d(GpT) | 23405-84-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （3'->5'）-二核苷酸和类似物
• 英文名称: d(GpT)
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
• CAS: 23405-84-7
• 化学式: C₂₀H₂₆N₇O₁₁P
• 分子量: 571.44
• InChiKey: MBMDDHVKPJWPIP-PRSXHHODSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.9
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  249
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  d(GpT) 在 oxone 、 Mn(III)-bis-aqua-meso-s(4-N-Me-pyridinium-4-yl)4-porphyrin 作用下， 以 various solvent(s) 为溶剂， 反应 0.17h， 生成 Phosphoric acid (2R,3S,5R)-5-(5-carbamimidoylimino-2,4-dioxo-imidazolidin-1-yl)-2-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl ester (2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester
  参考文献：
  名称：

  草酸尿酸作为鸟嘌呤氧化产物的表征。

  摘要：

  氧代金属卟啉在二核苷单磷酸d（GpT）中的鸟嘌呤氧化反应在65℃，中性pH下加热30分钟后，生成线性草酸衍生物。

  DOI：

  10.1039/b106799k
• 作为产物：
  描述：

  在 ammonium hydroxide 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 生成 d(GpT)
  参考文献：
  名称：

  A Novel Approach to Oligonucleotide Synthesis Using an Imidazolium Ion Tag as a Soluble Support

  摘要：

  The synthesis of oligonucleotides in solution using a soluble, ionic liquid based support is described. Short oligomers of varying base composition were synthesized using this method in high yields and high purity, requiring no chromatography for purification prior to cleavage from the support. The solution-phase-synthesized oligomers were compared to the same sequences prepared using standard gene machine techniques by LCMS. This methodology may provide a cheaper route for the large-scale synthesis of oligonucleotides.

  DOI：

  10.1021/jo061279q

文献信息

• O-Selectivity and Utility of Phosphorylation Mediated by Phosphite Triester Intermediates in the N-Unprotected Phosphoramidite Method
  作者：Akihiro Ohkubo、Yusuke Ezawa、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/ja048125h

  日期：2004.9.1

  molecular orbital interactions between the reactive intermediates and the nucleophiles such as the amino or hydroxyl groups of nucleosides. Furthermore, longer oligonucleotides were synthesized not only by a manual operation but also by a DNA synthesizer. The utility of our new method was demonstrated by the successful synthesis of a base-labile modified oligodeoxyribonucleotide having 4-N-acetyldeoxycytidine

  以前，由于 dA 和 dC 的氨基对三价磷 (III) 型亚磷酸化试剂具有高反应性，因此无法在 N-未保护的亚磷酰胺方法中进行聚合物载体上的 O 选择性磷酸化。在本文中，我们开发了一种名为“活化亚磷酸酯方法”的新偶联策略，其中亚磷酸三酯中间体 1 介导了亚磷酸化。将 1-羟基苯并三唑作为促进剂应用于固相合成导致了优异的 O-选择性超过 99.7%。这种 O 选择性可以通过反应中间体和亲核试剂（如核苷的氨基或羟基）之间的前沿分子轨道相互作用来解释。此外，更长的寡核苷酸不仅可以通过手动操作合成，也可以通过 DNA 合成仪合成。通过成功合成具有 4-N-乙酰脱氧胞苷残基的碱不稳定修饰寡脱氧核糖核苷酸，证明了我们新方法的实用性。最后，通过使用 6-三氟甲基-1-羟基苯并三唑和苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐的组合试剂，可以以良好的产率合成含有 dA 或 dC 的 DNA 20 聚体。
• A new approach to the synthesis of phosphotriester intermediates of nucleosides and nucleic acids
  作者：G. van der Marel、C.A.A. van Boeckel、G. Wille、J.H. van Boom

  DOI：10.1016/s0040-4039(01)91336-x

  日期：1981.1

  Aryl phosphorodichloridates can be converted by means of 1-hydroxybenzotriazole into an effective phosphorylating agent, which can be applied to the synthesis of phosphotriester intermediates of nucleic acids.

