5'-O-t-Butyldiphenylsilyl-2'-O-(methoxyethyl)-5-methyluridine | 318246-74-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-t-Butyldiphenylsilyl-2'-O-(methoxyethyl)-5-methyluridine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[tert-butyl(diphenyl)silyl]oxymethyl]-4-hydroxy-3-(2-methoxyethoxy)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 318246-74-1
• 化学式: C₂₉H₃₈N₂O₇Si
• 分子量: 554.715
• InChiKey: IHRMDRZAJPYNHH-DLGLWYJGSA-N

物化性质

• 密度：
  1.23±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.71
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-t-Butyldiphenylsilyl-2'-O-(methoxyethyl)-5-methyluridine 在 2,6-二甲基吡啶 、 sodium tetrahydroborate 、 四氧化锇 、 偶氮二异丁腈 、 双(三甲基硅基)亚磷酸盐 、 triethylamine trifluoride 、 甲基三苯氧基碘磷 、 水 、 N-甲基吗啉氧化物 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 水 、 乙酸乙酯 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 苯 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 3'-deoxy-2'-O-(2-methoxyethyl)-5'-O-(4-methoxytrityl)-3'-C-methyl-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  新型3'-C-亚甲基胸苷和5-甲基尿苷/胞苷H-膦酸酯和亚膦酸酯的合成，用于寡核苷酸的新骨架修饰。

  摘要：

  新型5'-O-DMT-和MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的胸苷，5-甲基尿苷和5-甲基胞苷H-膦酸酯1-7与O-甲基，氟，氢和O-（2通过一种新的有效策略，由相应的关键中间体3'-C-碘甲基核苷和中间体BTSP（通过Arbuzov反应原位制备）合成了2'-位的-甲氧基乙基）取代基。Arbuzov反应的修饰反应条件防止了DMT和MMT保护基的丢失，并直接提供了所需的5'-O-DMT-和/或MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的H-膦酸酯1 -6虽然在PC键形成后也通过操纵保护基制备了一些。3'-C-碘甲基-5-甲基胞嘧啶53的修饰Arbuzov反应 由其5-甲基尿苷衍生物42制备，并用BTSP提供5-甲基胞嘧啶H-膦酸酯54，将其进一步转移到相应的4-N-（N-甲基吡咯烷-2-亚基）-保护的H-膦酸酯单体7。5使用DCC作为偶联剂，将'-O-MMT保护的3'-C-亚甲基改性的H-膦酸酯5、3和7

  DOI：

  10.1021/jo001699u
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-t-Butyldiphenylsilyl-3-benzyloxymethyl-2'-O-(methoxyethyl)-5-methyluridine 在 Pd on carbon 作用下， 以 甲醇 、 NEt₃in 为溶剂， 生成 5'-O-t-Butyldiphenylsilyl-2'-O-(methoxyethyl)-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  Regioselective synthesis of 2′-O-modified nucleosides

  摘要：

  本发明揭示了在核苷和核苷类似物的2'-羟基位置上进行选择性烷基化而不是在3'-羟基位置上进行的方法，形成2'-O-酯修饰化合物。对2'-O-酯的还原和衍生化提供了对合成寡聚合物化合物具有改善的杂交亲和性和核酸酶抗性的2'-O-修饰核苷和核苷类似物。

  公开号：

  US06403779B1

文献信息

• [EN] OLIGONUCLEOTIDES HAVING MODIFIED NUCLEOSIDE UNITS<br/>[FR] OLIGONUCLEOTIDES A UNITES NUCLEOSIDIQUES MODIFIEES
  申请人：ISIS PHARMACEUTICALS INC

  公开号：WO2003099840A1

  公开（公告）日：2003-12-04

  Disclosed are oligonucleotides and oligonucleosides that include one or more modified nucleoside units. The oligonucleotides and oligonucleosides are particularly useful as antisense agents, ribozymes, aptamer, siRNA agents, probes and primers or, when hybridized to an RNA, as a substrate for RNA cleaving enzymes including RNase H and dsRNase.

