(E)-cyclooct-4-en-1-yl (4-nitrophenyl) carbonate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (E)-cyclooct-4-en-1-yl (4-nitrophenyl) carbonate
• 英文别名: Tco-pnp；[(4E)-cyclooct-4-en-1-yl] (4-nitrophenyl) carbonate
• 化学式: C₁₅H₁₇NO₅
• 分子量: 291.304
• InChiKey: FJMMADPCDJNXAH-OWOJBTEDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  81.4
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (E)-cyclooct-4-en-1-yl (4-nitrophenyl) carbonate 在 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 72.0h， 生成 (E)-cyclooct-4-en-1-yl (6-(((2S,3R,E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl)amino)-6-oxohexyl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  使用生物正交神经酰胺探针对活细胞中的高尔基体进行超分辨率成像。

  摘要：

  我们报告了一种基于脂质的策略，可在活细胞中以超分辨率可视化高尔基体结构和动力学。该方法基于两种新型试剂：含反式环辛烯的神经酰胺脂质 (Cer-TCO) 和高活性、四嗪标记的近红外染料 (SiR-Tz)。这些试剂通过极其快速的“四嗪-点击”反应组装成 Cer-SiR，这是一种高度耐光的“重要染料”，可以通过 3D 共聚焦和 STED 显微镜对高尔基体进行长时间的活细胞成像。Cer-SiR 在浓度高达 2 μM 时是无毒的，并且不会干扰高尔基体酶的移动性或货物从内质网通过高尔基体并到达质膜的运输。

  DOI：

  10.1002/anie.201403349
• 作为产物：
  描述：

  (Z)-cyclooct-4-enol 在 吡啶 、 苯甲酸甲酯 作用下， 以 乙醚 、 正己烷 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 (E)-cyclooct-4-en-1-yl (4-nitrophenyl) carbonate
  参考文献：
  名称：

  使用生物正交神经酰胺探针对活细胞中的高尔基体进行超分辨率成像。

  摘要：

  我们报告了一种基于脂质的策略，可在活细胞中以超分辨率可视化高尔基体结构和动力学。该方法基于两种新型试剂：含反式环辛烯的神经酰胺脂质 (Cer-TCO) 和高活性、四嗪标记的近红外染料 (SiR-Tz)。这些试剂通过极其快速的“四嗪-点击”反应组装成 Cer-SiR，这是一种高度耐光的“重要染料”，可以通过 3D 共聚焦和 STED 显微镜对高尔基体进行长时间的活细胞成像。Cer-SiR 在浓度高达 2 μM 时是无毒的，并且不会干扰高尔基体酶的移动性或货物从内质网通过高尔基体并到达质膜的运输。

  DOI：

  10.1002/anie.201403349

文献信息

• A Bioorthogonal Click Chemistry Toolbox for Targeted Synthesis of Branched and Well‐Defined Protein–Protein Conjugates
  作者：Mathis Baalmann、Laura Neises、Sebastian Bitsch、Hendrik Schneider、Lukas Deweid、Philipp Werther、Nadja Ilkenhans、Martin Wolfring、Michael J. Ziegler、Jonas Wilhelm、Harald Kolmar、Richard Wombacher

  DOI：10.1002/anie.201915079

  日期：2020.7.27

  Bioorthogonal chemistry holds great potential to generate difficult‐to‐access protein–protein conjugate architectures. Current applications are hampered by challenging protein expression systems, slow conjugation chemistry, use of undesirable catalysts, or often do not result in quantitative product formation. Here we present a highly efficient technology for protein functionalization with commonly

  生物正交化学具有产生难以获得的蛋白质-蛋白质缀合物结构的巨大潜力。挑战性的蛋白质表达系统，缓慢的缀合化学，使用不良的催化剂或通常不会导致定量的产物形成，从而阻碍了当前的应用。在这里，我们介绍了一种高效的蛋白质功能化技术，该技术具有常用的正交正交的Diels-Alder环加成和逆电子需求（DA inv）。为了精确生成支链蛋白质嵌合体，我们直接在蛋白质水平上系统地评估了各种生物正交化学的反应性，稳定性和副产物形成。我们展示了我们使用不同功能蛋白和治疗性抗体曲妥珠单抗的偶联平台的效率和多功能性。这项技术可以快速，常规地访问针对各种科学领域有用的定制和迄今无法获得的蛋白质嵌合体。我们希望我们的工作能够大大增强抗体的应用，例如免疫检测和基于蛋白质毒素的靶向癌症治疗。
• Preparation of Small-Molecule Microarrays by<i>trans</i>-Cyclooctene Tetrazine Ligation and Their Application in the High-Throughput Screening of Protein-Protein Interaction Inhibitors of Bromodomains
  作者：Chong-Jing Zhang、Chelsea Y. J. Tan、Jingyan Ge、Zhenkun Na、Grace Y. J. Chen、Mahesh Uttamchandani、Hongyan Sun、Shao Q. Yao

  DOI：10.1002/anie.201307803

  日期：2013.12.23

  efficient: A library of trans‐cyclooctene (TCO)‐modified small molecules were immobilized on tetrazine‐functionalized glass slides by using the fastest bioorthogonal reaction known. The resulting small‐molecule microarray was screened against a variety of human bromodomains to identify protein–protein interaction inhibitors.

