Diverse Reagent Scaffolds Provide Differential Selectivity of 2′-OH Acylation in RNA
作者:Lu Xiao、Linglan Fang、Sayantan Chatterjee、Eric T. Kool
DOI:10.1021/jacs.2c09040
日期:2023.1.11
compounds with reduced off-target reactivity in loop closing base pairs. Interestingly, we also show that the simplest reagent (acetylimidazole) is cell permeable and is small enough to map RNA structure in the presence of protein contacts that block other reagents. Finally, we describe reagents that show elevated selectivity within small loops, with applications in site-selective labeling. The results provide
RNA 2'-OH 酰化被广泛用于结构作图和缀合 RNA,通常依赖于与未配对核苷酸相比与配对核苷酸的选择性反应。用于这种酰化的常用试剂主要限于两个相似的芳基支架,留下了更广泛变化的试剂结构如何影响选择性的问题。在这里,我们制备了一组 10 种结构不同的酰基咪唑试剂,并采用深度测序来分析它们在系统变化结构的 RNA 文库中的反应性和选择性。我们表明,结构导向的反应性特征随试剂支架的不同而显着变化,并且我们记录了具有改变的选择性特征的新酰化剂,包括在环内显示出更高选择性的试剂,以及闭环碱基对中脱靶反应性降低的化合物。有趣的是,我们还表明,最简单的试剂(乙酰咪唑)具有细胞渗透性,并且足够小,可以在存在阻断其他试剂的蛋白质接触的情况下绘制 RNA 结构图。最后,我们描述了在小环内显示出更高选择性的试剂,以及在位点选择性标记中的应用。这些结果为改进 RNA 的结合和作图提供了新的工具。