已经进行了比较 2,6-二
氟-3-
甲氧基苯甲酰胺 (D
FMBA) 与 3-
甲氧基苯甲酰胺 (3-MBA) 的构象分析和分子对接研究,以研究
氟化引起的 FtsZ 抑制相关抗
金黄色葡萄球菌活性的已知增加。对于孤立的分子,计算表明 D
FMBA 中
氟原子的存在是其非平面性的原因,甲酰胺和芳环之间的二面角为 -27°。当与蛋白质相互作用时,
氟化
配体因此比非
氟化
配体更容易采用在报道的与 FtsZ 共结晶复合物中发现的非平面构象。2的有利非平面构象的分子对接研究,6-二
氟-3-
甲氧基苯甲酰胺突出了二
氟芳环与变构口袋的几个关键残基之间的强疏
水相互作用,恰好是 2-
氟取代基与残基 Val203 和 Val297 之间以及 6-
氟基团与残基 Asn263 之间。变构结合位点的对接模拟也证实了甲酰胺基团与残基 Val207、Leu209 和 Asn263 之间的氢键的重要性。将 3-alkyloxybenzamide