(2’R)-3’-O-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino]-5’-O-(4,4’-dimethoxytrityl)-2’,4’-(N-methyl-2-oxoiminoethano)thymidine | 1300590-71-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (2’R)-3’-O-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino]-5’-O-(4,4’-dimethoxytrityl)-2’,4’-(N-methyl-2-oxoiminoethano)thymidine
• 英文别名: N2'-methyl-2'-amino-3'-O-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino]-5'-O-dimethoxytrityl-2'-N,4'-C-oxoethylenethymidine；3-[[(1R,5R,7R,8S)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-2-methyl-7-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3-oxo-6-oxa-2-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 1300590-71-9
• 化学式: C₄₃H₅₂N₅O₉P
• 分子量: 813.888
• InChiKey: BOEARMUFCNGAAR-GKGIDAFMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  58
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  152
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  (3aR,5R,6S,6aR)-6-(benzyloxy)-5-((benzyloxy)methyl)-2,2-dimethyl-5-vinyltetrahydrofuro[2,3-d][1,3]dioxole 在 10 wt% Pd(OH)2 on carbon 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 重铬酸吡啶 、 sodium azide 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 三丁基膦 、 三氟甲烷磺酰氯 、 硫酸 、 四丁基氟化铵 、 水 、 氢气 、 乙酸酐 、 sodium hydride 、 potassium carbonate 、 溶剂黄146 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 9-硼双环[3.3.1]壬烷 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 乙醇 、 二氯甲烷 、 环己烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 151.5h， 生成 (2’R)-3’-O-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino]-5’-O-(4,4’-dimethoxytrityl)-2’,4’-(N-methyl-2-oxoiminoethano)thymidine
  参考文献：
  名称：

  BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE

  摘要：

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。

  公开号：

  US20120208991A1

文献信息

• Synthesis and properties of thymidines with six-membered amide bridge
  作者：Yoshiyuki Hari、Takashi Osawa、Yutaro Kotobuki、Aiko Yahara、Ajaya R. Shrestha、Satoshi Obika

  DOI：10.1016/j.bmc.2013.04.049

  日期：2013.7

  Artificial thymidine monomers possessing amide or N-methylamide bridges were designed, synthesized, and introduced into oligonucleotides. UV-melting experiments showed that these oligonucleotides preferred single-stranded RNA (ssRNA) to single-stranded DNA (ssDNA) in duplex formation. Both amide-and N-methylamide-modified oligonucleotides led to a significant increase in the binding affinity to ssRNA by up to +4.7 and +3.7 degrees C of the T-m value per modification, respectively, compared with natural oligonucleotide. In addition, their oligonucleotides showed high stability against 3'-exonuclease. (C) 2013 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• BRIDGED ARTIFICIAL NUCLEOSIDE AND NUCLEOTIDE
  申请人：Obika Satoshi

  公开号：US20120208991A1

  公开（公告）日：2012-08-16

  It is an object of the present invention to provide a novel molecule for antisense therapies which is not susceptible to nuclease degradation in vivo and has a high binding affinity and specificity for the target mRNAs and which can efficiently regulate expression of specific genes. The novel artificial nucleoside of the present invention has an amide bond introduced into a bridge structure of 2′,4′-BNA/LNA. The oligonucleotide containing the 2′,4′-bridged artificial nucleotide has a binding affinity for a single-stranded RNA comparable to known 2′,4′-BNA/LNA and has an increased nuclease resistance over LNA. Particularly, it is expected to be applied to nucleic acid drugs because of its much stronger binding affinity for single-stranded RNAs than S-oligo's affinity

  本发明的目的是提供一种新型分子用于反义疗法，该分子在体内不易受核酸酶降解，并且对目标mRNA具有高结合亲和力和特异性，能够有效调节特定基因的表达。本发明的新型人工核苷酸在2′,4′-BNA/LNA的桥接结构中引入了酰胺键。含有2′,4′-桥接人工核苷酸的寡核苷酸与已知的2′,4′-BNA/LNA具有相当的单链RNA结合亲和力，并且比LNA具有更高的核酸酶抗性。特别地，由于其比S-oligo对单链RNA的结合亲和力更强，预计将被应用于核酸药物。