyadenosine (18)。此外，这些 AdoHcy 类似物和 DNA 甲基转移酶 M·HhaI 的结合常数在荧光测定中确定。

  DOI：

  10.1002/(sici)1099-0690(200002)2000:3<549::aid-ejoc549>3.0.co;2-7

文献信息

• Synthesis and Structure–Activity Relationship Investigation of Adenosine-Containing Inhibitors of Histone Methyltransferase DOT1L
  作者：Justin L. Anglin、Lisheng Deng、Yuan Yao、Guobin Cai、Zhen Liu、Hong Jiang、Gang Cheng、Pinhong Chen、Shuo Dong、Yongcheng Song

  DOI：10.1021/jm300917h

  日期：2012.9.27

  Histone3-lysine79 (H3K79) methyltransferase DOT1L has been found to be a drug target for acute leukemia with MLL (mixed lineage leukemia) gene translocations. A total of 55 adenosine-containing compounds were designed and synthesized, among which several potent DOT1L inhibitors were identified with Ki values as low as 0.5 nM. These compounds also show high selectivity (>4500-fold) over three other histone methyltransferases

  组蛋白 3-赖氨酸 79 (H3K79) 甲基转移酶 DOT1L 已被发现是具有 MLL（混合谱系白血病）基因易位的急性白血病的药物靶点。总共设计和合成了 55 种含腺苷的化合物，其中鉴定了几种有效的 DOT1L 抑制剂，K i值低至 0.5 nM。与其他三种组蛋白甲基转移酶相比，这些化合物还显示出高选择性（> 4500 倍）。讨论了这些化合物对 DOT1L 的抑制活性的构效关系 (SAR)。强效 DOT1L 抑制剂对 MLL 易位白血病细胞系 MV4;11 和 THP1 的增殖具有选择性活性，EC 504–11 μM 的值。等温滴定量热研究表明，两种代表性抑制剂以高亲和力与 DOT1L:核小体复合物结合，仅与酶辅因子 SAM（S-腺苷-1-甲硫氨酸）竞争，而不与底物核小体竞争。
• Inhibitors of DNA Methyltransferase
  申请人：Wahhab Amal

  公开号：US20080132525A1

  公开（公告）日：2008-06-05

  The invention relates to the inhibition of DNA methyltransferase isoforms DNMT1 and DNMT3b2. The invention provides compounds and methods for inhibiting DNMT1 and DNMT3b2.

  这项发明涉及抑制DNA甲基转移酶亚型DNMT1和DNMT3b2。该发明提供了用于抑制DNMT1和DNMT3b2的化合物和方法。
• SAH derived potent and selective EZH2 inhibitors
  作者：Pei-Pei Kung、Buwen Huang、Luke Zehnder、John Tatlock、Patrick Bingham、Cody Krivacic、Ketan Gajiwala、Wade Diehl、Xiu Yu、Karen A. Maegley

  DOI：10.1016/j.bmcl.2015.02.017

  日期：2015.4

  the histone methyltransferase (HMT) inhibitor SAH (S-adenosyl-l-homocysteine). These nucleoside-based EZH2 inhibitors blocked the methylation of nucleosomes at H3K27 in biochemical assays employing both WT PRC2 complex as well as a Y641N mutant PRC2 complex. The most potent compound, 27, displayed IC50’s against both complexes of 270 nM and 70 nM, respectively. To our knowledge, compound 27 is the most

  基于组蛋白甲基转移酶（HMT）抑制剂SAH（S-腺苷-1-同型半胱氨酸）的化学结构，设计了一系列新型的zeste同源物2（EZH2）抑制剂增强剂。这些基于核苷的EZH2抑制剂在同时使用WT PRC2复合物和Y641N突变体PRC2复合物的生化分析中阻止了H3K27处核小体的甲基化。最有效的化合物27对两种复合物分别显示270 nM和70 nM的IC 50值。据我们所知，化合物27是尚未发现的最有效的SAH衍生的EZH2 PRC2复合物的抑制剂。与SAH相比，该化合物还显示出更高的效价，亲脂效率（LipE）和对其他赖氨酸甲基转移酶的选择性。
• Synthesis and biochemical properties of chemically stable product analogs of the reaction catalyzed by S-adenosyl-L-methionine decarboxylase
  作者：Michael Kolb、Charles Danzin、Jacqueline Barth、Nicole Claverie

  DOI：10.1021/jm00347a014

  日期：1982.5

  Structural analogues of decarboxylated S-adenosyl-L-methionine (dc-SAM), product of the reaction catalyzed by S-adenosyl-L-methionine decarboxylase (SAM-DC), with modifications in the side-chain portion of the molecule have been synthesized, and their ability to inhibit SAM-DC has been investigated. Mainly, compounds with a nitrogen atom in place of the sulfur were investigated. The data from these

  脱羧化S-腺苷-L-蛋氨酸（dc-SAM）的结构类似物，它是由S-腺苷-L-蛋氨酸脱羧酶（SAM-DC）催化的反应产物，在分子的侧链部分有修饰合成，并研究了其抑制SAM-DC的能力。主要研究了用氮原子代替硫的化合物。这些抑制研究的数据导致了对结合到SAM-DC上所需的结构特征的描绘。结论是，末端伯氨基，末端羧基和the官能度对于在SAM-DC上结合不是必需的。还发现dc-SAM的类似物仍能与该酶形成偶氮甲碱，其中用氮代替硫是唯一的修饰。
• Synthetic Decarboxylated S-Adenosyl-L-methionine as a Substrate for Aminopropyl Transferases
  作者：Hideki Dejima、Masaki Kobayashi、Hideki Takasaki、Noboru Takeda、Akira Shirahata、Keijiro Samejima

  DOI：10.1248/bpb.26.1005

  日期：——

  Synthetic decarboxylated S-adenosyl-L-methionine (dcAdoMet), a mixture of the absolute configuration of S and R at the sulfonium center, was evaluated as a substrate for the measurement of spermidine synthase activity. The diastereomers were separated by HPLC with an isocratic elution, and the constant for racemization at the sulfur was determined to be 2.4x10(-6) s(-1) at 37 degrees C and pH 1.5 for

  合成的脱羧S-腺苷-L-甲硫氨酸（dcAdoMet）是在and中心的S和R的绝对构型的混合物，被评估为用于测量亚精胺合酶活性的底物。用等度洗脱通过HPLC分离非对映异构体，对于37°C和pH 1.5的第一个洗脱的生物活性异构体，硫在外消旋化的常数确定为2.4x10（-6）s（-1）（ S-dcAdoMet）和2.0x10（-6）s（-1）用于第二次洗脱的生物惰性异构体（R-dcAdoMet）。HPLC中S-dcAdoMet与R-dcAdoMet的峰面积比为48:52，支持不同的消旋常数。酶亚精胺合成证明了dcAdoMet与S-dcAdoMet具有相似的底物活性。