3,N(4)-乙烯桥脱氧胞苷 | 68498-26-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 中文名称: 3,N(4)-乙烯桥脱氧胞苷
• 英文名称: 3,N⁴-etheno-2′-deoxycytidine
• 英文别名: 5,6-dihydro-5-oxo-6-(β-D-2′-deoxyribofuranosyl)imidazo[1,2-c]pyrimidine；3,N(4)-Ethenodeoxycytidine；6-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]imidazo[1,2-c]pyrimidin-5-one
• CAS: 68498-26-0
• 化学式: C₁₁H₁₃N₃O₄
• 分子量: 251.242
• InChiKey: UFLBVEMEAYZXKY-QXFUBDJGSA-N

物化性质

• 熔点：
  135-136°C
• 溶解度：
  DMSO（少许）、甲醇（少许）、水（少许）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.5
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  87.8
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3,N(4)-乙烯桥脱氧胞苷 在 三乙胺 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 3'-O-[(Diisopropylamino)(2-cyanoethoxy)phosphino]-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3,N⁴-etheno-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  2'-脱氧胞嘧啶核苷的3，N4-乙烯基，3，N4-乙基和3-（2-羟乙基）衍生物的合成及其掺入寡聚DNA。

  摘要：

  2'-脱氧胞苷的3，N4-乙醇，3，N4-乙醇和3-（2-羟乙基）衍生物出现在哺乳动物DNA中，该DNA暴露于氯乙烯或抗肿瘤药物双（氯乙基）的代谢产物中亚硝基脲。这些化学相关的加合物被认为与诱变和致癌作用有关。在本文中，我们报告了这些脱氧核苷的可靠合成方法，并使用自动化方法通过亚磷酰胺途径将后者并入寡聚脱氧核苷酸中。发现3-（2-羟乙基）-2′-脱氧胞苷在水溶液中不稳定并且经历自动诱导的水解成3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷。发现该水解速率是pH依赖性的，其最大pH约为8，半衰期约为5小时。在较高或较低的酸度下，反应速率下降，表明该过程涉及一般的酸碱催化。因此，在这种情况下，获得具有3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷残基而不是胞苷类似物的低聚物。前者很可能代表生理条件下DNA中寿命更长的物种。含有这些化学损伤的代表性低聚物通过质谱和酶促降解方法进行了分析，以确认其结构。

  DOI：

  10.1021/tx00043a020
• 作为产物：
  描述：

  氯乙醛 、 2'-脱氧胞苷盐酸盐 在 氢氧化钾 、 potassium dihydrogenphosphate 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 48.0h， 以81%的产率得到3,N(4)-乙烯桥脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  2'-脱氧胞嘧啶核苷的3，N4-乙烯基，3，N4-乙基和3-（2-羟乙基）衍生物的合成及其掺入寡聚DNA。

  摘要：

  2'-脱氧胞苷的3，N4-乙醇，3，N4-乙醇和3-（2-羟乙基）衍生物出现在哺乳动物DNA中，该DNA暴露于氯乙烯或抗肿瘤药物双（氯乙基）的代谢产物中亚硝基脲。这些化学相关的加合物被认为与诱变和致癌作用有关。在本文中，我们报告了这些脱氧核苷的可靠合成方法，并使用自动化方法通过亚磷酰胺途径将后者并入寡聚脱氧核苷酸中。发现3-（2-羟乙基）-2′-脱氧胞苷在水溶液中不稳定并且经历自动诱导的水解成3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷。发现该水解速率是pH依赖性的，其最大pH约为8，半衰期约为5小时。在较高或较低的酸度下，反应速率下降，表明该过程涉及一般的酸碱催化。因此，在这种情况下，获得具有3-（2-羟乙基）-2′-脱氧尿苷残基而不是胞苷类似物的低聚物。前者很可能代表生理条件下DNA中寿命更长的物种。含有这些化学损伤的代表性低聚物通过质谱和酶促降解方法进行了分析，以确认其结构。

  DOI：

  10.1021/tx00043a020
• 作为试剂：
  描述：

  2'-脱氧胞嘧啶核苷 、 、 氯乙醛 在 3,N(4)-乙烯桥脱氧胞苷 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 1.0h， 以to yield 3,N4 -ethenodeoxycytidine的产率得到3,N(4)-乙烯桥脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  US06132776

  摘要：

  公开号：

文献信息

• An aza-nucleoside, fragment-like inhibitor of the DNA repair enzyme alkyladenine glycosylase (AAG)
  作者：Eduard Mas Claret、Balqees Al Yahyaei、Shuyu Chu、Ruan M. Elliott、Manuel Imperato、Arnaud Lopez、Lisiane B. Meira、Brendan J. Howlin、Daniel K. Whelligan

  DOI：10.1016/j.bmc.2020.115507

  日期：2020.6

  The DNA repair enzyme AAG has been shown in mice to promote tissue necrosis in response to ischaemic reperfusion or treatment with alkylating agents. A chemical probe inhibitor is required for investigations of the biological mechanism causing this phenomenon and as a lead for drugs that are potentially protective against tissue damage from organ failure and transplantation, and alkylative chemotherapy

