5'-O-hex-5-ynoylzebularine | 1315330-25-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-hex-5-ynoylzebularine
• 英文别名: [(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-(2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hex-5-ynoate
• CAS: 1315330-25-6
• 化学式: C₁₅H₁₈N₂O₆
• 分子量: 322.318
• InChiKey: YAZRNOGBTMQAEI-FMKGYKFTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  109
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  四乙酰核糖 在 甲醇 、 ammonium sulfate 、 氨 、 1-羟基苯并三唑 、 六甲基二硅氮烷 、 N,N'-二异丙基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 36.5h， 生成 5'-O-hex-5-ynoylzebularine
  参考文献：
  名称：

  α-吡喃酮和嘧啶酮作为基于亲和力的蛋白质谱分析的光亲和探针的评价

  摘要：

  α-吡喃酮和嘧啶酮是天然产物和生物活性化合物中常见的结构基序。它们还显示出产生高能中间体的光化学，该中间体可能具有蛋白质反应性。合成了吡喃酮和嘧啶酮的文库，并评估了它们在几种粗细胞裂解物中用作基于非定向亲和力的蛋白质谱分析的光亲和探针的潜力。进一步的“原理证明”实验表明，适当支架上的嘧啶酮标签具有与二苯甲酮同样的蛋白质组标记能力。

  DOI：

  10.1021/jo201281c

文献信息

• NUCLEIC ACID-BINDING PHOTOPROBES AND USES THEREOF
  申请人：Arrakis Therapeutics, Inc.

  公开号：US20190270723A1

  公开（公告）日：2019-09-05

  The present invention relates to photoactivatable compounds and methods of use thereof for determining binding site and other structural information about RNA transcripts. The invention also provides methods of identifying RNA transcripts that bind compounds and are thus druggable, methods of screening drug candidates, and methods of determining drug binding sites and/or accessible or reactive sites on a target RNA.
• Evaluation of α-Pyrones and Pyrimidones as Photoaffinity Probes for Affinity-Based Protein Profiling
  作者：Oliver A. Battenberg、Matthew B. Nodwell、Stephan A. Sieber

  DOI：10.1021/jo201281c

  日期：2011.8.5

  of pyrones and pyrimidones was synthesized, and their potential to act as photoaffinity probes for nondirected affinity-based protein profiling in several crude cell lysates was evaluated. Further “proof-of-principle” experiments demonstrate that a pyrimidone tag on an appropriate scaffold is equally capable of proteome labeling as a benzophenone.

  α-吡喃酮和嘧啶酮是天然产物和生物活性化合物中常见的结构基序。它们还显示出产生高能中间体的光化学，该中间体可能具有蛋白质反应性。合成了吡喃酮和嘧啶酮的文库，并评估了它们在几种粗细胞裂解物中用作基于非定向亲和力的蛋白质谱分析的光亲和探针的潜力。进一步的“原理证明”实验表明，适当支架上的嘧啶酮标签具有与二苯甲酮同样的蛋白质组标记能力。