5-(octa-1,7-diynyl)-2'-deoxycytidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-(octa-1,7-diynyl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 5-octadiynyl-β-deoxycytidine；4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-octa-1,7-diynylpyrimidin-2-one
• 化学式: C₁₇H₂₁N₃O₄
• 分子量: 331.371
• InChiKey: IKKJFCHDCANYLU-RRFJBIMHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.6
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.53
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(octa-1,7-diynyl)-2'-deoxycytidine 在 磷酸三甲酯 、 三氯氧磷 、 三正丁胺 、 三丁基焦磷酸铵 、 四乙基碳酸氢铵 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 以56%的产率得到5-(octa-1,7-diynyl)-2'-deoxycytidine 5'-O-triphosphate
  参考文献：
  名称：

  叠氮基丙基乙烯基磺酰胺作为生物正交偶联的新型双功能点击试剂：DNA-蛋白质交联的应用

  摘要：

  N-（3-叠氮基丙基）乙烯基磺酰胺是一种新型的双功能生物共轭试剂，适用于在生物正交条件下通过铜（I）催化的叠氮化物-炔烃环加成反应和硫醇迈克尔加成反应使生物分子交联。将该试剂轻松点击到含乙炔的DNA或蛋白质上，然后与含半胱氨酸的肽或蛋白质反应形成共价交联键。给出了乙炔基或辛二炔基修饰的DNA与肽，p53蛋白或炔烃修饰的人碳酸酐酶与肽的生物缀合的几个例子。

  DOI：

  10.1002/chem.201502209
• 作为产物：
  描述：

  5-碘-2'-脱氧胞苷 在 四(三苯基膦)钯 copper(l) iodide 、 氨 、 水 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5-(octa-1,7-diynyl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  CLICK CHEMISTRY FOR THE PRODUCTION OF REPORTER MOLECULES

  摘要：

  公开号：

  EP2089343B1

文献信息

• Pyrene and bis-pyrene DNA nucleobase conjugates: excimer and monomer fluorescence of linear and dendronized cytosine and 7-deazaguanine click adducts
  作者：Hui Mei、Sachin A. Ingale、Frank Seela

  DOI：10.1016/j.tet.2013.03.054

  日期：2013.6

  containing two pyrene residues attached to a branched chain display only weak or no excimer emission. Contrary, excimer fluorescence was observed for single-stranded oligonucleotides when proximal alkynylated nucleosides were functionalized. Strong excimer fluorescence was also detected for the ‘dC–dG’ base pair modified on both nucleobases with pyrene residues, thus having the fluorescent dye in complementary

  使用pyr叠氮化物在铜（I）催化的点击反应中，由5-炔基-2'-脱氧胞苷制备分支和非分支的核苷pyr点击偶联物。Click化学也被应用于寡核苷酸以产生具有线性或树枝状侧链的pyr标记的缀合物。虽然带有两个近端pyr的树状核苷显示出很强的准分子荧光，但是含有连接到支链上的两个pyr残基的单链寡核苷酸却仅表现出弱的准分子发射或没有准分子发射。相反，当近端炔基化核苷功能化时，观察到单链寡核苷酸的准分子荧光。在两个带有both残基的核碱基上修饰的“ dC-dG”碱基对也检测到强准分子荧光，因此荧光染料在互补链中。一般来说，fluorescence荧光被7-脱氮鸟嘌呤碱强烈淬灭（电荷转移），而胞嘧啶连接的emission的发射不受影响。by相互作用也得到了证明DNA双链体的T m增加和分子动力学模拟。
• Pyrrolo-dC oligonucleotides bearing alkynyl side chains with terminal triple bonds: synthesis, base pairing and fluorescent dye conjugates prepared by the azide–alkyne “click” reaction
  作者：Frank Seela、Venkata Ramana Sirivolu

  DOI：10.1039/b719459e

  日期：——

  4 and 6 all containing terminal C[triple bond]C bonds were conjugated with the non-fluorescent 3-azido-7-hydroxycoumarin 5 employing the copper(I)-catalyzed Huisgen-Sharpless-Meldal cycloaddition "click reaction". Strongly fluorescent 1H-1,2,3-triazole conjugates (30-33) are formed incorporating two fluorescent reporters-the pyrdC nucleoside and the coumarin moiety. Oligonucleotides incorporating 6-alkynyl

