Fmoc-D-HomoArg(Pbf)-OH

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: Fmoc-D-HomoArg(Pbf)-OH
• 英文别名: Fmoc-D-HoArg(Pbf)-OH；(2R)-6-[[amino-[(2,2,4,6,7-pentamethyl-3H-1-benzofuran-5-yl)sulfonylamino]methylidene]amino]-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)hexanoic acid
• 化学式: C₃₅H₄₂N₄O₇S
• 分子量: 662.807
• InChiKey: DOGZBRBJANHMLA-GDLZYMKVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.5
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  178
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-BOC-GAMMA-氨基丁酸 、 Fmoc-D-HomoArg(Pbf)-OH 、 Fmoc-L-色氨酸(Boc)-OH 、 3-(4-联苯基)-N-Fmoc-L-丙氨酸 在 N,N-二异丙基乙胺 、 2-肟氰乙酸乙酯 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 、 4-甲基哌啶 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 (R)-2-((S)-3-([1,1'-biphenyl]-4-yl)-2-((S)-2-(4-aminobutanamido)-3-(1H-indol-3-yl)propanamido)propanamido)-6-guanidinohexanamide
  参考文献：
  名称：

  有效和选择性 EphA4 激动配体的 NMR 引导设计

  摘要：

  在本文中，我们应用了一种创新的核磁共振 (NMR) 引导筛选和配体设计方法，称为 NMR 聚焦高通量筛选 (fHTS by NMR)，以衍生出能够模拟相互作用的有效低分子量配体由受体酪氨酸激酶 EphA4 上的 ephrin 配体引发。这些药物以纳摩尔亲和力结合，在运动神经元的细胞测定中触发受体激活，并为肌萎缩侧索硬化症 (ALS) 患者衍生的星形胶质细胞提供显着的运动神经元保护。对 EphA4 配体结合结构域和最活跃的药剂之间的复合物的结构研究提供了对分子水平上药剂机制的深入了解。连同初步的体内药理学研究，

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.1c00608

文献信息

• Nanobody Loop Mimetics Enhance Son of Sevenless 1‐Catalyzed Nucleotide Exchange on RAS**
  作者：Kevin Van holsbeeck、Baptiste Fischer、Simon Gonzalez、Charlène Gadais、Wim Versées、José C. Martins、Charlotte Martin、Alexandre Wohlkönig、Jan Steyaert、Steven Ballet

  DOI：10.1002/anie.202219095

  日期：2023.6.12

  RAS proteins control various intracellular signaling networks. Mutations at specific locations were shown to stabilize their active guanosine triphosphate (GTP)‐bound state, which is associated with the development of multiple cancers. An attractive approach to modulate RAS signaling is through its regulatory guanine nucleotide exchange factor (GEF) son of sevenless 1 (SOS1). With the recent discovery of Nanobody14 (Nb14), which potently enhances SOS1‐catalyzed nucleotide exchange on RAS, we explored the feasibility of developing peptide mimetics by structurally mimicking the complementarity‐determining region 3 (CDR3). Guided by a biochemical GEF assay and X‐ray co‐crystal structures, successive rounds of optimization and gradual conformational rigidification led to CDR3 mimetics showing half of the maximal activation potential of Nb14 with an EC₅₀ value of 29 μM. Altogether, this study demonstrated that peptides able to modulate a protein‐protein interaction can be obtained by structural mimicry of a Nb paratope.

  摘要 RAS 蛋白控制着各种细胞内信号网络。研究表明，特定位置的突变会稳定其与三磷酸鸟苷（GTP）结合的活性状态，这与多种癌症的发生有关。调节 RAS 信号的一个有吸引力的方法是通过其调节性鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）无七之子 1（SOS1）。最近发现的纳米抗体14（Nb14）能有效增强SOS1催化的RAS核苷酸交换，因此我们探索了通过在结构上模拟互补性决定区3（CDR3）来开发多肽模拟物的可行性。在生化 GEF 检测和 X 射线共晶体结构的指导下，经过一轮又一轮的优化和逐步构象刚化，CDR3 拟效物显示出 Nb14 最大激活潜能的一半，EC50 值为 29 μM。总之，这项研究证明，通过对 Nb 旁位的结构模拟，可以获得能够调节蛋白质间相互作用的多肽。