cyclic Dab-Dab-Dab-Thr-Dab-Dab-Dab-D-Phe-Leu-Dab-Dab-Thr, containing amide bond between γ-NH2 of Dab⁶ and α-COOH of Thr¹² | 1158176-24-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机聚合物 - 多肽
• 英文名称: cyclic Dab-Dab-Dab-Thr-Dab-Dab-Dab-D-Phe-Leu-Dab-Dab-Thr, containing amide bond between γ-NH2 of Dab⁶ and α-COOH of Thr¹²
• 英文别名: H-Dab-Dab-Dab-Thr-Dab-Dab(1)-Dab-D-Phe-Leu-Dab-Dab-Thr-(1)；(2S,3R)-2-[[(2S)-4-amino-2-[[(2S)-4-amino-2-[[(2S)-2,4-diaminobutanoyl]amino]butanoyl]amino]butanoyl]amino]-N-[(2S)-4-amino-1-oxo-1-[[(3S,6S,9S,12S,15R,18S,21S)-6,9,18-tris(2-aminoethyl)-15-benzyl-3-[(1R)-1-hydroxyethyl]-12-(2-methylpropyl)-2,5,8,11,14,17,20-heptaoxo-1,4,7,10,13,16,19-heptazacyclotricos-21-yl]amino]butan-2-yl]-3-hydroxybutanamide
• CAS: 1158176-24-9
• 化学式: C₅₅H₉₈N₂₀O₁₄
• 分子量: 1263.51
• InChiKey: RUIYOEBMLFHSPQ-WOCHPOEGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -8.4
• 重原子数：
  89
• 可旋转键数：
  30
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  598
• 氢给体数：
  22
• 氢受体数：
  22

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  cyclic Dab-Dab-Dab-Thr-Dab-Dab-Dab-D-Phe-Leu-Dab-Dab-Thr, containing amide bond between γ-NH2 of Dab⁶ and α-COOH of Thr¹² 在 盐酸 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 生成 cyclic Dab-Dab-Dab-Thr-Dab-Dab-Dab-D-Phe-Leu-Dab-Dab-Thr hydrochloride, containing amide bond between γ-NH2 of Dab⁶ and α-COOH of Thr¹²
  参考文献：
  名称：

  Development of Des-Fatty Acyl-Polymyxin B Decapeptide Analogs with Pseudomonas aeruginosa-Specific Antimicrobial Activity

  摘要：

  合成了 12 个去脂肪酰基多粘菌素 B（Des-FA-[X1]-PMB，X=各种氨基酸或肽）的 N 端类似物，并考察了它们对大肠杆菌（E. coli）、鼠伤寒沙门氏菌（S. Typhimurium）和铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）的抗菌活性。研究发现，Des-FA-[Dap1]-、Des-FA-[Ser1]-、Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]-和 Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB仅对铜绿假单胞菌具有强效活性，其 MIC 值为 0.5-1 nmol/ml。与先导化合物 Des-FA-[Dab1]-PMB 和多粘菌素 B (PMB) 相比，X 为 Lys、Arg、Leu 或 Ala 的类似物对三种受试细菌的抗菌活性并没有提高。Des-FA-[Trp1]-PMB 和 Des-FA-[Phe1]-PMB 对铜绿假单胞菌的活性降低。结果表明，N-末端的紧密亲水氨基酸（C3）或碱性三肽为铜绿假单胞菌的杀菌活性提供了特异性。在 LPS 结合活性方面，Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]-PMB 和 Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB 的活性与 PMB 相当，而 Des-FA-[Ala-Ala-Ala1]-PMB 的活性则非常低。小鼠尾部静脉注射试验表明，Des-FA-[Dap1]-PMB 和 Des-FA-[Trp1]-PMB 的急性毒性较低，半数致死剂量分别为 23.5 和 19.0 μmol/kg，而 PMB 的半数致死剂量为 4.8 μmol/kg。

  DOI：

  10.1248/cpb.57.332
• 作为产物：
  描述：

  cyclic Fmoc-Dab(2-CIZ)-Dab(2-CIZ)-Dab(2-CIZ)-Thr(Bzl)-Dab(2-CIZ)-Dab-Dab(2-CIZ)-D-Phe-Leu-Dab(2-CIZ)-Dab(2-CIZ)-Thr(Bzl), containing amide bond between γ-NH2 of Dab⁶ and α-COOH of Thr¹² 在 哌啶 、 氢氟酸 、 苯甲醚 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.25h， 生成 cyclic Dab-Dab-Dab-Thr-Dab-Dab-Dab-D-Phe-Leu-Dab-Dab-Thr, containing amide bond between γ-NH2 of Dab⁶ and α-COOH of Thr¹²
  参考文献：
  名称：

  Development of Des-Fatty Acyl-Polymyxin B Decapeptide Analogs with Pseudomonas aeruginosa-Specific Antimicrobial Activity

