1-methyl-5-hydroxymethylcytosine | 1146966-36-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 1-methyl-5-hydroxymethylcytosine
• 英文别名: 4-Amino-5-(hydroxymethyl)-1-methylpyrimidin-2-one
• CAS: 1146966-36-0
• 化学式: C₆H₉N₃O₂
• 分子量: 155.156
• InChiKey: KWZUXKSRAJQRJC-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  341.8±34.0 °C(predicted)
• 密度：
  1.45±0.1 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.4
• 重原子数：
  11
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  78.9
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-methyl-5-hydroxymethylcytosine 在 manganese(IV) oxide 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 20.0h， 以30%的产率得到4-氨基-1-甲基-2-氧代-1,2-二氢-5-嘧啶甲醛
  参考文献：
  名称：

  5-甲酰胞嘧啶水合的 pH 依赖性：实验和理论研究

  摘要：

  结合 NMR 和质谱测量以及理论研究，已对 5-甲酰胞嘧啶及其尿嘧啶衍生物的水合物含量进行了鉴定和定量。我们报告了 5 fC 和 5 fU 的水合反应的水合自由能。在 5 fC 的情况下，酸化导致水溶液中的水合物含量增加高达 0.5%。

  DOI：

  10.1002/cbic.202100651
• 作为产物：
  描述：

  2-羟基-4-氨基-5-羟甲基嘧啶 、 碘甲烷 在 四丁基氢氧化铵 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 以82%的产率得到1-methyl-5-hydroxymethylcytosine
  参考文献：
  名称：

  修饰的嘧啶碱基的合成以及化学反应性取代基对其体外抗增殖活性的积极影响

  摘要：

  一系列修饰的尿嘧啶和胞嘧啶碱基以及一些相应的无环核苷在人肿瘤细胞系中的抗增殖活性筛选，以及结构-活性关系的比较表明，尿嘧啶C5位上取代基的化学反应活性对于研究化合物的活性。即，对于活性最高的化合物5-（氯乙酰氨基）尿嘧啶（2）及其无环糖类似物18所获得的结果表明，反应性取代基与胸苷酸合酶机制内若干可能的靶标之间形成了共价键（半胱氨酸残基，酶的基本部分，N，N-亚甲基四氢叶酸或其反应性亚胺形式）是最可能的作用方式。另外，新型的C 5-取代的尿嘧啶衍生物6（5- [双-（2-对-甲氧基苄基硫乙基）胺]乙酰氨基尿嘧啶）通过未知的机制对HeLa和MiaPaCa-2细胞系表现出高的抗增殖活性。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2008.06.002

文献信息

• TET‐Like Oxidation in 5‐Methylcytosine and Derivatives: A Computational and Experimental Study
  作者：Niko S. W. Jonasson、Rachel Janßen、Annika Menke、Fabian L. Zott、Hendrik Zipse、Lena J. Daumann

  DOI：10.1002/cbic.202100420

  日期：2021.12.2

  The reactivity of a biomimetic iron(IV)-oxo complex 1 towards a number of methylated cytosine and uracil substrates was investigated. The reaction rates are in very good agreement with the calculated BDEs. C-Methylated compounds such as 5mC, T and 5miC possess a different reactivity than the solely N-methylated compounds 1mC and 1mU.

  研究了仿生铁 (IV)-氧复合物1对多种甲基化胞嘧啶和尿嘧啶底物的反应性。反应速率与计算的 BDE 非常吻合。 C-甲基化化合物如 5mC、T 和 5m i C 具有与单独的N-甲基化化合物 1mC 和 1mU 不同的反应性。
• The (α-4) Photoconjugates of 5-Methylcytosine, 1,5-Dimethylcytosine, 1-Methylthymine and Thymidine
  作者：Martin D. Shetlar、Janet Chung

  DOI：10.1111/j.1751-1097.2011.01070.x

  日期：2012.3

  characteristic "double humped" profile, similar to that expected from overlaying the spectrum of parent nucleobase with that of a 2'-pyrimidone moiety. Preliminary results suggest that thymine and 5-methyl-2'-deoxycytidine (5-MedCyd) form analogous photoproducts. A variety of other previously unreported photoproducts are described as well for the 5-MeC, 1,5-diMeC and 5-MedCyd systems.