  可以通过1-羟基苯并三唑将芳基二氯磷酸酯转化为有效的磷酸化剂，该试剂可以用于合成核酸的磷酸三酯中间体。
• N-pent-4-enoyl nucleosides: Application in the synthesis of support-bound and free oligonucleotide analogs by the H-phosphonate approach
  作者：Radhakrishnan P. Iyer、Theresa Devlin、Ivan Habus、Nan-Hui Ho、Dong Yu、Sudhir Agrawal

  DOI：10.1016/0040-4039(96)00066-4

  日期：1996.3

  N-pent-4-enoyl nucleoside H-phosphonates are versatile building blocks for the synthesis of support-bound and free oligonucleotide analogs.

  N-戊-4-烯酰基核苷H-膦酸酯是用于合成支持物结合的和游离的寡核苷酸类似物的通用结构单元。
• DNA Tandem Lesions Containing 8-Oxo-7,8-dihydroguanine and Formamido Residues Arise from Intramolecular Addition of Thymine Peroxyl Radical to Guanine
  作者：Thierry Douki、Johann Rivière、Jean Cadet

  DOI：10.1021/tx0155909

  日期：2002.3.1

  monophosphates (dGpdT and dTpdG). First, the peroxyl radical-induced degradation of guanine within dGpdT and dTpdG was studied in order to assess the possibility of intramolecular electron transfer between guanine and thymine peroxyl radicals. Then, the formation of a series of tandem lesions involving a formamido residue, thymine glycols, 8-oxodG, and oxazolone was monitored within aerated aqueous solutions

  带有嘧啶碱基和鸟嘌呤残基的二磷酸核苷单磷酸盐的充气水溶液暴露于电离辐射会导致形成8-oxo-7,8-dihydroguanine / formamido串联损伤（8-oxodG / dF）。在分离的DNA内形成后者损伤的最新证据强调了这类损伤的可能生物学相关性。因此，对含胸腺嘧啶和鸟嘌呤的二磷酸核苷单磷酸酯（dGpdT和dTpdG）进行了8-oxodG / dF形成的广泛机理研究。首先，研究过氧自由基在dGpdT和dTpdG中诱导鸟嘌呤的降解，以评估鸟嘌呤和胸腺嘧啶过氧自由基之间分子内电子转移的可能性。然后，形成一系列涉及甲酰胺残基，胸腺嘧啶二醇的串联损伤，在暴露于伽玛射线的dTpdG和dGpdT充气水溶液中监测8-oxodG和oxazolone。除了以高产率形成除8-oxodG / dF以外的串联损伤，导致我们提出了一种新的机制，该机制涉及在鸟嘌呤部分添加胸腺嘧啶过氧自由基。这得到（18）O标记实验的支持。
• The protonation state of trans axial water molecule switches: the reactivity of high-valent manganese-oxo porphyrin
  作者：Jérôme Trzcionka、Joris Irvoas、Geneviève Pratviel

  DOI：10.1039/c3nj01004j

  日期：——

  state of the proximal water molecule as an axial ligand (trans to the oxo). A high-valent manganese-oxo in the oxo-hydroxo form (HO–MnVO) at higher pH undergoes oxygen atom transfer reactions while in the oxo-aqua form (H2O–MnVO) at lower pH it performs oxidation reactions by electron transfer. These data are an illustration of the influence of the “push” effect of the proximal ligand on the changing reactivity

  阳离子锰卟啉（Mn-TMPyP）被氧原子供体KHSO 5（oxone）活化，在水性缓冲液中形成高价锰-氧代物种（Mn V O）。高价Mn V O介导的短双链DNA模型的氧化损伤。氧化产物的性质（鸟嘌呤氧化DGh，2Ih，咪唑酮和2-脱氧核糖氧化，2-脱氧核糖内酯）及其形成机理随反应的pH而变化。氧化主要通过pH为6的电子转移机制进行，而氧原子的转移在pH 8时被认为是有利的。这可以通过不同的氧化比例（由不同的氧化机理随pH值而变化）产生的产物比率来证明，但也可以通过导致氧化的不同机理来证明。相同的氧化产物（DGh）作为pH的函数。活性锰氧代物质的反应性移归因于近端水分子的质子化状态作为轴向配体（反式对氧代）。含氧-羟基的高价锰-氧（HO–Mn VO）在较高的pH值下会发生氧原子转移反应，而在较低pH的氧-水基形式（H 2 O–Mn V O）中会通过电子转移进行氧化反应。这些数据说明了近端配