(4S,5R)-oxazaphospholidine | 866219-07-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (4S,5R)-oxazaphospholidine
• 英文别名: 2-chloro-1,3,2-oxazaphospholidine；(3R,3aS)-1-chloro-3-phenyl-3a,4,5,6-tetrahydro-3H-pyrrolo[1,2-c][1,3,2]oxazaphosphole
• CAS: 866219-07-0
• 化学式: C₁₁H₁₃ClNOP
• 分子量: 241.657
• InChiKey: HZHANPHZINCFLX-FEBOZLGHSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  12.5
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (4S,5R)-oxazaphospholidine 、 N-(1-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺 在 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以47%的产率得到N-(1-((2R,3R,4R,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-3-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-4-(((1R,3R,3aS)-3-phenyltetrahydro-1H,3H-pyrrolo[1,2-c][1,3,2]oxazaphosphol-1-yl)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)acetamide
  参考文献：
  名称：

  氧杂磷腈法立体控制合成寡核糖核苷硫代磷酸酯

  摘要：

  在固体载体上合成了在磷原子上立体定义的寡核糖核苷硫代磷酸酯（PS-ORN）。所得PS-ORN的热变性实验表明，由（S p）-PS键和立体随机PS键组成的主链对PS-ORN-ORN双链体的稳定作用出乎意料地大，而由（- [R p）-PS-键略微稳定双链体。

  DOI：

  10.1021/ol802910k
• 作为产物：
  描述：

  (1R,2S')-α-(pyrrolidin-2-yl)benzyl alcohol 在 N-甲基吗啉 、 三氯化磷 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 (4S,5R)-oxazaphospholidine
  参考文献：
  名称：

  [EN] LNA CHIRAL PHOSPHOROTHIOATES
  [FR] PHOSPHOROTHIOATES CHIRAUX DE LNA

  摘要：

  本发明提供了立体定向的磷酸硫酰胺LNA寡核苷酸，包括至少一个立体定向的磷酸硫酰胺连接在LNA核苷酸和其后续（3'）核苷酸之间。

  公开号：

  WO2016079183A1

文献信息

• Synthesis and cellular activity of stereochemically-pure 2′-O-(2-methoxyethyl)-phosphorothioate oligonucleotides
  作者：M. Li、H. L. Lightfoot、F. Halloy、A. L. Malinowska、C. Berk、A. Behera、D. Schümperli、J. Hall

  DOI：10.1039/c6cc08473g

  日期：——

  Stereochemically-pure 2'-O-(2-methoxyethyl)-phosphorothioate (PS-MOE) oligonucleotides were synthesized from new chiral oxazaphospholidine-containing nucleosides. Thermal stability studies showed that the incorporation of Rp-PS linkages increased RNA-binding affinity. In cells, a full Rp-PS-MOE splice-switching...

  立体化学纯的2'-O-（2-甲氧基乙基）-硫代磷酸酯（PS-MOE）寡核苷酸是从新的含手性草氮杂膦核苷的核苷合成的。热稳定性研究表明，Rp-PS键的结合增加了RNA结合的亲和力。在细胞中，完整的Rp-PS-MOE剪接切换...
• Solid-Phase Synthesis of Stereoregular Oligodeoxyribonucleoside Phosphorothioates Using Bicyclic Oxazaphospholidine Derivatives as Monomer Units
  作者：Natsuhisa Oka、Mika Yamamoto、Terutoshi Sato、Takeshi Wada

  DOI：10.1021/ja805780u

  日期：2008.11.26

  Nucleoside 3'-O-bicylic oxazaphospholidine derivatives were designed as monomer units for a solid-phase synthesis of stereoregular oligodeoxyribonucleoside phosphorothioates (PS-ODNs). The trans-isomers of appropriately designed nucleoside 3'-O-bicyclic oxazaphospholidine derivatives were generated exclusively by the reaction between the 3'-OH of the corresponding protected nucleosides and 2-chloro-1

