(R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-N-(3-oxo-3-(prop-2-yn-1-ylamino)propyl)butanamide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-N-(3-oxo-3-(prop-2-yn-1-ylamino)propyl)butanamide
• 英文别名: (2R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-N-[3-oxo-3-(prop-2-ynylamino)propyl]butanamide
• 化学式: C₁₂H₂₀N₂O₄
• 分子量: 256.302
• InChiKey: SAKNTPDHEDSZME-JTQLQIEISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  0.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  98.7
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-N-(3-oxo-3-(prop-2-yn-1-ylamino)propyl)butanamide 在 pantetheinase 、 水 作用下， 生成 D-泛酸
  参考文献：
  名称：

  哺乳动物细胞中蛋白质4'-磷酸泛素化的化学蛋白质组分析。

  摘要：

  在原核生物和真核生物中，蛋白质4'-磷酸泛锡基化是必不可少的翻译后修饰（PTM）。到目前为止，在哺乳动物细胞中仅发现了该特定PTM的五个蛋白质底物。已知这些蛋白质具有重要功能，包括脂肪酸生物合成和叶酸代谢以及β-丙氨酸激活。为了探索哺乳动物蛋白质组中现有的和新的4'-磷酸泛素化底物，我们设计并合成了一系列新的泛素类似物探针，可对HepG2细胞中的4'-磷酸泛素化蛋白进行有效的代谢标记。结合定量化学蛋白质组学平台，我们以高可信度丰富并鉴定了所有目前已知的所有4'-磷酸泛素化蛋白，并明确确定其确切的修饰位点。更令人鼓舞的是，我们使用靶向化学蛋白质组学在线粒体脱氢酶/还原酶SDR家族成员2（DHRS2）的蛋白质中发现了一个潜在的4'-磷酸泛锡基化位点。

  DOI：

  10.1002/anie.202004105
• 作为产物：
  描述：

  tert-butyl 3-oxo-3-(prop-2-ynylamino)propylcarbamate 在 三乙胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 26.0h， 生成 (R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-N-(3-oxo-3-(prop-2-yn-1-ylamino)propyl)butanamide
  参考文献：
  名称：

  哺乳动物细胞中蛋白质4'-磷酸泛素化的化学蛋白质组分析。

  摘要：

  在原核生物和真核生物中，蛋白质4'-磷酸泛锡基化是必不可少的翻译后修饰（PTM）。到目前为止，在哺乳动物细胞中仅发现了该特定PTM的五个蛋白质底物。已知这些蛋白质具有重要功能，包括脂肪酸生物合成和叶酸代谢以及β-丙氨酸激活。为了探索哺乳动物蛋白质组中现有的和新的4'-磷酸泛素化底物，我们设计并合成了一系列新的泛素类似物探针，可对HepG2细胞中的4'-磷酸泛素化蛋白进行有效的代谢标记。结合定量化学蛋白质组学平台，我们以高可信度丰富并鉴定了所有目前已知的所有4'-磷酸泛素化蛋白，并明确确定其确切的修饰位点。更令人鼓舞的是，我们使用靶向化学蛋白质组学在线粒体脱氢酶/还原酶SDR家族成员2（DHRS2）的蛋白质中发现了一个潜在的4'-磷酸泛锡基化位点。

  DOI：

  10.1002/anie.202004105

文献信息

• Synthesis and Evaluation of Bioorthogonal Pantetheine Analogues for in Vivo Protein Modification
  作者：Jordan L. Meier、Andrew C. Mercer、Heriberto Rivera、Michael D. Burkart

  DOI：10.1021/ja063217n

  日期：2006.9.1

  target for the site-specific modification of fusion systems and new approaches to natural product proteomics. A detailed study of pantetheine analogues was performed in order to identify suitable partners for covalent protein labeling inside living cells. A rapid synthesis of pantothenamide analogues was developed and used to produce a panel which was evaluated for in vitro and in vivo protein labeling