  通过铜催化的环化作用将5-（Octa-1,7-二炔基）-2'-脱氧尿苷转化为呋喃-dU衍生物7。通过氨解反应形成吡咯并C衍生物3。使用铜（I）-将双环核苷3和7以及相应的全部包含末端C [三键] C键的非环状前体4和6与非荧光3-叠氮基-7-羟基香豆素5缀合。催化Huisgen-Sharpless-Meldal环加成反应“点击反应”。形成强荧光的1H-1,2,3-三唑共轭物（30-33），其中掺入了两个荧光报告分子-pyrdC核苷和香豆素部分。含有6-炔基和6-烷基7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-2（3H）-的一个寡核苷酸已经通过固相合成使用亚磷酰胺结构单元10和13制备了；一个核苷（3和2f）；吡咯-dC寡核苷酸是在氨处理过程中形成的。研究了含有3个及相关衍生物的寡核苷酸的双链稳定性。具有末端三键键合核苷（如3）的寡核苷酸比没有侧链末端不饱和键的寡核苷酸更稳定。开链导数（4）甚至更有效。
• Nucleoside macrocycles formed by intramolecular click reaction: efficient cyclization of pyrimidine nucleosides decorated with 5'-azido residues and 5-octadiynyl side chains
  作者：Jiang Liu、Peter Leonard、Sebastian L Müller、Constantin Daniliuc、Frank Seela

  DOI：10.3762/bjoc.14.217

  日期：——

  afforded nucleoside macrocycles in very high yields (≈70%) without using protecting groups. To this end, dU and dC derivatives functionalized at the 5-position of the nucleobase with octadiynyl side chains and with azido groups at the 5'-position of the sugar moieties were synthesized. The macrocycles display freely accessible Watson-Crick recognition sites. The conformation of the 16-membered macrocycle

  在不存在保护基的情况下，在TBTA存在下，铜（I）促进的“喀哒”环化提供了非常高的产率（约70％）的核苷大环。为此，合成了在核碱基的5-位具有辛二炔基侧链并且在糖基的5'-位具有叠氮基的功能化的dU和dC衍生物。宏周期显示可自由访问的Watson-Crick识别站点。由X射线分析和1H，1H-NMR偶合常数推导出16元大环的构象。与固态相比，溶液中的糖构象（N vs S）不同。
• A 2′-deoxycytidine long-linker click adduct forming two conformers in the asymmetric unit
  作者：Frank Seela、Hai Xiong、Simone Budow、Henning Eickmeier、Hans Reuter

  DOI：10.1107/s0108270112010682

  日期：2012.4.15

  The title compound systematic name: 4-amino-1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-[6-(1-benzyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)hex-1-ynyl]pyrimidin-2(1H)-one}, C₂₄H₂₈N₆O₄, shows two conformations in the crystalline state,viz.(I-1) and (I-2). The pyrimidine groups and side chains of the two conformers are almost superimposable, while the greatest differences between them are observed for the sugar groups. The N-glycosylic bonds of both conformers adopt similaranticonformations, with χ = −168.02 (12)° for conformer (I-1) and χ = −159.08 (12)° for conformer (I-2). The sugar residue of (I-1) shows anN-type (C3′-endo) conformation, withP= 33.1 (2)° and τ_m= 29.5 (1)°, while the conformation of the 2′-deoxyribofuranosyl group of (I-2) isS-type (C3′-exo), withP = 204.5 (2)° and τ_m= 33.8 (1)°. Both conformers participate in hydrogen-bond formation and exhibit identical patterns resulting in three-dimensional networks. Intermolecular hydrogen bonds are formed with neighbouring molecules of different and identical conformations (N—H...N, N—H... O, O—H...N and O—H...O).

  标题化合物系统名称：4-氨基-1-(2-脱氧-β-D-赤式戊呋喃糖基)-5-[6-(1-苄基-1H-1,2,3-三唑-4-基)己-1-炔基]嘧啶-2(1H)-酮}，C24H28N6O4，在结晶状态下有两种构象，即(I-1)和(I-2)。两种构象的嘧啶基团和侧链几乎可以叠加，而糖基团的差异最大。两种构象的 N-糖苷键具有相似的构象，构象（I-1）的χ = -168.02 (12)°，构象（I-2）的χ = -159.08 (12)°。(I-1)的糖残基呈 N 型（C3′-内）构象，P= 33.1 (2)°，τm= 29.5 (1)°，而(I-2)的 2′-脱氧核糖基的构象为 S 型（C3′-外），P= 204.5 (2)°，τm= 33.8 (1)°。两种构象都参与了氢键的形成，并表现出相同的模式，形成三维网络。分子间氢键是与不同构象和相同构象的相邻分子（N-H...N、N-H...O、O-H...N 和 O-H...O）形成的。
• Stepwise Click Functionalization of DNA through a Bifunctional Azide with a Chelating and a Nonchelating Azido Group
  作者：Sachin A. Ingale、Frank Seela

  DOI：10.1021/jo400059b

  日期：2013.4.5

  A stepwise chemoselective click reaction was performed on nucleosides and oligonucleotides containing 7-octadiynyl-7-deaza-2'-deoxyguanosine and 5-octadiynyl-2'-deoxycytidine with unsymmetrical 2,5-bis-(azidomethyl)pyridine using copper(II) acetate. The reaction is selective for the chelating azido group, thereby forming monofunctionalized adducts still carrying the nonchelating azido functionality. The azido-functionalized adduct was applied to a second click reaction, now performed in the presence of reducing agent, to generate cross-linked DNA or a pyrene click conjugate. The chelate-controlled stepwise click reaction is applicable to alkynylated nucleosides and oligonucleotides.