N,N'-bis(2-pyridylmethyl)-2-hydroxy-1,3-propanediamine-N,N'-diacetic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N,N'-bis(2-pyridylmethyl)-2-hydroxy-1,3-propanediamine-N,N'-diacetic acid
• 英文别名: H₃hpnbpda；N,N'-bis(carboxymethyl)-N,N'-bis[(2-pyridyl)methyl]-2-hydroxy-1,3-diaminopropane；2-[[3-[carboxymethyl(pyridin-2-ylmethyl)amino]-2-hydroxypropyl]-(pyridin-2-ylmethyl)amino]acetic acid
• 化学式: C₁₉H₂₄N₄O₅
• 分子量: 388.423
• InChiKey: VKEDPPYFOJJXOF-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.8
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  magnesium(II) acetate tetrahydrate 、 N,N'-bis(2-pyridylmethyl)-2-hydroxy-1,3-propanediamine-N,N'-diacetic acid 在 sodium hydroxide 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 1.17h， 以92%的产率得到Mg₂(hpnbpda)(μ-OAc)(H₂O)₂
  参考文献：
  名称：

  木糖/葡萄糖异构酶底物结合模型的新型水溶性和配合物的光谱研究

  摘要：

  在甲醇中，化学计算量的Mn（OAc）（2）·4H（2）O与配体H（3）hpnbpda [H（3）hpnbpda = N，N'-双（2-吡啶基甲基）-2 -羟基-1,3-丙二胺-N，N'-二乙酸]在NaOH的存在下，提供了一种新的水溶性双核锰（II）络合物[Mn2（hpnbpda）（μ-OAc）]（1）。同样，Mg（OAc）（2）·4H（2）O与配体H3hpnbpda在甲醇中在甲醇中反应生成新的水溶性双核镁（II）络合物[Mg2（hpnbpda）（μ -OAc）（H2O）2]（2）。已针对配合物1和2的结构优化进行了DFT计算。配合物1的DFT优化结构表明，两个锰（II）中心处在扭曲的方形金字塔形几何结构中，而配合物2的DFT优化结构揭示了两个镁（II）中心采用六坐标扭曲的八面体几何形状。为了了解木糖/葡萄糖异构酶（XGI）中底物结合的模式和活性位点金属的机理细节，我们研究了生物学上重要的单

  DOI：

  10.1016/j.carres.2013.12.002

文献信息

• Spectroscopic investigation of new water soluble and complexes for the substrate binding models of xylose/glucose isomerases
  作者：Ayan Patra、Manindranath Bera

  DOI：10.1016/j.carres.2013.12.002

  日期：2014.1

  fluorescence, and (13)C NMR spectroscopic techniques. Fluorescence spectra show the binding-induced gradual decrease in emission of complexes 1 and 2 accompanied by a significant blue shift upon increasing the concentration of sugar substrates. The binding modes of d-glucose and d-xylose with complex 2 are indicated by their characteristic coordination induced shift (CIS) values in (13)C NMR spectra for C1

  在甲醇中，化学计算量的Mn（OAc）（2）·4H（2）O与配体H（3）hpnbpda [H（3）hpnbpda = N，N'-双（2-吡啶基甲基）-2 -羟基-1,3-丙二胺-N，N'-二乙酸]在NaOH的存在下，提供了一种新的水溶性双核锰（II）络合物[Mn2（hpnbpda）（μ-OAc）]（1）。同样，Mg（OAc）（2）·4H（2）O与配体H3hpnbpda在甲醇中在甲醇中反应生成新的水溶性双核镁（II）络合物[Mg2（hpnbpda）（μ -OAc）（H2O）2]（2）。已针对配合物1和2的结构优化进行了DFT计算。配合物1的DFT优化结构表明，两个锰（II）中心处在扭曲的方形金字塔形几何结构中，而配合物2的DFT优化结构揭示了两个镁（II）中心采用六坐标扭曲的八面体几何形状。为了了解木糖/葡萄糖异构酶（XGI）中底物结合的模式和活性位点金属的机理细节，我们研究了生物学上重要的单