N-[1-(3-aminopropyl)-5-[[5-[3-(dimethylamino)propylcarbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]pyrrol-3-yl]-4-formamido-1-methylpyrrole-2-carboxamide | 1442482-47-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: N-[1-(3-aminopropyl)-5-[[5-[3-(dimethylamino)propylcarbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]pyrrol-3-yl]-4-formamido-1-methylpyrrole-2-carboxamide
• CAS: 1442482-47-4
• 化学式: C₂₆H₃₇N₉O₄
• 分子量: 539.638
• InChiKey: WYTAMQOELHVFPM-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  160
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3-(1-methyl-4-aminopyrrole-2-carbonylamino)propyldimethylamine 在 sodium azide 、 5%-palladium/activated carbon 、 benzotriazol-1-yloxyl-tris-(pyrrolidino)-phosphonium hexafluorophosphate 、 氢气 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 108.75h， 生成 N-[1-(3-aminopropyl)-5-[[5-[3-(dimethylamino)propylcarbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]pyrrol-3-yl]-4-formamido-1-methylpyrrole-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  一组正交定位的二氨基、N-甲酰胺、吡咯和咪唑聚酰胺的设计、合成和 DNA 结合特性

  摘要：

  与单氨基/单阳离子对应物相比，正交定位的二氨基/双阳离子聚酰胺 (PA) 具有良好的水溶性和增强的结合亲和力，同时保留了 DNA 小沟和序列特异性。描述了以下二氨基 PA 的合成和 DNA 结合特性：fI P I ( 3a )、fI P P ( 4 )、f -P IP ( 5 ) 和 fP P P ( 6 )。磷表示1-丙基氨基连接到杂环的N1-位的位点。通过 DNase I 足迹、热变性、圆二色滴定、生物传感器表面等离子体共振 (SPR) 和等温滴定量热法 (ITC) 研究评估二氨基 PA 与 DNA 的结合。根据 SPR 研究，与单氨基类似物 f- 相比，fI P I ( 3a ) 结合更强烈 ( K eq  = 2.4 × 10 8  M -1 ) 并且与其同源序列 5'-ACGCGT-3' 具有相当的序列选择性IPI ( 1 )。fI P I ( 3a的结合) 到 5'-ACGCGT-3'

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2013.04.001

文献信息

• Design, synthesis, and DNA binding characteristics of a group of orthogonally positioned diamino, N-formamido, pyrrole- and imidazole-containing polyamides
  作者：Sameer Chavda、Balaji Babu、Pravin Patil、Adam Plaunt、Amanda Ferguson、Megan Lee、Samuel Tzou、Robert Sjoholm、Toni Rice、Hilary Mackay、Joseph Ramos、Shuo Wang、Shicai Lin、Konstantinos Kiakos、W. David Wilson、John A. Hartley、Moses Lee

  DOI：10.1016/j.bmc.2013.04.001

  日期：2013.7

  solubility and enhanced binding affinity, whilst retaining DNA minor groove and sequence specificity compared to their monoamino/monocationic counterparts. The synthesis and DNA binding properties of the following diamino PAs: f-IPI (3a), f-IPP (4), f-PIP (5), and f-PPP (6) are described. P denotes the site where a 1-propylamino group is attached to the N1-position of the heterocycle. Binding of the diamino

  与单氨基/单阳离子对应物相比，正交定位的二氨基/双阳离子聚酰胺 (PA) 具有良好的水溶性和增强的结合亲和力，同时保留了 DNA 小沟和序列特异性。描述了以下二氨基 PA 的合成和 DNA 结合特性：fI P I ( 3a )、fI P P ( 4 )、f -P IP ( 5 ) 和 fP P P ( 6 )。磷表示1-丙基氨基连接到杂环的N1-位的位点。通过 DNase I 足迹、热变性、圆二色滴定、生物传感器表面等离子体共振 (SPR) 和等温滴定量热法 (ITC) 研究评估二氨基 PA 与 DNA 的结合。根据 SPR 研究，与单氨基类似物 f- 相比，fI P I ( 3a ) 结合更强烈 ( K eq  = 2.4 × 10 8  M -1 ) 并且与其同源序列 5'-ACGCGT-3' 具有相当的序列选择性IPI ( 1 )。fI P I ( 3a的结合) 到 5'-ACGCGT-3'