  DNA修复酶AAG已在小鼠中显示出响应于缺血性再灌注或用烷基化剂治疗而促进组织坏死。对于引起这种现象的生物学机制的研究，化学抑制剂是必需的，并且它是潜在保护器官免受器官衰竭和移植以及烷基化化学疗法伤害的药物的先导。在本文中，我们描述了选择芳基甲基吡咯烷酮作为抑制剂的合适氮杂核苷模拟物背后的原理，然后合成了它们，并首次使用了基于微孔板的测定方法来量化其对AAG的抑制作用。我们最后报告了咪唑-4-基甲基吡咯烷作为片段大小的AAG弱抑制剂的发现。
• Addition of Deoxyribose to Guanine and Modified DNA Bases by <i>Lactobacillus helveticus</i> <i>trans</i>-<i>N</i>-Deoxyribosylase
  作者：Michael Müller、Linda K. Hutchinson、F. Peter Guengerich

  DOI：10.1021/tx9600661

  日期：1996.1.1

  trans-N-deoxyribosylase was evaluated as an alternative method for deoxyribosylation in the synthesis of deoxyribonucleosides containing potentially mutagenic adducts. A crude enzyme preparation was isolated from Lactobacillus helveticus and compared to Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase. trans-N-deoxyribosylase was more regioselective than purine nucleoside phosphorylase in the deoxyribosylation of

  细菌反式-N-脱氧核糖基化酶的使用已被评估为合成含潜在诱变加合物的脱氧核糖核苷的一种替代方法。从瑞士乳杆菌中分离出粗制酶制剂，并将其与大肠杆菌嘌呤核苷磷酸化酶进行比较。如产物的NMR分析所示，与N7相比，在N9原子处的Gua的脱氧核糖基化中，反式N-脱氧核糖基化酶比嘌呤核苷磷酸化酶具有更高的区域选择性。5,6,7,9-四氢-7-乙酰氧基-9-氧代咪唑并[1,2-a]嘌呤可被反式-N-脱氧核糖基化酶有效地脱氧核糖基化，而根本不被嘌呤核苷磷酸化酶完全脱氧。反式-N-脱氧核糖基化酶的其他底物是N2-（2-氧乙基）Gua，嘧啶并[1,2-a]嘌呤-10（3H）-one，1，N2-ε-Gua，N2,3-ε-Gua ，3，N4-ε-Cyt，1，N6-ε-Ade，C8-甲基瓜瓜和C8-氨基瓜瓜，其中大多数以良好的收率得到了所需的异构体（与瓜9中的N9对应的氮键）。N7-烷基嘌呤和C8-（芳基氨基）取代的
• Methods of screening for nucleoside analogs that are incorporated by HIV
  申请人：Darwin Molecular Corporation

  公开号：US05512431A1

  公开（公告）日：1996-04-30

  Methods and compositions related to HIV are disclosed. Using the methods of the present invention, nucleoside analogs may be screened for the ability to be incorporated by reverse transcriptase of human immunodeficiency virus ("HIV RT") and cause incorrect base pairing. Progressive mutation of the virus by such nucleoside analogs renders it non-viable.

  本发明揭示了与HIV相关的方法和组合物。使用本发明的方法，可以筛选核苷类似物，以确定其是否能够被人类免疫缺陷病毒（“HIV RT”）的反转录酶所合并，并引起不正确的碱基配对。通过这些核苷类似物对病毒的逐步突变使其无法生存。
• Synthesis of 8-(Hydroxymethyl)-3,<i>N</i>⁴-etheno-2‘-deoxycytidine, a Potential Carcinogenic Glycidaldehyde Adduct, and Its Site-Specific Incorporation into DNA Oligonucleotides
  作者：Ahmed Chenna、Alex Perry、B. Singer

  DOI：10.1021/tx990181m

  日期：2000.3.1

  The previously unreported glycidaldehyde adduct, 8-(hydroxymethyl)-3,N-4-etheno-2'-deoxycytidine (8-HM-epsilon dC), has been synthesized for the first time by reaction of 2'-deoxycytidine with bromoacetaldehyde at pH 4.5, followed by reduction with sodium borohydride. The adduct was characterized by UV, MS, and NMR. The compound was stable to neutral and acidic conditions but not in alkaline solution. The corresponding phosphoramidite was synthesized in good yield from the intermediate, 3,N-4-ethenocarbaldehyde-2'-deoxycytidine using the standard methodology and site-specifically incorporated in both 15- and 25-mer oligonucleotides, for studies on biochemical and biophysical properties. The resulting oligonucleotides were purified using HPLC, and the base composition was verified by HPLC after enzymatic digestion.
• BARBATO, STEFANIA;PICCIALLI, GENNARO;SANTACROCE, CIRO;DE, NAPOLI LORENZO;+, NUCLEOSIDES AND NUCLEOTIDES, 10,(1991) N, C. 867-882
  作者：BARBATO, STEFANIA、PICCIALLI, GENNARO、SANTACROCE, CIRO、DE, NAPOLI LORENZO、+

  DOI：——

  日期：——