cytidine 5'-phosphate, P'-5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-α-L-manno-2-nonulopyranosonic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: cytidine 5'-phosphate, P'-5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-α-L-manno-2-nonulopyranosonic acid
• 英文别名: cytidine-5'-monophospho-5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-α-L-manno-2-nonulopyranosonic acid；cytidine 5'-monophospho-N-acetyl-3-fluoro-neuraminic acid；Cytidine-5'-monophosphate-3-fluoro-N-acetyl-neuraminic acid；(2S,3R,4R,5R,6R)-5-acetamido-2-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-3-fluoro-4-hydroxy-6-[(1R,2R)-1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
• 化学式: C₂₀H₃₀FN₄O₁₆P
• 分子量: 632.448
• InChiKey: HNJLGUNKGJTPBF-JTKQZVQZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.7
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.7
• 拓扑面积：
  321
• 氢给体数：
  10
• 氢受体数：
  17

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  N-acetyl-D-mannosamine 在 pyrophosphatase CMP-Neu₅Ac synthetase 、 transaldolase 、 三羟甲基氨基甲烷盐酸盐 、 magnesium chloride 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 10.0h， 生成 cytidine 5'-phosphate, P'-5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-α-L-manno-2-nonulopyranosonic acid
  参考文献：
  名称：

  The synthesis of some mechanistic probes for sialic acid processing enzymes and the labeling of a sialidase from Trypanosoma rangeli

  摘要：

  唾液酸水解酶、转唾液酶和唾液酸转移酶是生物学上重要的酶，负责将唾液酸残基纳入或去除许多细胞表面糖蛋白中。已合成两种氟代唾液酸衍生物作为机理基础失活剂，以探究唾液酸水解酶和转唾液酶的催化机制。这两种化合物已知是Trypanosoma cruzi的一种转唾液酶的共价失活剂。在这里，发现3-氟唾液酸氟化物能共价标记T. rangeli的一种唾液酸水解酶的催化亲核物，涉及的残基为DENSGYSSVL序列中的Tyr346。这是首次证明唾液酸水解酶通过共价糖基-酶中间体进行催化，强烈暗示唾液酸水解酶超家族的所有成员之间存在共同的催化机制。CMP-3-氟唾液酸是一种唾液酸转移酶的竞争性抑制剂，通过从商业可得的N-乙酰甘露胺、3-氟丙酮酸和胞嘧啶三磷酸的两步酶法过程中合成，产率约为84%。关键词：唾液酸水解酶、机制、标记、亲核物、抑制剂。

  DOI：

  10.1139/v04-125

文献信息

• Enzymatic Synthesis of Fluorinated Mechanistic Probes for Sialidases and Sialyltransferases
  作者：Harshal A. Chokhawala、Hongzhi Cao、Hai Yu、Xi Chen

  DOI：10.1021/ja072687u

  日期：2007.9.1

  A general, convenient, and efficient enzymatic approach for producing fluorinated mechanistic probes for sialidases and sialyltransferases is described. Other than the reported sialyltransferase inhibitor CMP-3F(axial)Neu5Ac, CIVIP-3F (equatorial)Sia derivatives (in which Sia is Neu5Ac or Neu5Gc) have been synthesized along with CMP-3F (axial)Neu5Gc and CMP-3F(axia/)KDN as novel inhibitors and important mechanistic probes for sialyltransferases. 3-Fluoro-sialosides have been enzymatically synthesized and could be used as potential inhibitors and mechanistic probes for sialidases and as probes for sialic acid-binding proteins.