  核苷 3'-O-双环 oxazaphospholidine 衍生物被设计为单体单元，用于固相合成有规立构寡脱氧核糖核苷硫代磷酸酯 (PS-ODNs)。适当设计的核苷 3'-O-双环 oxazaphospholidine 衍生物的反式异构体仅通过相应受保护核苷的 3'-OH 与 2-氯-1,3,2-oxazaphospholidine 衍生物之间的反应生成。得到的反式-氧氮杂磷脂异构体在构型上是稳定的，在固体载体上缩合过程中，在酸性活化剂存在下差向异构化不会损害它们的非对映纯度。因此，通过使用氧氮杂磷脂单体和酸性活化剂形成 (Rp)- 和 (Sp)-硫代磷酸酯核苷酸间键的过程中，非对映纯度没有任何损失（非对映选择性 > 或 = 99:1）。此外，从头分子轨道计算表明，氧氮杂磷脂衍生物的差向异构化最有可能通过 N-质子化加速的边缘反转过程进行。计算不仅合理化了本研究中观察到的环结构与 oxazaphospholidines
• METHOD FOR PREPARING RIBONUCLEOSIDE PHOSPHOROTHIOATE
  申请人：Wada Takeshi

  公开号：US20130184450A1

  公开（公告）日：2013-07-18

  A method for preparing a phosphorothioate RNA based on the oxazaphospholidine method, wherein cyanoethoxymethyl group is used instead of tert-butyldimethylsilyl group as a protective group of 2′-hydroxyl group of RNA.

  一种基于氧磷硫酸酯RNA的制备方法，其中使用氰乙氧甲基基团代替叔丁基二甲基硅基团作为RNA的2'-羟基的保护基。
• [EN] ENHANCED COUPLING OF STEREODEFINED OXAZAPHOSPHOLIDINE PHOSPHORAMIDITE MONOMERS TO NUCLEOSIDE OR OLIGONUCLEOTIDE<br/>[FR] COUPLAGE AMÉLIORÉ DE MONOMÈRES DE PHOSPHORAMIDITE D'OXAZAPHOSPHOLIDINE STÉRÉODÉFINIS À UN NUCLÉOSIDE OU UN OLIGONUCLÉOTIDE
  申请人：ROCHE INNOVATION CT COPENHAGEN AS

  公开号：WO2017194498A1

  公开（公告）日：2017-11-16

  The present invention relates to the field of stereodefined phosphorothioate oligonucleotides and to stereodefining nucleoside monomers and methods of synthesis of stereodefined oligonucleotides. Herein are disclosed solvent compositions which provide enhanced solubility and stability of stereodefining nucleoside monomers, and can be used to improve the coupling efficacy of such monomers in oligonucleotide synthesis.

  本发明涉及立体定义的磷硫酸酯寡核苷酸领域，以及立体定义核苷苷酸单体和立体定义寡核苷酸的合成方法。本文介绍了提供增强溶解性和稳定性的溶剂组合物，可用于提高这些单体在寡核苷酸合成中的偶联效率。
• Synthesis and properties of DNA oligomers containing stereopure phosphorothioate linkages and C-5 modified deoxyuridine derivatives
  作者：Rintaro Iwata Hara、Reijiro Yoshino、Yohei Nukaga、Yusuke Maeda、Kazuki Sato、Takeshi Wada

  DOI：10.1039/d0ra06970a

  日期：——

  substituent of uracil in a DNA/RNA hybrid duplex, the combination of the stereochemistry of the PS linkages and the type of the C-5 modification of uracil bases is expected to affect the properties of the hybrid duplexes. Herein, DNA oligomers containing both stereopure phosphorohioate linkages and C-5 modified deoxyuridine derivatives were synthesized. The thermodynamic stability of the DNA/RNA and DNA/DNA

  硫代磷酸酯 (PS) 修饰，其中磷酸二酯键中的非桥接氧原子被硫原子取代，被广泛用于改善核酸药物的性质。每个 PS 键都可以在两个立体异构体R p 和S p 中找到。由于S p-PS 或R中有一个非桥连氧或硫原子p-PS 分别位于 DNA/RNA 杂合双链中尿嘧啶的 C-5 取代基附近，PS 键的立体化学和尿嘧啶碱基的 C-5 修饰类型的组合预计会影响混合双链体的特性。在此，合成了含有立体纯的硫代磷酸酯键和 C-5 修饰的脱氧尿苷衍生物的 DNA 寡聚体。评估了 DNA/RNA 和 DNA/DNA 双链体的热力学稳定性以及 DNA/RNA 双链体的 RNase H 活性。DNA 链中 5-丙炔基尿嘧啶和 ( R p)-PS 键的组合可以显着提高 DNA/RNA 杂合双链体的热稳定性，而不会降低其 RNase H 活性。