5-(4-bromophenyl)-7-chloropyrazolo[1,5-a]pyrimidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5-(4-bromophenyl)-7-chloropyrazolo[1,5-a]pyrimidine
• 化学式: C₁₂H₇BrClN₃
• 分子量: 308.565
• InChiKey: KRQPJJICLSLGIW-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.0
• 拓扑面积：
  30.2
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-氨甲基吡啶 、 5-(4-bromophenyl)-7-chloropyrazolo[1,5-a]pyrimidine 以 乙腈 为溶剂， 以97%的产率得到5-(4-bromophenyl)-N-(pyridin-3-ylmethyl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine
  参考文献：
  名称：

  活性部位水的显式处理增强了量子机械/隐式溶剂评分：新型吡唑并[1,5- a ]嘧啶对CDK2的抑制作用

  摘要：

  我们目前在基于量子力学（QM）的蛋白质-配体亲和力评分中对溶剂表示形式进行全面测试。为此，我们用吡唑并[1,5- a ]嘧啶核心制备了21种新的细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）抑制剂，其活性跨越了三个数量级。与活性CDK2 / cyclin A复合物结合的强效抑制剂的晶体结构表明，吡唑并[1,5- a] 5位的联苯取代基] pyrimidine支架位于以前未开发的口袋中，六个水分子位于活性位点。使用分子动力学，蛋白质-配体相互作用和活性位点水H键网络以及热力学进行了探讨。此后，使用COSMO隐式溶剂模型通过QM方法对所有抑制剂进行评分。这样的标准处理未能与实验产生相关性（R 2  = 0.49）。但是，添加活动场所水带来了显着的改善（R 2 = 0.68）。因此，可以通过考虑化合物与CDK2和活性位点水的特定非共价相互作用来解释化合物的活性。总而言之，结合多种实验方法和理论方法，我们证明了显式溶剂作用的加入增强了QM

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2016.12.023
• 作为产物：
  描述：

  (4-溴苯甲酰)乙酸乙酯 在 吡啶 、 溶剂黄146 、 三氯氧磷 作用下， 生成 5-(4-bromophenyl)-7-chloropyrazolo[1,5-a]pyrimidine
  参考文献：
  名称：

  活性部位水的显式处理增强了量子机械/隐式溶剂评分：新型吡唑并[1,5- a ]嘧啶对CDK2的抑制作用

  摘要：

  我们目前在基于量子力学（QM）的蛋白质-配体亲和力评分中对溶剂表示形式进行全面测试。为此，我们用吡唑并[1,5- a ]嘧啶核心制备了21种新的细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）抑制剂，其活性跨越了三个数量级。与活性CDK2 / cyclin A复合物结合的强效抑制剂的晶体结构表明，吡唑并[1,5- a] 5位的联苯取代基] pyrimidine支架位于以前未开发的口袋中，六个水分子位于活性位点。使用分子动力学，蛋白质-配体相互作用和活性位点水H键网络以及热力学进行了探讨。此后，使用COSMO隐式溶剂模型通过QM方法对所有抑制剂进行评分。这样的标准处理未能与实验产生相关性（R 2  = 0.49）。但是，添加活动场所水带来了显着的改善（R 2 = 0.68）。因此，可以通过考虑化合物与CDK2和活性位点水的特定非共价相互作用来解释化合物的活性。总而言之，结合多种实验方法和理论方法，我们证明了显式溶剂作用的加入增强了QM

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2016.12.023

文献信息

• Explicit treatment of active-site waters enhances quantum mechanical/implicit solvent scoring: Inhibition of CDK2 by new pyrazolo[1,5-a]pyrimidines
  作者：Michaela Hylsová、Benoit Carbain、Jindřich Fanfrlík、Lenka Musilová、Susanta Haldar、Cemal Köprülüoğlu、Haresh Ajani、Pathik S. Brahmkshatriya、Radek Jorda、Vladimír Kryštof、Pavel Hobza、Aude Echalier、Kamil Paruch、Martin Lepšík

  DOI：10.1016/j.ejmech.2016.12.023

  日期：2017.1

  affinities. To this aim, we prepared 21 new inhibitors of cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) with the pyrazolo[1,5-a]pyrimidine core, whose activities spanned three orders of magnitude. The crystal structure of a potent inhibitor bound to the active CDK2/cyclin A complex revealed that the biphenyl substituent at position 5 of the pyrazolo[1,5-a]pyrimidine scaffold was located in a previously unexplored

  我们目前在基于量子力学（QM）的蛋白质-配体亲和力评分中对溶剂表示形式进行全面测试。为此，我们用吡唑并[1,5- a ]嘧啶核心制备了21种新的细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）抑制剂，其活性跨越了三个数量级。与活性CDK2 / cyclin A复合物结合的强效抑制剂的晶体结构表明，吡唑并[1,5- a] 5位的联苯取代基] pyrimidine支架位于以前未开发的口袋中，六个水分子位于活性位点。使用分子动力学，蛋白质-配体相互作用和活性位点水H键网络以及热力学进行了探讨。此后，使用COSMO隐式溶剂模型通过QM方法对所有抑制剂进行评分。这样的标准处理未能与实验产生相关性（R 2  = 0.49）。但是，添加活动场所水带来了显着的改善（R 2 = 0.68）。因此，可以通过考虑化合物与CDK2和活性位点水的特定非共价相互作用来解释化合物的活性。总而言之，结合多种实验方法和理论方法，我们证明了显式溶剂作用的加入增强了QM