5-trifluoromethylcytosine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5-trifluoromethylcytosine
• 英文别名: 5-(Trifluoromethyl)-cytosine；6-amino-5-(trifluoromethyl)-1H-pyrimidin-2-one
• 化学式: C₅H₄F₃N₃O
• 分子量: 179.101
• InChiKey: OHILKUISCGPRMQ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  12
• 可旋转键数：
  0
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.2
• 拓扑面积：
  67.5
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-trifluoromethylcytosine 、 苯硼酸 在 四甲基乙二胺 、 copper diacetate 作用下， 以 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 4.0h， 以25%的产率得到4-amino-1-phenyl-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2(1H)-one
  参考文献：
  名称：

  基于胞嘧啶的TET酶抑制剂。

  摘要：

  DNA甲基化因其在调节局部基因转录中的关键作用而被称为prima donna后生标记。整个基因组中DNA甲基化景观的变化发生在细胞转变过程中，例如分化和神经元可塑性改变，并在疾病状态（例如癌症）中失调。已知TET酶家族负责催化反向过程，该过程是通过识别5-甲基胞嘧啶并通过Fe（II）/α-酮戊二酸依赖性机制氧化甲基来进行的DNA去甲基化。在这里，我们描述了新型基于胞嘧啶的TET酶抑制剂的设计，合成和评估，这是一类先前尚未开发但在表观遗传学领域中广泛需要的小分子探针。我们确定了一种有前途的基于胞嘧啶的先导化合物Bobcat339，对TET1和TET2具有中等μM的抑制活性，但不抑制DNA甲基转移酶DNMT3a。TET酶活性位点的计算机模拟用于合理化Bobcat339和其他基于胞嘧啶的抑制剂的活性。这些新的分子工具将对表观遗传学领域有用，并成为针对DNA甲基化和基因转录的新疗法的起点。

  DOI：

  10.1021/acsmedchemlett.8b00474
• 作为产物：
  描述：

  三氟碘甲烷 、 胞嘧啶 在 硫酸 、 双氧水 、 iron(II) sulfate 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 2.0h， 以36%的产率得到5-trifluoromethylcytosine
  参考文献：
  名称：

  基于胞嘧啶的TET酶抑制剂。

  摘要：

  DNA甲基化因其在调节局部基因转录中的关键作用而被称为prima donna后生标记。整个基因组中DNA甲基化景观的变化发生在细胞转变过程中，例如分化和神经元可塑性改变，并在疾病状态（例如癌症）中失调。已知TET酶家族负责催化反向过程，该过程是通过识别5-甲基胞嘧啶并通过Fe（II）/α-酮戊二酸依赖性机制氧化甲基来进行的DNA去甲基化。在这里，我们描述了新型基于胞嘧啶的TET酶抑制剂的设计，合成和评估，这是一类先前尚未开发但在表观遗传学领域中广泛需要的小分子探针。我们确定了一种有前途的基于胞嘧啶的先导化合物Bobcat339，对TET1和TET2具有中等μM的抑制活性，但不抑制DNA甲基转移酶DNMT3a。TET酶活性位点的计算机模拟用于合理化Bobcat339和其他基于胞嘧啶的抑制剂的活性。这些新的分子工具将对表观遗传学领域有用，并成为针对DNA甲基化和基因转录的新疗法的起点。

  DOI：

  10.1021/acsmedchemlett.8b00474

文献信息

• CYTOSINE-BASED TET ENZYME INHIBITORS
  申请人：President and Trustees of Bates College

  公开号：US20200316069A1

  公开（公告）日：2020-10-08

  Provided herein, in some embodiments, are cytosine analogs, compositions comprising cytosine analogs, and methods of use for inhibiting a Ten-eleven translocation (TET) enzyme.

  以下是一些实施例：胞嘧啶类似物、包含胞嘧啶类似物的组合物，以及用于抑制十一转位（TET）酶的方法。
• Nucleobase Having Perfluoroalkyl Group and Process for Producing the Same
  申请人：Yamakawa Tetsu

  公开号：US20090124796A1

  公开（公告）日：2009-05-14

  Provided is a simple and efficient production process of a nucleobase having a perfluoroalkyl group. A nucleobase (for example, uracils, cytosines, adenines, guanines, hypoxanthines, xanthines, or the like) is reacted with a perfluoroalkyl halide in the presence of a sulfoxide, a peroxide and an iron compound to produce a perfluoroalkyl-substituted nucleobase, which is useful as an intermediate for medical drugs, economically.

  提供一种具有全氟烷基的核碱的简单高效的生产工艺。将核碱（例如尿嘧啶、胞嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤等）与全氟烷基卤化物在亚砜、过氧化物和铁化合物的存在下反应，制得全氟烷基取代的核碱，该中间体在医药制剂中具有经济价值。
• Nucleobase having perfluoroalkyl group and process for producing the same
  申请人：Tosoh Corporation

  公开号：US07884202B2

  公开（公告）日：2011-02-08

  Nucleobases are perfluoroalkylated in a one step process with a perfluoroalkyl halide in the presence of a sulfoxide, a peroxide and an iron compound. Compounds so produced are useful as medicinal drugs, intermediates for medicinal drugs and agricultural chemicals.

  核碱基可以在有亚砜、过氧化物和铁化合物的存在下，通过一步法与全氟烷基卤化物进行全氟烷基化。这样产生的化合物可用作药物、药物中间体和农药。
• [EN] CYTOSINE-BASED TET ENZYME INHIBITORS<br/>[FR] INHIBITEURS D'ENZYME TET À BASE DE CYTOSINE
  申请人：PRESIDENT AND TRUSTEES OF BATES COLLEGE

  公开号：WO2020197541A8

  公开（公告）日：2020-11-19
• Cytosine-Based TET Enzyme Inhibitors
  作者：Gabriella N. L. Chua、Kelly L. Wassarman、Haoyu Sun、Joseph A. Alp、Emma I. Jarczyk、Nathanael J. Kuzio、Michael J. Bennett、Beth G. Malachowsky、Martin Kruse、Andrew J. Kennedy

  DOI：10.1021/acsmedchemlett.8b00474

  日期：2019.2.14

  field of epigenetics. We identify a promising cytosine-based lead compound, Bobcat339, that has mid-μM inhibitor activity against TET1 and TET2, but does not inhibit the DNA methyltransferase, DNMT3a. In silico modeling of the TET enzyme active site is used to rationalize the activity of Bobcat339 and other cytosine-based inhibitors. These new molecular tools will be useful to the field of epigenetics and

  DNA甲基化因其在调节局部基因转录中的关键作用而被称为prima donna后生标记。整个基因组中DNA甲基化景观的变化发生在细胞转变过程中，例如分化和神经元可塑性改变，并在疾病状态（例如癌症）中失调。已知TET酶家族负责催化反向过程，该过程是通过识别5-甲基胞嘧啶并通过Fe（II）/α-酮戊二酸依赖性机制氧化甲基来进行的DNA去甲基化。在这里，我们描述了新型基于胞嘧啶的TET酶抑制剂的设计，合成和评估，这是一类先前尚未开发但在表观遗传学领域中广泛需要的小分子探针。我们确定了一种有前途的基于胞嘧啶的先导化合物Bobcat339，对TET1和TET2具有中等μM的抑制活性，但不抑制DNA甲基转移酶DNMT3a。TET酶活性位点的计算机模拟用于合理化Bobcat339和其他基于胞嘧啶的抑制剂的活性。这些新的分子工具将对表观遗传学领域有用，并成为针对DNA甲基化和基因转录的新疗法的起点。