  体内载体蛋白标记最近已成为融合系统的位点特异性修饰和天然产物蛋白质组学新方法的一个有吸引力的目标。对泛酰巯基乙胺类似物进行了详细研究，以确定活细胞内共价蛋白标记的合适伙伴。开发了泛酰胺类似物的快速合成，并用于生产用于体外和体内蛋白质标记评估的面板。动力学比较允许构建结构-活性关系，以查明载体蛋白标记选择的接头、染料和生物正交报告基因。最后，生物正交泛酰巯基乙胺类似物在体内以高特异性靶向载体蛋白，并在粗细胞裂解物中与报告分子进行化学选择性连接。
• Antibiotic evaluation and in vivo analysis of alkynyl Coenzyme A antimetabolites in Escherichia coli
  作者：Andrew C. Mercer、Jordan L. Meier、Gene H. Hur、Andrew R. Smith、Michael D. Burkart

  DOI：10.1016/j.bmcl.2008.07.078

  日期：2008.11

  of much study as potential inhibitors of CoA and carrier protein dependent biosynthetic pathways. Based on an initial observation of growth inhibition in Escherichia coli by 3, we have synthesized a small panel of pantetheine analogues and re-examined the inhibitory properties of this class of antibiotics with an emphasis on understanding the ability of these compounds to act as substrates of native

  泛酰胺作为 CoA 和载体蛋白依赖性生物合成途径的潜在抑制剂已成为许多研究的主题。基于 3 对大肠杆菌生长抑制的初步观察，我们合成了一小部分泛酰巯基乙胺类似物，并重新检查了此类抗生素的抑制特性，重点是了解这些化合物作为底物的能力利用生物合成途径的天然 CoA 和载体蛋白。我们的研究结果表明，二级结构-活性关系是这些化合物抗生素活性的重要因素。
• Metabolic delivery of coenzyme A analogs
  申请人：Burkart D. Michael

  公开号：US20070128683A1

  公开（公告）日：2007-06-07

  Methods to generate analogs of coenzyme A in vitro and in vivo are disclosed. The methods comprise reacting pantetheine or a derivative thereof with a reporter to form labeled pantetheine or a derivative thereof, phosphorylating the labeled pantetheine or derivative thereof to form phosphopantetheine or a derivative thereof, adenylating the labeled phosphopantetheine or derivative thereof to form a labeled dephosphoCoenzyme A or derivative thereof, and phosphorylating the 3′-hydrozyl of the labeled dephosphoCoenzume A or derivative thereof to form a labeled coenzyme A analog or derivative thereof.

  本发明公开了在体内外生成辅酶A类似物的方法。该方法包括将泛酰胺或其衍生物与报告物反应以形成标记的泛酰胺或其衍生物，将标记的泛酰胺或其衍生物磷酸化以形成磷酸泛酰胺或其衍生物，将标记的磷酸泛酰胺或其衍生物腺苷化以形成标记的脱磷酸辅酶A或其衍生物，以及将标记的脱磷酸辅酶A或其衍生物的3'-羟基磷酸化以形成标记的辅酶A类似物或其衍生物。
• US7727738B2
  申请人：——

  公开号：US7727738B2

  公开（公告）日：2010-06-01
• Chemical Proteomic Profiling of Protein 4′‐Phosphopantetheinylation in Mammalian Cells
  作者：Nan Chen、Yuan Liu、Yuanpei Li、Chu Wang

  DOI：10.1002/anie.202004105

  日期：2020.9.7

  ted proteins in HepG2 cells. In combination with a quantitative chemical proteomic platform, we enriched and identified all the currently known 4′‐phosphopantetheinylated proteins with high confidence, and unambiguously determined their exact sites of modification. More encouragingly, we discovered, using targeted chemical proteomics, a potential 4′‐phosphopantetheinylation site in the protein of mitochondrial

  在原核生物和真核生物中，蛋白质4'-磷酸泛锡基化是必不可少的翻译后修饰（PTM）。到目前为止，在哺乳动物细胞中仅发现了该特定PTM的五个蛋白质底物。已知这些蛋白质具有重要功能，包括脂肪酸生物合成和叶酸代谢以及β-丙氨酸激活。为了探索哺乳动物蛋白质组中现有的和新的4'-磷酸泛素化底物，我们设计并合成了一系列新的泛素类似物探针，可对HepG2细胞中的4'-磷酸泛素化蛋白进行有效的代谢标记。结合定量化学蛋白质组学平台，我们以高可信度丰富并鉴定了所有目前已知的所有4'-磷酸泛素化蛋白，并明确确定其确切的修饰位点。更令人鼓舞的是，我们使用靶向化学蛋白质组学在线粒体脱氢酶/还原酶SDR家族成员2（DHRS2）的蛋白质中发现了一个潜在的4'-磷酸泛锡基化位点。