(4-Nitrophenyl)methyl 2-ethyl-2-[[2-ethyl-2-[[2-ethyl-2-[(2-pyren-1-ylacetyl)amino]butanoyl]amino]butanoyl]amino]butanoate | 1373038-35-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (4-Nitrophenyl)methyl 2-ethyl-2-[[2-ethyl-2-[[2-ethyl-2-[(2-pyren-1-ylacetyl)amino]butanoyl]amino]butanoyl]amino]butanoate
• CAS: 1373038-35-7
• 化学式: C₄₃H₅₀N₄O₇
• 分子量: 734.893
• InChiKey: XARHNZNHOPLPBR-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.1
• 重原子数：
  54
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  159
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1-芘乙酸 在 N-羟基-7-氮杂苯并三氮唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三乙胺 、 三氟乙酸 、 silver(l) oxide 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 生成 (4-Nitrophenyl)methyl 2-ethyl-2-[[2-ethyl-2-[[2-ethyl-2-[(2-pyren-1-ylacetyl)amino]butanoyl]amino]butanoyl]amino]butanoate
  参考文献：
  名称：

  Novel peptide foldameric motifs: a step forward in our understanding of the fully-extended conformation/310-helix coexistence

  摘要：

  完全延伸的多重 C5 构象或 2.05 螺旋是一种非常有吸引力的肽二级结构，特别是其作为分子间隔物的潜在用途，因为它的特点是 α- 之间的最长海拔（高达 3.62 Å）两个连续的α-氨基酸的碳原子。然而，尽管有这种有趣的特性，但人们对它的研究和理解却很少。在这里，我们使用全系列的五聚体水平的 Cα,α-二乙基甘氨酸 (Deg) 同源寡肽酯，利用合成位于主链 N 和 C 末端的荧光团和猝灭剂的特性，分别检查完全延伸构象作为刚性分子间隔物的适用性。荧光研究得到 FT-IR 吸收和 NMR 构象研究的补充。还报道了所选化合物的 X 射线衍射结构。不幸的是，我们发现，即使在低极性溶剂（例如氯仿）中，在该肽系列中，脆弱的完全伸展构象和 310 螺旋结构之间确实会发生平衡，后者随着主链拉长。由于先前研究的缺乏任何末端芳香基团的 Deg 同肽酯已知在氯仿溶液中采用稳定的完全延伸构象，因此我们倾向于将本工作中观察到的 3D 结构不稳定性归因于多个芳香环的存在在他们的封锁组中。

  DOI：

  10.1039/c2ob06863j

文献信息

• Novel peptide foldameric motifs: a step forward in our understanding of the fully-extended conformation/310-helix coexistence
  作者：Fernando Formaggio、Marco Crisma、Gema Ballano、Cristina Peggion、Mariano Venanzi、Claudio Toniolo

  DOI：10.1039/c2ob06863j

  日期：——

  The fully-extended, multiple C5, conformation or 2.05 helix is a very appealing peptide secondary structure, in particular for its potential use as a molecular spacer, as it is characterized by the longest elevation (as high as 3.62 Å) between the α-carbon atoms of two consecutive α-amino acids. Despite this intriguing property, however, it is only poorly investigated and understood. Here, using a complete series of Cα,α-diethylglycine (Deg) homo-oligopeptide esters to the pentamer level, we exploited the properties of a fluorophore and a quencher, synthetically positioned at the N- and C-termini of the main chain, respectively, to check the applicability of the fully-extended conformation as a rigid molecular spacer. The fluorescence study was complemented by FT-IR absorption and NMR conformational investigations. The X-ray diffraction structures of selected compounds are also reported. Unfortunately, we find that, even in a solvent of low polarity, such as chloroform, in this peptide series an equilibrium does take place between the fragile fully-extended conformation and the 310-helical structure, the latter becoming more and more stable as the main chain is elongated. Since the Deg homo-peptide esters lacking any terminal aromatic group, previously investigated, are known to adopt a stable fully-extended conformation in chloroform solution, we tend to attribute the 3D-structure instability observed in this work to the presence of multiple aromatic rings in their blocking groups.

  完全延伸的多重 C5 构象或 2.05 螺旋是一种非常有吸引力的肽二级结构，特别是其作为分子间隔物的潜在用途，因为它的特点是 α- 之间的最长海拔（高达 3.62 Å）两个连续的α-氨基酸的碳原子。然而，尽管有这种有趣的特性，但人们对它的研究和理解却很少。在这里，我们使用全系列的五聚体水平的 Cα,α-二乙基甘氨酸 (Deg) 同源寡肽酯，利用合成位于主链 N 和 C 末端的荧光团和猝灭剂的特性，分别检查完全延伸构象作为刚性分子间隔物的适用性。荧光研究得到 FT-IR 吸收和 NMR 构象研究的补充。还报道了所选化合物的 X 射线衍射结构。不幸的是，我们发现，即使在低极性溶剂（例如氯仿）中，在该肽系列中，脆弱的完全伸展构象和 310 螺旋结构之间确实会发生平衡，后者随着主链拉长。由于先前研究的缺乏任何末端芳香基团的 Deg 同肽酯已知在氯仿溶液中采用稳定的完全延伸构象，因此我们倾向于将本工作中观察到的 3D 结构不稳定性归因于多个芳香环的存在在他们的封锁组中。