uridilyl-(3'<*>5')uridine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: uridilyl-(3'<*>5')uridine
• 英文别名: uridylyl(3'->5')uridine；Uridylyl-(3'->5')uridin；Uridylyl-(3'-5')-uridin；rUrd-uridyl；1-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]oxymethyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₁₈H₂₂N₄O₁₁
• 分子量: 470.393
• InChiKey: KAQIBCFYPRQVOL-NCOIDOBVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.4
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  207
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  uridilyl-(3'<*>5')uridine 在 dinuclear Zn 、 HEPES buffer 作用下， 生成 尿嘧啶核苷
  参考文献：
  名称：

  双核锌配合物促进二核苷酸水解-配合物中锌离子之间的距离对水解速率的影响

  摘要：

  检查了由一系列具有不同间距的锌离子结合位点的配体产生的双核锌复合物促进的 RNA 二聚体尿苷基 (3'5') 尿苷 (UpU) 的水解速率。尽管本研究中的配体有两个共同的二-2-吡啶基甲基氨基部分作为锌结合位点，但这些配体对水解的活性却大不相同。我们的研究结果表明，金属离子配位点之间的距离是双核配合物内在活性的重要因素。

  DOI：

  10.1002/1099-0682(200109)2001:9<2437::aid-ejic2437>3.0.co;2-5

文献信息

• Oxidation of Nucleic Acid Related Compounds by the Peroxodisulfate Ion
  作者：Toshio Itahara、Takashi Yoshitake、Sunao Koga、Akihiro Nishino

  DOI：10.1246/bcsj.67.2257

  日期：1994.8

  peroxodisulfate ion in a phosphate buffer solution at pH 7.0 or water at 70—75 °C was investigated. The reaction of thymine and 5-methylcytosine nucleosides and nucleotides resulted in the oxidation of the 5-methyl groups. The oxidation products from 1,3-dimethyluracils and the time-course of the reaction of uracils led to two plausible reaction mechanisms for the oxidation of uracils.

  研究了在 pH 7.0 的磷酸盐缓冲溶液或 70-75 °C 的水中用过二硫酸根离子处理核酸碱基、核苷和核苷酸。胸腺嘧啶和 5-甲基胞嘧啶核苷和核苷酸的反应导致 5-甲基基团的氧化。1,3-二甲基尿嘧啶的氧化产物和尿嘧啶反应的时间进程导致了两种可能的尿嘧啶氧化反应机制。
• Dinucleotide Hydrolysis Promoted by Dinuclear Zn Complexes − The Effect of the Distance between Zn Ions in the Complexes on the Hydrolysis Rate
  作者：Shun-ichi Kawahara、Tadafumi Uchimaru

  DOI：10.1002/1099-0682(200109)2001:9<2437::aid-ejic2437>3.0.co;2-5

  日期：2001.9

  The rate of hydrolysis of an RNA dimer, uridylyl(3′5′)uridine (UpU), promoted by dinuclear Zn complexes resulting from a series of ligands with differently spaced Zn ion binding sites, was examined. Although the ligands in the present study have in common two di-2-pyridylmethylamino moieties as the Zn binding sites, the activities of these ligands toward the hydrolysis were quite different. Our results

  检查了由一系列具有不同间距的锌离子结合位点的配体产生的双核锌复合物促进的 RNA 二聚体尿苷基 (3'5') 尿苷 (UpU) 的水解速率。尽管本研究中的配体有两个共同的二-2-吡啶基甲基氨基部分作为锌结合位点，但这些配体对水解的活性却大不相同。我们的研究结果表明，金属离子配位点之间的距离是双核配合物内在活性的重要因素。