5-Allyl-6-oxocytidine | 294648-12-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-Allyl-6-oxocytidine
• 英文别名: 6-amino-3-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-prop-2-enyl-1H-pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 294648-12-7
• 化学式: C₁₂H₁₇N₃O₆
• 分子量: 299.283
• InChiKey: APVSHCUNDBUCPT-KCGFPETGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.7
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  145
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-Allyl-6-oxocytidine 在 吡啶 作用下， 以 甲醇 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 3.17h， 生成 5-Allyl-4-N-(dimethylformamidine)-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-6-oxocytidine
  参考文献：
  名称：

  pH无关的三螺旋形成，其中6-氧代胞苷为胞苷类似物。

  摘要：

  描述了6-氧代胞嘧啶和5-烯丙基-6-氧代胞嘧啶作为N（3）质子化的胞嘧啶类似物的六个不同的亚磷酰胺构件的合成。这些化合物已通过标准固相合成掺入寡核苷酸中。研究了15-mer Hoogsteen链与目标21-mer双链体的杂交。比较不同构件的三链体形成能力发现：i）5-烯丙基取代对三链体稳定性有负面影响； ii）Hoogsteen链的均一骨架相对于混合主链可稳定三链体；iii）带有6-氧代胞嘧啶核苷或5-烯丙基-6-氧代胞苷的RNA链可能不与DNA靶双链体形成三螺旋，这可能是由于骨架扭转限制所致；（iv）具有三个分离的2'的15-mer DNA序列 在这项研究中，所有的胞苷类似物中，-deoxy-6-oxocytidines具有最高的T（m）。CD实验提供了三重结构存在与否的进一步证据。在这些与温度相关的CD测量过程中，我们能够检测到在选定波长处彼此独立的双链和三链融解。在由于光谱重叠而导

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20000703)6:13<2409::aid-chem2409>3.0.co;2-h
• 作为产物：
  描述：

  利巴韦林杂质9 在 四(三苯基膦)钯 ammonium sulfate 、 氨 、 三乙胺 、 六甲基二硅氮烷 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 93.5h， 生成 5-Allyl-6-oxocytidine
  参考文献：
  名称：

  pH无关的三螺旋形成，其中6-氧代胞苷为胞苷类似物。

  摘要：

  描述了6-氧代胞嘧啶和5-烯丙基-6-氧代胞嘧啶作为N（3）质子化的胞嘧啶类似物的六个不同的亚磷酰胺构件的合成。这些化合物已通过标准固相合成掺入寡核苷酸中。研究了15-mer Hoogsteen链与目标21-mer双链体的杂交。比较不同构件的三链体形成能力发现：i）5-烯丙基取代对三链体稳定性有负面影响； ii）Hoogsteen链的均一骨架相对于混合主链可稳定三链体；iii）带有6-氧代胞嘧啶核苷或5-烯丙基-6-氧代胞苷的RNA链可能不与DNA靶双链体形成三螺旋，这可能是由于骨架扭转限制所致；（iv）具有三个分离的2'的15-mer DNA序列 在这项研究中，所有的胞苷类似物中，-deoxy-6-oxocytidines具有最高的T（m）。CD实验提供了三重结构存在与否的进一步证据。在这些与温度相关的CD测量过程中，我们能够检测到在选定波长处彼此独立的双链和三链融解。在由于光谱重叠而导

  DOI：

  10.1002/1521-3765(20000703)6:13<2409::aid-chem2409>3.0.co;2-h

文献信息

• pH-Independent Triple-Helix Formation with 6-Oxocytidine as Cytidine Analogue
  作者：Uwe Parsch、Joachim W. Engels

  DOI：10.1002/1521-3765(20000703)6:13<2409::aid-chem2409>3.0.co;2-h

  日期：2000.7.3

  standard solid-phase synthesis. Hybridization of 15-mer Hoogsteen strands with target 21-mer duplexes was investigated. Comparison of the triplex-forming abilities of the different building blocks revealed that: i) 5-allyl substitution has a negative influence on triplex stability, ii) a uniform backbone of the Hoogsteen strand stabilizes triplexes relative to mixed backbones; iii) RNA strands with 6-oxocytidine

  描述了6-氧代胞嘧啶和5-烯丙基-6-氧代胞嘧啶作为N（3）质子化的胞嘧啶类似物的六个不同的亚磷酰胺构件的合成。这些化合物已通过标准固相合成掺入寡核苷酸中。研究了15-mer Hoogsteen链与目标21-mer双链体的杂交。比较不同构件的三链体形成能力发现：i）5-烯丙基取代对三链体稳定性有负面影响； ii）Hoogsteen链的均一骨架相对于混合主链可稳定三链体；iii）带有6-氧代胞嘧啶核苷或5-烯丙基-6-氧代胞苷的RNA链可能不与DNA靶双链体形成三螺旋，这可能是由于骨架扭转限制所致；（iv）具有三个分离的2'的15-mer DNA序列 在这项研究中，所有的胞苷类似物中，-deoxy-6-oxocytidines具有最高的T（m）。CD实验提供了三重结构存在与否的进一步证据。在这些与温度相关的CD测量过程中，我们能够检测到在选定波长处彼此独立的双链和三链融解。在由于光谱重叠而导