  快速高效：通过使用已知最快的生物正交反应，将反式环辛烯（TCO）修饰的小分子文库固定在四嗪功能化的载玻片上。针对各种人类溴结构域筛选了所得的小分子微阵列，以鉴定蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂。
• UNNATURAL AMINO ACIDS COMPRISING A CYCLOOCTYNYL OR TRANS-CYCLOOCTENYL ANALOG GROUP AND USES THEREOF
  申请人：EMBL

  公开号：US20140073764A1

  公开（公告）日：2014-03-13

  The present invention relates to unnatural amino acids comprising a cyclooctynyl or trans-cyclooctenyl analog group and having formula (I) or an acid or base addition salt thereof. The invention also relates to the use of said unnatural amino acids, kits and processes for preparation of polypeptides that comprise one or more than one cyclooctynyl or trans-cyclooctenyl analog group. These polypeptides can be covalently modified by in vitro or in vivo reaction with compounds comprising an azide, nitrile oxide, nitrone, diazocarbonyl or 1,2,4,5-tetrazine group.

  本发明涉及含有环辛炔基或反式环辛烯基类似物基团的非天然氨基酸，其具有化学式（I）或其酸或碱加合物。该发明还涉及所述非天然氨基酸的使用，用于制备包含一个或多个环辛炔基或反式环辛烯基类似物基团的多肽的工具和过程。这些多肽可以通过体外或体内反应与含有偶氮酰基、腈氧化物、亚硝基、偶氮甲酰基或1,2,4,5-四唑基团的化合物进行共价修饰。
• Synthesis of Functionalized <i>N</i>-Acetyl Muramic Acids To Probe Bacterial Cell Wall Recycling and Biosynthesis
  作者：Kristen E. DeMeester、Hai Liang、Matthew R. Jensen、Zachary S. Jones、Elizabeth A. D’Ambrosio、Samuel L. Scinto、Junhui Zhou、Catherine L. Grimes

  DOI：10.1021/jacs.8b03304

  日期：2018.8.1

  purification strategies to access large quantities of these PG building blocks, as well as their derivatives, are challenging. A robust chemoenzymatic synthesis was developed using an expanded NAM library to produce a variety of 2 -N-functionalized UDP NAMs. In addition, a synthetic strategy to access bio-orthogonal 3-lactic acid NAM derivatives was developed. The chemoenzymatic UDP synthesis revealed that the

  尿苷二磷酸 N-乙酰胞壁酸 (UDP NAM) 是细菌肽聚糖 (PG) 生物合成的关键中间体。作为塑造 PG 骨架的胞壁酸的主要来源，安装在 UDP NAM 中间体的修饰可用于通过代谢掺入选择性地标记和操纵该聚合物。然而，获取大量这些 PG 构建块及其衍生物的合成和纯化策略具有挑战性。使用扩展的 NAM 库开发了强大的化学酶合成，以产生各种 2-N-功能化的 UDP NAM。此外，还开发了一种获取生物正交 3-乳酸 NAM 衍生物的合成策略。化学酶促 UDP 合成表明，细菌细胞壁再循环酶 MurNAc/GlcNAc 异头激酶 (AMgK) 和 NAM α-1 磷酸尿苷转移酶 (MurU) 允许在糖供体的两个和三个位置进行排列。我们使用包括四嗪连接在内的各种生物正交化学进一步探索了这些衍生物在全细胞中革兰 (-) 和革兰 (+) PG 荧光标记中的效用。该报告允许快速和可扩展地访问各种功能化的
• Bioorthogonal Probes for the Study of MDM2-p53 Inhibitors in Cells and Development of High-Content Screening Assays for Drug Discovery
  作者：Pier Luca D'Alessandro、Nicole Buschmann、Markus Kaufmann、Pascal Furet、Frederic Baysang、Reto Brunner、Andreas Marzinzik、Thomas Vorherr、Therese-Marie Stachyra、Johannes Ottl、Dimitrios E. Lizos、Amanda Cobos-Correa

  DOI：10.1002/anie.201608568

  日期：2016.12.23

  To study the behavior of MDM2‐p53 inhibitors in a disease‐relevant cellular model, we have developed and validated a set of bioorthogonal probes that can be fluorescently labeled in cells and used in high‐content screening assays. By using automated image analysis with single‐cell resolution, we could visualize the intracellular target binding of compounds by co‐localization and quantify target upregulation

  为了研究MDM2-p53抑制剂在疾病相关细胞模型中的行为，我们开发并验证了一组生物正交探针，这些探针可以在细胞中进行荧光标记并用于高含量筛选试验。通过使用具有单细胞分辨率的自动化图像分析，我们可以通过共定位可视化化合物的细胞内靶标结合并量化骨肉瘤模型中MDM2-p53抑制后的靶标上调。此外，我们开发了一种高通量检测方法，可通过竞争对非标记MDM2-p53抑制剂的目标占有率进行定量，并鉴定出新的化学物质。这种方法可以扩展到潜在客户发现应用程序的其他目标。