  揭示了包含一个或多个修饰核苷酸单元的寡核苷酸和寡核苷苷。这些寡核苷酸和寡核苷苷特别适用作为反义物质、核酶、适配体、siRNA物质、探针和引物，或者在与RNA杂交时，作为RNA裂解酶（包括RNase H和dsRNase）的底物。
• Regioselective synthesis of 2'-O-modified nucleosides
  申请人：——

  公开号：US20030078415A1

  公开（公告）日：2003-04-24

  Methods for the regioselective alkylation at the 2′-hydroxy position over the 3′-hydroxy position of nucleosides and nucleoside analogs, forming 2′-O-ester modified compounds, are disclosed. Reduction and derivatization of the 2′-O-ester provides 2′-O-modified nucleosides and nucleoside analogs useful for the synthesis of oligomeric compounds having improved hybridization affinity and nuclease resistance.

  本文揭示了在核苷和核苷类似物的2'-羟基位置上进行区域选择性烷基化的方法，而不是在3'-羟基位置上进行烷基化，形成2'-O-酯修饰化合物。对2'-O-酯的还原和衍生化提供了有用的2'-O-修饰核苷和核苷类似物，用于合成具有改善的杂交亲和力和核酸酶抵抗力的寡聚物化合物。
• Synthesis of Novel 3‘-<i>C</i>-Methylene Thymidine and 5-Methyluridine/Cytidine H-Phosphonates and Phosphonamidites for New Backbone Modification of Oligonucleotides
  作者：Haoyun An、Tingmin Wang、Martin A. Maier、Muthiah Manoharan、Bruce S. Ross、P. Dan Cook

  DOI：10.1021/jo001699u

  日期：2001.4.1

  ne)-protected H-phosphonate monomer 7. 5'-O-MMT-protected 3'-C-methylene-modified H-phosphonates 5, 3, and 7 were converted to the corresponding cyanoethyl H-phosphonates 50, 51, and 56 using DCC as a coupling reagent. One-pot three-step reactions of 50, 51, and 56 provided the desired 3'-C-methylene-modified phosphonamidite monomers 8-10. Some of these new 3'-methylene-modified monomers 1-10 have

  新型5'-O-DMT-和MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的胸苷，5-甲基尿苷和5-甲基胞苷H-膦酸酯1-7与O-甲基，氟，氢和O-（2通过一种新的有效策略，由相应的关键中间体3'-C-碘甲基核苷和中间体BTSP（通过Arbuzov反应原位制备）合成了2'-位的-甲氧基乙基）取代基。Arbuzov反应的修饰反应条件防止了DMT和MMT保护基的丢失，并直接提供了所需的5'-O-DMT-和/或MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的H-膦酸酯1 -6虽然在PC键形成后也通过操纵保护基制备了一些。3'-C-碘甲基-5-甲基胞嘧啶53的修饰Arbuzov反应 由其5-甲基尿苷衍生物42制备，并用BTSP提供5-甲基胞嘧啶H-膦酸酯54，将其进一步转移到相应的4-N-（N-甲基吡咯烷-2-亚基）-保护的H-膦酸酯单体7。5使用DCC作为偶联剂，将'-O-MMT保护的3'-C-亚甲基改性的H-膦酸酯5、3和7
• Regioselective synthesis of 2′-O-modified nucleosides
  申请人：ISIS Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US06403779B1

  公开（公告）日：2002-06-11

  Methods for the regioselective alkylation at the 2′-hydroxy position over the 3′-hydroxy position of nucleosides and nucleoside analogs, forming 2′-O-ester modified compounds, are disclosed. Reduction and derivatization of the 2′-O-ester provides 2′-O-modified nucleosides and nucleoside analogs useful for the synthesis of oligomeric compounds having improved hybridization affinity and nuclease resistance.

  本发明揭示了在核苷和核苷类似物的2'-羟基位置上进行选择性烷基化而不是在3'-羟基位置上进行的方法，形成2'-O-酯修饰化合物。对2'-O-酯的还原和衍生化提供了对合成寡聚合物化合物具有改善的杂交亲和性和核酸酶抗性的2'-O-修饰核苷和核苷类似物。