丙酮酸脱氢酶多酶复合物(PDHc)E1成分在细胞代谢中将糖酵解产物(
丙酮酸)转化为
乙酰辅酶A起着关键作用,据报道已成为抗微
生物和
除草剂的潜在靶标。在本研究中,基于
硫胺素二
磷酸(ThDP)位点,首先通过基于结构的分子对接方法设计了四种对大肠杆菌中PDHc-E1具有高抑制活性的新型命中化合物。正如预期的那样,在四种化合物中,化合物3a是迄今为止最好的
抑制剂,对大肠杆菌的PDHc-E1的IC 50值为6.88μM。为了阐明PDHc-E1活性位点与其
抑制剂之间的相互作用机理,还进一步进行了基于对接的分子动力学模拟(MD)和基于MD的从头计算片段分子轨道(FMO)的计算。积极的结果表明,当前研究中提出的所有建模策略都最希望成为未来为PDHc-E1设计具有结构多样性的新型先导化合物的一种令人鼓舞的方法。