  摘要：

  合成了 12 个去脂肪酰基多粘菌素 B（Des-FA-[X1]-PMB，X=各种氨基酸或肽）的 N 端类似物，并考察了它们对大肠杆菌（E. coli）、鼠伤寒沙门氏菌（S. Typhimurium）和铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）的抗菌活性。研究发现，Des-FA-[Dap1]-、Des-FA-[Ser1]-、Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]-和 Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB仅对铜绿假单胞菌具有强效活性，其 MIC 值为 0.5-1 nmol/ml。与先导化合物 Des-FA-[Dab1]-PMB 和多粘菌素 B (PMB) 相比，X 为 Lys、Arg、Leu 或 Ala 的类似物对三种受试细菌的抗菌活性并没有提高。Des-FA-[Trp1]-PMB 和 Des-FA-[Phe1]-PMB 对铜绿假单胞菌的活性降低。结果表明，N-末端的紧密亲水氨基酸（C3）或碱性三肽为铜绿假单胞菌的杀菌活性提供了特异性。在 LPS 结合活性方面，Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]-PMB 和 Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB 的活性与 PMB 相当，而 Des-FA-[Ala-Ala-Ala1]-PMB 的活性则非常低。小鼠尾部静脉注射试验表明，Des-FA-[Dap1]-PMB 和 Des-FA-[Trp1]-PMB 的急性毒性较低，半数致死剂量分别为 23.5 和 19.0 μmol/kg，而 PMB 的半数致死剂量为 4.8 μmol/kg。

  DOI：

  10.1248/cpb.57.332

文献信息

• Development of Des-Fatty Acyl-Polymyxin B Decapeptide Analogs with Pseudomonas aeruginosa-Specific Antimicrobial Activity
  作者：Naoko Katsuma、Yuki Sato、Kazuhiro Ohki、Keiko Okimura、Kuniharu Ohnishi、Naoki Sakura

  DOI：10.1248/cpb.57.332

  日期：——

  Twelve N-terminal analogs of des-fatty acyl-polymyxin B (Des-FA-[X1]-PMB, X=various amino acids or peptides) were synthesized and examined for their antimicrobial activity against Escherichia coli (E. coli), Salmonella Typhimurium (S. Typhimurium) and Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa). It was found that Des-FA-[Dap1]-, Des-FA-[Ser1]-, Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]- and Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB had potent activity only against P. aeruginosa, with MIC values of 0.5—1 nmol/ml. Analogs in which X was Lys, Arg, Leu or Ala did not have increased antimicrobial activity against the three bacterial species tested compared with the lead compounds Des-FA-[Dab1]-PMB and polymyxin B (PMB). Des-FA-[Trp1]-PMB and Des-FA-[Phe1]-PMB had reduced activity against P. aeruginosa. The results indicate that compact hydrophilic amino acids (C3) or basic tripeptides at the N-terminal provide specificity for bactericidal activity towards P. aeruginosa. For LPS-binding activity, Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]-PMB and Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB showed activity comparable to PMB, while Des-FA-[Ala-Ala-Ala1]-PMB showed very low activity. Reduced acute toxicity of Des-FA-[Dap1]-PMB and Des-FA-[Trp1]-PMB was demonstrated by a mouse tail intravenous administration test, with LD50 values of 23.5 and 19.0 μmol/kg, respectively, in contrast to PMB (LD50, 4.8 μmol/kg).

  合成了 12 个去脂肪酰基多粘菌素 B（Des-FA-[X1]-PMB，X=各种氨基酸或肽）的 N 端类似物，并考察了它们对大肠杆菌（E. coli）、鼠伤寒沙门氏菌（S. Typhimurium）和铜绿假单胞菌（P. aeruginosa）的抗菌活性。研究发现，Des-FA-[Dap1]-、Des-FA-[Ser1]-、Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]-和 Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB仅对铜绿假单胞菌具有强效活性，其 MIC 值为 0.5-1 nmol/ml。与先导化合物 Des-FA-[Dab1]-PMB 和多粘菌素 B (PMB) 相比，X 为 Lys、Arg、Leu 或 Ala 的类似物对三种受试细菌的抗菌活性并没有提高。Des-FA-[Trp1]-PMB 和 Des-FA-[Phe1]-PMB 对铜绿假单胞菌的活性降低。结果表明，N-末端的紧密亲水氨基酸（C3）或碱性三肽为铜绿假单胞菌的杀菌活性提供了特异性。在 LPS 结合活性方面，Des-FA-[Dab-Dab-Dab1]-PMB 和 Des-FA-[Arg-Arg-Arg1]-PMB 的活性与 PMB 相当，而 Des-FA-[Ala-Ala-Ala1]-PMB 的活性则非常低。小鼠尾部静脉注射试验表明，Des-FA-[Dap1]-PMB 和 Des-FA-[Trp1]-PMB 的急性毒性较低，半数致死剂量分别为 23.5 和 19.0 μmol/kg，而 PMB 的半数致死剂量为 4.8 μmol/kg。