  DNA中所含的嘧啶核碱基经历了多种光诱导反应，其中两个部分连接形成了产物（例如环丁烷二聚体和[6-4]加合物的形成）。在本文中，我们描述了一种新型的光结合反应，该反应已显示出会发生在5-甲基胞嘧啶（5-MeC），1,5-二甲基胞嘧啶（1,5-diMeC），1-甲基胸腺嘧啶和胸腺嘧啶核苷中；在该反应中，一个核碱基（或核苷）的5-甲基与第二部分的4-位连接。例如，5-MeC形成α-4'-（5'-甲基嘧啶-2'-一）-5-甲基胞嘧啶。母体化合物在-78.5摄氏度的冷冻水溶液中辐照后会产生各种（α-4）缀合物。这些化合物的UV光谱显示出特征性的“双峰”形，类似于通过将母体核碱基的光谱与2'-嘧啶酮部分的光谱重叠所预期的结果。初步结果表明，胸腺嘧啶和5-甲基-2'-脱氧胞苷（5-MedCyd）形成类似的光产物。对于5-MeC，1,5-diMeC和5-MedCyd系统，还描述了各种其他以前未报告的照片产品。
• TRANSCRIPTION ACTIVATOR-LIKE EFFECTOR (TALE)-BASED DECODING OF CYTOSINE NUCLEOBASES BY SELECTIVE MODIFICATION RESPONSE
  申请人：Universität Konstanz

  公开号：EP3214183A1

  公开（公告）日：2017-09-06

  The present invention relates to methods for determining the presence or absence of a particular cytosine nucleobase, selected from the group consisting of cytosine (C), 5-methylcytosine (mC), 5-hydroxymethylcytosine (hmC), 5-formylcytosine (fC), and 5-carboxylcytosine (caC), in a DNA molecule. Said method employs specifically selected and/or tailored transcription-activator-like effector (TALE) proteins in combination with specific modification reactions for the conversion of the cytosine nucleobase. Further, the present invention relates to related methods for the enrichment of DNA molecules in which a cytosine nucleobase of interest is present or absent, as well as for the differential digestion of DNA molecules in which a cytosine nucleobase of interest is present or absent.

  本发明涉及确定 DNA 分子中是否存在特定胞嘧啶核碱基的方法，该特定胞嘧啶核碱基选自胞嘧啶 (C)、5-甲基胞嘧啶 (mC)、5-羟甲基胞嘧啶 (hmC)、5-甲酰基胞嘧啶 (fC) 和 5-羧基胞嘧啶 (caC) 所组成的组。所述方法采用特选的和/或定制的转录激活剂样效应蛋白（TALE），结合特定的修饰反应来转换胞嘧啶核碱基。此外，本发明还涉及富集存在或不存在相关胞嘧啶核碱基的 DNA 分子以及对存在或不存在相关胞嘧啶核碱基的 DNA 分子进行差异消化的相关方法。
• Method for genomic profiling of DNA 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine
  申请人：SHANGHAI EPICAN GENETECH CO. LTD

  公开号：US11162139B2

  公开（公告）日：2021-11-02

  The present invention provides a method for genomic profiling of DNA 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine, comprising the following steps: (1) DNA purification and fragmentation pretreatment: the target DNA is extracted and then broken to an average of 50 nucleotides to 10,000 nucleotides in length; (2) the repair of trace amount of DNA and the ligation thereof to the adaptor: the pre-treated DNA fragments are repaired and ligated with the sequencing adaptor required for the second-generation sequencing, (3) covalently labeling 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine, (4) solid-phase enrichment of the labeled DNA fragments having cytosine with 5-position modification; (5) the PCR amplification of the solid-phase enriched DNA fragments, the PCR product is obtained and purified to obtain a library for the second-generation sequencing, after mapping the sequencing reads to the genome, the distribution map of the cytosine with 5-position modification in the DNA sample could be generated. The present invention greatly enhances the selectivity and efficiency of binding of the solid-phase surface with the DNA modified base.

  本发明提供了一种DNA 5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶基因组谱分析方法，包括以下步骤：(1) DNA 纯化和破碎预处理：提取目标 DNA，然后将其破碎为平均 50 个核苷酸至 10,000 个核苷酸的长度；(2) 修复微量 DNA 并将其与适配体连接：(3)共价标记 5-甲基胞嘧啶和 5-羟甲基胞嘧啶；(4)固相富集具有 5 位修饰胞嘧啶的标记 DNA 片段；(5) 对固相富集的 DNA 片段进行 PCR 扩增，得到 PCR 产物并纯化，得到用于第二代测序的文库，将测序读数映射到基因组后，可生成 5 位修饰胞嘧啶在 DNA 样品中的分布图。本发明大大提高了固相表面与 DNA 修饰碱基结合的选择性和效率。
• EP2698437B1
  申请人：——

  公开号：EP2698437B1

  公开（公告）日：2017-05-31